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标题: 使用隐式溶剂报错 cannot find length for atoms involved in angle [打印本页]

作者
Author: jase20 时间: 2017-11-13 21:50
标题: 使用隐式溶剂报错 cannot find length for atoms involved in angle
我在使用隐式溶剂的时候，出现了这个报错，我在top中并没有定义这两个原子之间有键角，关键是在实际结构中这两个原子八杆子打不着，真的很纳闷为什么会有这样的问题。
我在mdp文件中加上了implicit-solvent = GBSA gb-algorithm = OBC，就出现了这样的报错，关掉这两个选项就可以，请问该如何解决这个问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-14 01:31
gmx2016.4试试？

作者
Author: jase20 时间: 2017-11-14 10:59

sobereva 发表于 2017-11-14 01:31
gmx2016.4试试？

谢谢老师，还是不行....不过请问top中的原子编号一定是要从1按顺序开始编号吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-14 13:06

jase20 发表于 2017-11-14 10:59
谢谢老师，还是不行....不过请问top中的原子编号一定是要从1按顺序开始编号吗？

不一定有这个要求，反正我是没见过moleculetype里有原子序号不从1开始的情况

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