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标题: Linux下的高斯安装之后，运行报出如下错误，请教怎么修复 [打印本页]

作者
Author: 物理小笨 时间: 2017-11-4 18:15
标题: Linux下的高斯安装之后，运行报出如下错误，请教怎么修复
高斯安装之后，运行报出如下错误

PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/qx/workspace/tools/g09/scratch/g09/Gau-17580.inp
In source file ml0.f, at line number 182

其他说明，这个安装包是从其他机器拷贝到新机器的，G09ROOT,GAUSS_SCRDIR等也做了相应的修改，但是新机器上就是不能正常运行。
请问怎么修复？

作者
Author: itpfeng 时间: 2017-11-4 21:54
确认scratch目录存在？磁盘未满或者你的quota没超？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-11-4 22:34
检查GAUSS_SCRDIR有奇怪的问题，诸如没设、没启用、目录不存在、有特殊字符、权限问题 etc
另外注意g09root应该是小写，bashrc里还应该包括跑.profile的过程

作者
Author: 物理小笨 时间: 2017-11-4 22:39

itpfeng 发表于 2017-11-4 21:54
确认scratch目录存在？磁盘未满或者你的quota没超？

scratch目录存在。至于您说的“磁盘未满或者你的quota没超？”，我不是特别懂什么意思，您能否说的在详细些？谢谢

作者
Author: 物理小笨 时间: 2017-11-5 00:49

liyuanhe211 发表于 2017-11-4 22:34
检查GAUSS_SCRDIR有奇怪的问题，诸如没设、没启用、目录不存在、有特殊字符、权限问题 etc
另外注意g09roo ...

李老师，谢谢您的指导，我按您说的修改后，还是报错，最明显的是多了最后两行，是权限的问题吗？

报错信息

PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/qx/tools/g09/scratch/Gau-1286.inp
In source file ml0.f, at line number 182
--- traceback not available
Aborted

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2017-11-5 04:26
不知道你怎么安装的贴一下你的bashrc或者cshrc

作者
Author: itpfeng 时间: 2017-11-5 10:38

物理小笨发表于 2017-11-4 22:39
scratch目录存在。至于您说的“磁盘未满或者你的quota没超？”，我不是特别懂什么意思，您能否说的在详细 ...

看你给出的错误信息是gaussian没有能在scratch目录下面创建文件，所以现在大家给出的建议都是关于scratch目录的，目录存在与否以及是否有写的权限。还有一种情况就是硬盘满了不能创建文件了，再有就是往往一个用户在服务器上可以用的硬盘大小或者可以创建的文件数是有限制的（具体多少是系统管理员设置的），如果是后者当你超过了你的空间和文件数也就不能写新的文件了，不过说起来这两种情况可能性都不大，应该还是你scratch的path设置有问题，你可以把scratch路径设成你的输入文件所在的当前目录算一下试试。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2017-11-5 11:00
之前我在新安装的openSUSE虚拟机里跑g09时出现过类似的报错，我当时正好还有个Cent OS的虚拟机，尝试了一下在Cent OS中跑g09，没有出现报错。然后我就再也没有用openSUSE虚拟机跑过g09了。

作者
Author: 物理小笨 时间: 2017-11-5 16:31

KiritsuguPapa 发表于 2017-11-5 04:26
不知道你怎么安装的贴一下你的bashrc或者cshrc

export g09root=~/tools/g09
export GAUSS_SCRDIR=~/tools/g09/scratch
source ~/tools/g09/bsd/g09.profile

作者
Author: 物理小笨 时间: 2017-11-5 16:32

itpfeng 发表于 2017-11-5 10:38
看你给出的错误信息是gaussian没有能在scratch目录下面创建文件，所以现在大家给出的建议都是关于scratch ...

谢谢！

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2017-11-8 01:04
https://www.pgroup.com/userforum ... 1f49ed1950094c9280a
这贴有提到试试看

作者
Author: 物理小笨 时间: 2017-11-21 18:48

KiritsuguPapa 发表于 2017-11-8 01:04
https://www.pgroup.com/userforum/viewtopic.php?t=4985&sid=b372c51af80401f49ed1950094c9280a
这贴有提 ...

好的谢谢

作者
Author: XWQinFUNSOM 时间: 2022-4-2 08:22
我近期也出现了相似的错误。我的解决方法如下：
1. 使用高斯的用户是有一个额外的组（gauss），需要root用户用“usermod –a –G gauss ‘user’ ”命令来将我的账号添加进这个组里。
2. 重新建立了在报错的第三行“File name=”后面的出现的文件夹，并与~/.basnrc里面的“export g16_SCRDIR=”后面文件目录字段保持一致。

作者
Author: Duffy 时间: 2022-10-31 19:05
我也遇到了这个问题，在g16下新建一个scratch文件，给个权限，然后就正常了，希望对你有帮助

作者
Author: zhuyoucai 时间: 2023-5-15 14:34

Duffy 发表于 2022-10-31 19:05
我也遇到了这个问题，在g16下新建一个scratch文件，给个权限，然后就正常了，希望对你有帮助

您好，这个是需要在root下安装一个scratch文件夹吗，还想问问您这个给个权限是如何操作的呢？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-5-1 12:36
我最近帮同学装高斯，也遇到了这个问题，他不太懂linux，自己吭哧吭哧装了一通不成功然后来找我。我说一下我是如何解决的。
他运行

g16 H2.gjf

复制代码

报错如下：

PGFIO/stdio: Is a directory
PGFIO-F-/formatted read/unit=31/error code returned by host stdio - 21.
File name = /data/coding/g16/Default.Route formatted, sequential access record = 1
In source file strinl.f, at line number 19
/data/coding/g16/l1.exe() [0x508908]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x4ff135]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x4d9810]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x4d971a]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x4cf92e]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x4cf54e]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x4adf45]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x421a14]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x4038f5]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x40380c]
/data/coding/g16/l1.exe() [0x40378d]
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x2a1ca) [0x14d8a762a1ca]
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0x8b) [0x14d8a762a28b]
/data/coding/g16/l1.exe(sched_setaffinity+0x99) [0x403699]
Aborted (core dumped)

复制代码

我发现他是把 /data/coding/g16/Default.Route 这个文件弄成了文件夹 /data/coding/g16/Default.Route/ 。删了文件夹然后重新创造一个文件就好了。

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