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标题: Hamiltonian REMD [打印本页]

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2015-1-29 22:42
标题: Hamiltonian REMD
需要用这个方法跑一个H-REMD，我的体系是一个六聚体的多肽（每条链的序列相同）。
在水中用H-REMD的方法模拟，其中每条链与本身的interactions不需要scale down，
而紧紧是链与链之间的interactions需要scale down。现在对于这样的要求不知道该如何实现。

另外参看了文献 Hamiltonian replica-exchange in Gromacs: a flexible implementation,
也不太清楚如何设定hot region 和 cold region，特别是该如何体现在mdp文件中呢？

之前好像也看到哪位网友说过，在新版的Gromacs里面，调用H-REMD比较灵活了，需要注意一些事情。
只是帖子找不到了！

欢迎各位给提提建议，十分感谢！

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2015-1-30 16:43
目前在PLUMED找到了一个教程，等我跑成功了，我再在这上面更新一下！

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