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标题: oniom 分层优化 QM区离子和MM区水分子触碰 [打印本页]

作者
Author: wyy1104 时间: 2017-11-6 17:43
标题: oniom 分层优化 QM区离子和MM区水分子触碰
我做的体系是一个生物大分子的体系，用的是TAO的方法最开始优化了一段时间之后，体系出现不收敛的情况，用 oniomlog -oi -t *.gjf -fo *1.gjf -i *.log -fn * 这个命令取出一个结构之后，重新优化，可是出现，原子距离太近的错误。找到原子后，发现是前面QM区的铜离子和MM区的水分子（水分子是通过水盒子加到体系里的）触碰了。

想请教一下，1.优化的时候，出现这种情况解决办法是什么
2.这种情况是正常现象吗？我这个体系可以用这个方法做吗？

%chk=5vgv_partial_r.chk
%mem=10GB
%nprocshared=20
#p opt=quadmacro oniom(b3lyp/genecp:amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity iop(1/98=66,1/19=7) scf=maxcycle=600

opt1

0 1 0 2 0 2

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-9 15:02
iop(1/98=66,1/19=7) scf=maxcycle=600这些乱七八糟的统统去掉
此文专批scf=maxcycle=几百的做法
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
另见
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

先反复确认输入文件合理。合理情况下，Cu与水分子有范德华作用，其中的交换互斥部分能确保它们在优化时不会触碰。如果触碰但距离是合理的，那没关系。
另外，如果不确定自定义基组和赝势是否已经正确指定了，可以直接用6-31G*代替genecp。

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