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标题: bsse校正 [打印本页]

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-1-29 21:36
标题: bsse校正
我看了这个帖子http://sobereva.com/46，按照那样的方法经过bsse校正后最后结果会出现以下几个量：Counterpoise corrected energy                   BSSE energy
sum of monomers
         complexation energy (raw)
         complexation energy (corrected)
1.想问一下这几个量的物理意义是什么呢分别代表什么呀？

2.  我算的是两个分子的复合物，分子间的相互作用能是不是对应 complexation energy (corrected)对应的值呢？
3.sum of monomers 对应的指的是什么呢？我分别在与复合物所用的方法和基组一样的情况下，计算了这两个单体，然后把它们的scf能量相加，和这个值不相等呢
谢谢老师！

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-29 22:28
http://sobereva.com/46
这个应该对你有用

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-30 00:51
1
我不知道你的这几项输出信息来自什么程序，关系应当为
BSSE energy：帖子里的E_BSSE
sum of monomers：帖子里的E(A)+E(B)
complexation energy (raw)：帖子里的E_AB （订正：应当是E_AB-E(A)-E(B)）
complexation energy (corrected)：帖子里的E_corrected （订正：应当是E_corrected -E(A)-E(B)）

这些量在帖子里都详述了

3 只有HF/DFT才应当取SCF能量。计算单体时所用结构一定要和复合物里相同方可和程序直接输出的sum of monomers对应上。

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-1-30 08:50

diaolanxinyu 发表于 2015-1-29 22:28
http://sobereva.com/46
这个应该对你有用

谢谢！

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-1-30 09:05

sobereva 发表于 2015-1-30 00:51
1
我不知道你的这几项输出信息来自什么程序，关系应当为
BSSE energy：帖子里的E_BSSE

老师，我用的是gauss程序计算的， = -3001.683052449334
               BSSE energy =    0.003351597564
            sum of monomers = -3001.668895094882
         complexation energy =    -10.99 kcal/mole (raw)
         complexation energy =    -8.88 kcal/mole (corrected)
这是数据计算，帖子里说Counterpoise corrected energy对应E_corrected       BSSE energy对应E_BSSE
您说 sum of monomers对应帖子里的E(A)+E(B) 我计算的结果：  Counterpoise corrected energy- sum of monomers 正好等于  complexation energy =    -8.88 kcal/mole (corrected)所以我得出结论： complexation energy =    -8.88 kcal/mole (corrected)是复合物的相互作用能。对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-30 09:09

小菜鸟求关照发表于 2015-1-30 09:05
老师，我用的是gauss程序计算的， = -3001.683052449334
BSSE energy = 0.0 ...

前面的回帖我写错了，把complexation看成complex了
你的情况，complexation energy = -8.88 kcal/mole就是考虑了BSSE校正后的相互作用能。

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-1-30 09:17

sobereva 发表于 2015-1-30 09:09
前面的回帖我写错了，把complexation看成complex了
你的情况，complexation energy = -8.88 kcal/m ...

嗯呢，1.一般无论对何种体系来说，用gauss程序计算的结果complexation energy = -8.88 kcal/mole就是考虑了BSSE校正后的相互作用能吗？
2.sum of monomers 指的是A和B在孤立状态下经过优化后的能量之和，还是说单体处在复合物状态下的结构的能量之和呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-30 09:58

小菜鸟求关照发表于 2015-1-30 09:17
嗯呢，1.一般无论对何种体系来说，用gauss程序计算的结果complexation energy = -8.88 kcal/mole就 ...

1 对

2 后者。高斯不会自动去优化单体结构

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-1-30 10:33

sobereva 发表于 2015-1-30 09:58
1 对

2 后者。高斯不会自动去优化单体结构

E_corrected -E(A)-E(B)
E_A E_B 应该是孤立状态下结构的能量，这样的近似对结果是不是有影响呢?相差还挺大的

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-30 10:49

小菜鸟求关照发表于 2015-1-30 10:33
E_corrected -E(A)-E(B)
E_A E_B 应该是孤立状态下结构的能量，这样的近似对结果是不是有影响呢?相差 ...

取孤立状态下单体的能量，还是复合物状态下单体的能量，不是是否近似的问题，而是要研究什么的问题。此
此帖有相关讨论
http://bbs.keinsci.com/thread-574-1-1.html

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-1-30 10:52

sobereva 发表于 2015-1-30 10:49
取孤立状态下单体的能量，还是复合物状态下单体的能量，不是是否近似的问题，而是要研究什么的问题。此
...

嗯呢谢谢老师！

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-3-30 15:21

sobereva 发表于 2015-1-30 10:49
取孤立状态下单体的能量，还是复合物状态下单体的能量，不是是否近似的问题，而是要研究什么的问题。此
...

