计算化学公社

标题: 关于gaussian计算时读写文件大小上限的问题 [打印本页]

作者
Author: 兵库北先生 时间: 2017-11-13 11:02
标题: 关于gaussian计算时读写文件大小上限的问题
问题描述：最近组里新买了一组集群，发现不知道为何当读写文件到19G的时候总是会强行停止计算，gaussian计算输出文件也是不报任何错误。

环境：
一台管理节点加四台运算节点，用PBS提交任务。

e5 2620 v4 * 2， 32g 内存， 128g ssd。
gaussian 09E

初步尝试过:
1.如果先后或者同时提交两个作业，那也是都到19G都停止，应该不是系统对用户使用磁盘有限制。
2.直接登陆到计算节点运行g09作业，也是到19G停止，怀疑也不是PBS对磁盘有限制。
3.计算文件绝对没问题，同样的文件提交到别的机子上都能正常算出来。

不知道各位有没有遇到这种情况，希望不吝指教。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-11-13 11:56
64位的高斯没限制。我写到过290GB。“同样的文件在别的机器上能跑出来”不就说明高斯没有这个限制？

作者
Author: abin 时间: 2017-11-13 12:04
查查磁盘配额有没有限制，是否限制单个文件大小？

作者
Author: 兵库北先生 时间: 2017-11-14 08:46

liyuanhe211 发表于 2017-11-13 11:56
64位的高斯没限制。我写到过290GB。“同样的文件在别的机器上能跑出来”不就说明高斯没有这个限制？

感谢回复，我也觉得应该不是高斯的限制。不过应该是什么问题呢？

作者
Author: 兵库北先生 时间: 2017-11-14 08:51

abin 发表于 2017-11-13 12:04
查查磁盘配额有没有限制，是否限制单个文件大小？

感谢回复，使用quota和repquota查看么？好像没有任何输出，是没有限制的意思吧？

作者
Author: abin 时间: 2017-11-14 09:42

兵库北先生发表于 2017-11-14 08:51
感谢回复，使用quota和repquota查看么？好像没有任何输出，是没有限制的意思吧？

指令具体用法看手册吧。

比如，我管理的机器有限定，输出如下：
[root@mu01 ~]# repquota -s /dev/sdb1
*** Report for user quotas on device /dev/sdb1
Block grace time: 7days; Inode grace time: 7days
                     Block limits             File limits
User          used soft hard  grace used  soft  hard  grace
----------------------------------------------------------------------
root    -- 23088    0    0          16    0    0
g09    --    124    0    0          29    0    0
inspur -- 62692    0    0          312    0    0
ms5.5    --    112    0    0          25    0    0
test    -- 4459M 300G 400G          1229  3000  4000
tom --  21134M    0    0          2788    0    0
jack    -- 6272    0    0          128    0    0
tempshare  --    48    0    0          12    0    0
#521    -- 902M 380G 400G          176  200k  200k
#524    --  43944M 380G 400G          1179  200k  200k

[root@mu01 ~]#

但是指令使用错误，什么信息都没有的。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2017-11-15 10:50
试试看拆分rwf文件吧：“%rwf=1.rwf,18GB,2.rwf,18GB,3.rwf,18GB”。

作者
Author: 兵库北先生 时间: 2017-11-15 13:48

Daniel_Arndt 发表于 2017-11-15 10:50
试试看拆分rwf文件吧：“%rwf=1.rwf,18GB,2.rwf,18GB,3.rwf,18GB”。

好的，我试试看。

作者
Author: doris 时间: 2018-1-24 21:21

兵库北先生发表于 2017-11-15 13:48
好的，我试试看。

你好，我遇到相同的问题，想问下楼主的问题是否已解决。具体的问题是什么？怎么解决的？非常感谢

作者
Author: 兵库北先生 时间: 2018-3-2 16:44

doris 发表于 2018-1-24 21:21
你好，我遇到相同的问题，想问下楼主的问题是否已解决。具体的问题是什么？怎么解决的？非常感谢

后来发现是gaussian软件的问题，删了重装解决。

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