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标题: 二聚体的结构优化问题 [打印本页]

作者
Author: 漫画呱呱呱呱 时间: 2017-11-9 21:23
标题: 二聚体的结构优化问题
老师，您好！请教一个问题，激基复合物结构优化时，要想固定一个单体以及两个单体之间的中心距离不变，改变两个单体之间的旋转角（每次改变30°），在Gaussian中如何实现。谢谢！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-11-10 03:10
在G16中容易实现，按 http://gaussian.com/opt/ 中对GIC的说明写出相应变量即可，比如其中就有扫描团簇质心距离的例子：

The following example first defines the centroids of two fragments. Then, it defines the interfragment distance as an optimization coordinate:
Define the center of Fragment 1, but don't include it in the optimization.
XC1(Inactive)=XCntr(1-10)
YC1(Inactive)=YCntr(1-10)
ZC1(Inactive)=ZCntr(1-10)
Define the center of Fragment 2, but don't include it in the optimization.
XC2(Inactive)=XCntr(11-21)
YC2(Inactive)=YCntr(11-21)
ZC2(Inactive)=ZCntr(11-21)
Define the distance F1-F2 and include it in the optimization. Its value will be reported in Å:
F1F2=sqrt[(XC1-XC2)^2+(YC1-YC2)^2+(ZC1-ZC2)^2]*0.529177
The following example requests a relaxed PES scan over the same coordinate:
F1F2(NSteps=10,StepSize=0.2)

复制代码

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Author: 小范范1989 时间: 2017-11-10 08:13
咨询一下楼主，楼主打算这样来计算激基复合物的一些属性吗？参考依据是什么呢？因为我最近也想做激基复合物，但是不知道该如何做，谢谢指点。

作者
Author: 漫画呱呱呱呱 时间: 2017-11-10 09:28

liyuanhe211 发表于 2017-11-10 03:10
在G16中容易实现，按 http://gaussian.com/opt/ 中对GIC的说明写出相应变量即可，比如其中就有扫描团簇质心 ...

好的谢谢我学习一下不会再请教您

作者
Author: 漫画呱呱呱呱 时间: 2017-11-10 09:29

小范范1989 发表于 2017-11-10 08:13
咨询一下楼主，楼主打算这样来计算激基复合物的一些属性吗？参考依据是什么呢？因为我最近也想做激基复合物 ...

我也是刚开始现在在摸索阶段

作者
Author: 漫画呱呱呱呱 时间: 2017-11-10 17:40

liyuanhe211 发表于 2017-11-10 03:10
在G16中容易实现，按 http://gaussian.com/opt/ 中对GIC的说明写出相应变量即可，比如其中就有扫描团簇质心 ...

老师我这只有G09 没有G16 也是同样的方法吗

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