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标题: 溶剂化模型选择求助 [打印本页]

作者
Author: 小和尚 时间: 2015-1-29 21:44
标题: 溶剂化模型选择求助
对于离子体系，我选用IEFPCM模型进行单点计算，但是得到的结果与气体的相反。请问选用什么溶剂化模型比较合适？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-30 00:38
IEFPCM模型本身没问题，是科学合理的，我不清楚你说的是什么结果与气相的相反。溶剂下物质/化学反应的特征发生很大变化是很正常的。
如果在当前溶剂模型下的结果和实际现象明显不同，可能是由于隐式溶剂模型的局限性而无法表现。此时可以考虑显式溶剂模型，i.e. 用IEFPCM的同时在离子周围放一些水分子。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-1-30 07:41
在Sob前辈的基础上做个补充，如果你只是进行IEPCM的单点计算，而结构保持气态的结构，这样的结果是不太物理的，还是有不少情况下其他和溶液的构型有一定差异的，建议直接做结构优化。

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-30 09:31

卡开发发发表于 2015-1-30 07:41
在Sob前辈的基础上做个补充，如果你只是进行IEPCM的单点计算，而结构保持气态的结构，这样的结果是不太物理 ...

你的意思说，当使用溶剂化模型时候，需要重新优化一下结构，不可直接采用气相优化的构型。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-1-30 09:33

tjuchan 发表于 2015-1-30 09:31
你的意思说，当使用溶剂化模型时候，需要重新优化一下结构，不可直接采用气相优化的构型。

是的，从原理上看，因为加入了溶剂，介电常数与真空并不相同，此时原本两分子间的Coulomb作用其实相应就被削减，结构与原来肯定不相同。

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-30 09:36

sobereva 发表于 2015-1-30 00:38
IEFPCM模型本身没问题，是科学合理的，我不清楚你说的是什么结果与气相的相反。溶剂下物质/化学反应的特征 ...

请问一下，显式溶剂模型，水分子的放置和数量上是不是随意的？有这方面的参考吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-30 10:00

tjuchan 发表于 2015-1-30 09:36
请问一下，显式溶剂模型，水分子的放置和数量上是不是随意的？有这方面的参考吗？谢谢！

数量越多计算越慢。最完美是在分子外面包满一层或两层。
摆放位置是显示溶剂模型一个麻烦的事，有时需要考虑几十种摆放方式（之后要做优化）。
lewar的量化书里的溶剂模型部分有实例

作者
Author: 小和尚 时间: 2015-1-30 11:51

sobereva 发表于 2015-1-30 00:38
IEFPCM模型本身没问题，是科学合理的，我不清楚你说的是什么结果与气相的相反。溶剂下物质/化学反应的特征 ...

sob老师，我是在分子周围加了一定的水分子，在气相中进行结构优化。然后做溶剂化单点计算能量。但是，采用ICFPCM模型得到的结果与气态不一样。比如，A与B的自由能在气态时A比B高，但是，溶剂化计算单点得到的结果是B比A高。

作者
Author: 小和尚 时间: 2015-1-30 11:52

卡开发发发表于 2015-1-30 07:41
在Sob前辈的基础上做个补充，如果你只是进行IEPCM的单点计算，而结构保持气态的结构，这样的结果是不太物理 ...

谢谢建议啊，但是，计算机不给力啊，不是专业做计算的，没有办法直接在溶剂里做优化。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-1-30 12:02

小和尚发表于 2015-1-30 11:52
谢谢建议啊，但是，计算机不给力啊，不是专业做计算的，没有办法直接在溶剂里做优化。

一般不做SCIPCM的话应该不会很慢吧，原则上计算量不会很大，除非结构比较难收敛。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-30 12:30

小和尚发表于 2015-1-30 11:51
sob老师，我是在分子周围加了一定的水分子，在气相中进行结构优化。然后做溶剂化单点计算能量。但是，采 ...

既然周围加了水分子，那就不叫气相了。如果是指加了水分子后在真空下作为团簇计算，那么这么做不合理，应当同时用PCM模型。

用和不用溶剂模型，导致两个物质能量高低顺序发生变化是正常的，极性溶剂会使得极性，尤其是带电体系稳定化。你算的是离子体系，显然溶剂下能量会比气相下低得多。

作者
Author: 小和尚 时间: 2015-1-30 23:25

sobereva 发表于 2015-1-30 12:30
既然周围加了水分子，那就不叫气相了。如果是指加了水分子后在真空下作为团簇计算，那么这么做不合理，应 ...

加水分子在真空下计算不合理吗？那是不是意味着我之前的工作都的得在水体系里优化才行？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-31 01:23

小和尚发表于 2015-1-30 23:25
加水分子在真空下计算不合理吗？那是不是意味着我之前的工作都的得在水体系里优化才行？

不是最合理的，更外面的水还是应当用隐式溶剂模型来表现。
但既然你已经都做了，那就继续那样吧。只要你包满了一层，还算勉强能接受

作者
Author: 小和尚 时间: 2015-1-31 10:56

sobereva 发表于 2015-1-31 01:23
不是最合理的，更外面的水还是应当用隐式溶剂模型来表现。
但既然你已经都做了，那就继续那样吧。只要你 ...

谢谢~~

作者
Author: Smes 时间: 2021-4-21 09:06

sobereva 发表于 2015-1-30 12:30
既然周围加了水分子，那就不叫气相了。如果是指加了水分子后在真空下作为团簇计算，那么这么做不合理，应 ...

老师如果在加显式水的情况下同时使用PCM模型是不是杂化模型啊？那真正的显示溶剂模型是怎么样的啊

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-4-21 12:24

Smes 发表于 2021-4-21 09:06
老师如果在加显式水的情况下同时使用PCM模型是不是杂化模型啊？那真正的显示溶剂模型是怎么样的啊

是

周期性边界条件下加满所有水

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-21 15:30

Smes 发表于 2021-4-21 09:06
老师如果在加显式水的情况下同时使用PCM模型是不是杂化模型啊？那真正的显示溶剂模型是怎么样的啊

是

只考虑显式溶剂分子，不同时使用隐式溶剂模型

作者
Author: Smes 时间: 2021-6-5 12:35

喵星大佬发表于 2021-4-21 12:24
是

周期性边界条件下加满所有水

谢谢老师，那么在杂化溶剂模型(或者显示溶剂模型)中计算溶解自由能岂不是带有其他显性水的能量吗？在杂化溶剂模型中如何计算溶解自由能呢

作者
Author: Smes 时间: 2021-6-5 12:35

sobereva 发表于 2021-4-21 15:30
是

只考虑显式溶剂分子，不同时使用隐式溶剂模型

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-5 14:12

Smes 发表于 2021-6-5 12:35
谢谢老师，那么在杂化溶剂模型(或者显示溶剂模型)中计算溶解自由能岂不是带有其他显性水的能量吗？在杂化 ...

参考
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作者
Author: Smes 时间: 2021-6-5 17:07

sobereva 发表于 2021-6-5 14:12
参考

谢谢老师

作者
Author: wugaiyan 时间: 2021-11-3 22:42

Smes 发表于 2021-4-21 09:06
老师如果在加显式水的情况下同时使用PCM模型是不是杂化模型啊？那真正的显示溶剂模型是怎么样的啊

你好，请问您是用oniom分层优化xian式溶剂吗？请问分两层的话，中心是溶质分子，low层是包裹的溶剂分子，low层在优化过程中固定住吗？

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