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标题: gromacs中如何将小分子设置成为刚性的 [打印本页]

作者
Author: yaochuang 时间: 2017-11-10 11:09
标题: gromacs中如何将小分子设置成为刚性的
请问利用gromacs模拟有机分子体系时，可以将小分子设置为刚性分子进行模拟吗？
尝试过在mdp中设置constraints=all-angles，constraint_algorithm = shake，但是模拟过程中总是出现错误。
请问还有其他方法吗？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-10 17:39
没有什么方法能够令任意分子直接保持刚性（除非直接做坐标冻结），怎么尽可能设为刚性看具体什么分子，比如对一些容易转动的二面角的原子加上一些距离constraint。
原理上用all-angles并不会导致出错。

作者
Author: jase20 时间: 2017-11-11 09:32

sobereva 发表于 2017-11-10 17:39
没有什么方法能够令任意分子直接保持刚性（除非直接做坐标冻结），怎么尽可能设为刚性看具体什么分子，比如 ...

老师，那如果直接增大二面角扭转的力场数呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-11 11:58

jase20 发表于 2017-11-11 09:32
老师，那如果直接增大二面角扭转的力场数呢？

是一种做法，但也不能增加得过大，否则可能导致相应坐标上周期型震荡频率较高

作者
Author: yaochuang 时间: 2017-11-13 09:23

sobereva 发表于 2017-11-11 11:58
是一种做法，但也不能增加得过大，否则可能导致相应坐标上周期型震荡频率较高

谢谢sob老师，是的，力场常数增加过多也会出错。

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