请问老师：1：如何计算不考虑bsse校正的A+B二聚体的相互作用能呢？
2：通过gaussview看到能量是log文件里的哪一种能量呢？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-30 17:40

小菜鸟求关照发表于 2015-3-30 15:21
请问老师：1：如何计算不考虑bsse校正的A+B二聚体的相互作用能呢？
2：通过gaussview看到能量是log文件 ...

1 直接算AB的能量，然后减去A、B单体的能量
2 不建议用gview来看，应当自己阅读输出文件

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-3-30 19:37

sobereva 发表于 2015-3-30 17:40
1 直接算AB的能量，然后减去A、B单体的能量
2 不建议用gview来看，应当自己阅读输出文件

请问老师，此时AB的能量和A B单体的能量取log文件中Sum of electronic and zero-point Energies=       -2901.407022
Sum of electronic and thermal Energies=          -2901.403684
Sum of electronic and thermal Enthalpies=          -2901.402739
Sum of electronic and thermal Free Energies=       -2901.433274
这几个哪个能量呢？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-30 21:09
不要去做振动分析，对计算相互作用能没意义，还白费时间。
你列出的都是热力学数据，相互作用能的计算一般都是用电子能量求差值。直接做单点，取最后输出的能量即可。

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-3-30 21:11

sobereva 发表于 2015-3-30 21:09
不要去做振动分析，对计算相互作用能没意义，还白费时间。
你列出的都是热力学数据，相互作用能的计算一般 ...

嗯呢谢谢老师

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-3-30 21:13

sobereva 发表于 2015-3-30 21:09
不要去做振动分析，对计算相互作用能没意义，还白费时间。
你列出的都是热力学数据，相互作用能的计算一般 ...

做单点指的是必须之前先把结构优化好吗？此时所用的基组和方法和计算结构的时候必须一致吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-30 23:27

小菜鸟求关照发表于 2015-3-30 21:13
做单点指的是必须之前先把结构优化好吗？此时所用的基组和方法和计算结构的时候必须一致吗？

需要先优化。
基组和理论方法级别应当>=优化时的级别。并不需要一致。通常用更高级别算能量以得到更准确的结果。比如杂化泛函优化，双杂化泛函算相互作用能。

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-3-31 09:59

sobereva 发表于 2015-3-30 23:27
需要先优化。
基组和理论方法级别应当>=优化时的级别。并不需要一致。通常用更高级别算能量以得到更准确 ...

嗯呢谢谢老师！

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-3-31 15:48

sobereva 发表于 2015-3-30 23:27
需要先优化。
基组和理论方法级别应当>=优化时的级别。并不需要一致。通常用更高级别算能量以得到更准确 ...

老师，我用MP2做单点能最后得到这两个能量 HF=-5
703.6458397\MP2=-5704.9077101
应该取哪个能量？这两个能量有什么区别呢？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-31 15:52
取MP2=
做MP2前需要先做HF，所以HF能量也输出。

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-3-31 16:13

sobereva 发表于 2015-3-31 15:52
取MP2=
做MP2前需要先做HF，所以HF能量也输出。

嗯呢谢谢sobereva老师！

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-4-1 09:22

sobereva 发表于 2015-3-30 17:40
1 直接算AB的能量，然后减去A、B单体的能量
2 不建议用gview来看，应当自己阅读输出文件

请问老师（1）您此处指的A B单体的能量是指的A、 B在自由状态下结构的能量还是A、B在复合物结构中的单体的能量？
（2）如果是A、 B在复合物结构中的单体的能量可以将优化好的复合物结构中的A（或者B）分子的坐标作为其计算复合物结构中A单体（或者B单体）单点能的输入坐标以此来计算复合物结构中的A单体（或者B单体）的自由能吗？
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-1 10:46
1 取自由状态还是复合物状态都可以，二者相差变形能。相互作用能的理论研究取复合物状态的更多。
2 获得自由能需要做振动分析得到热力学校正数据，这应当是在单体优化后的结构上做

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-4-1 13:58

sobereva 发表于 2015-4-1 10:46
1 取自由状态还是复合物状态都可以，二者相差变形能。相互作用能的理论研究取复合物状态的更多。
2 获得自 ...

不好意思sobereva老师，我表达上有问题，对于第二个问题我想获得的是单点能，直接用复合物优化好的结构中的A结构部分作为初始结构，来计算在复合物中的A分子结构的单点能，这样可以吗？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-1 15:17

小菜鸟求关照发表于 2015-4-1 13:58
不好意思sobereva老师，我表达上有问题，对于第二个问题我想获得的是单点能，直接用复合物优化好的结构 ...

可以

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2015-4-1 15:22

sobereva 发表于 2015-4-1 15:17
可以

嗯谢谢老师！

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