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标题: 求助neb计算 [打印本页]

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Author: fly1992 时间: 2017-11-16 16:33
标题: 求助neb计算
初学vasp计算neb的相关内容，很多内容不太明白，想请教一下论坛里面的高手，先感谢啦。
1.按照教程，尝试了Cu表面C原子的迁移的离子。优化了初态末态的结构，并在中间插入了四个图像。在插入点后，通过软件观察了每一步的结构，C原子从初态的位置移动到末态的位置，这种结构的合理性应该怎么判断？
2.优化完结构后，将初态和末态的OUTCAR分别放入第一个和最后一个文件夹。然后开始NEN的计算，INCAR如图2，这个参数的设置有不合理的地方吗？

(, 下载次数 Times of downloads: 66) 图1
3.按照此INCAR提交任务，完成计算后，查看中间插入的每一个文件夹里的OUTCAR，都只是完成了计算，并没有出现网络上教程所写的"reached acquired accuracy"，而是出现了图2的情况，这种情况是不是就就说明并没有优化成功，还是说明再插入点的时候已经不是合理的了？如果是NEB计算出的问题，应该在哪里查看问题？
(, 下载次数 Times of downloads: 64) 图2
4.NEB计算完成后，使用nebresult.pl处理数据，出现了图3的情况。Illegal division by zero at位置的地方我在网上查，说的是不能除以0的错误，打开nebspline.pl文件以后，根据70行的内容，往上一直最初的变量，也没看太明白。我的理解应该是跟neb.dat里面的数据有关，但是由于程序功底实在太差，具体的东西没看明白。再有就是图3显示的waring部分，这一部分就彻底没鼓捣清楚到底是什么的范围。
(, 下载次数 Times of downloads: 64) 图3

作者
Author: sky 时间: 2017-11-17 15:37
1. 插入的image只需要看一下有没有原子互相挨得很近，有的话调一下就行。
2. 一开始计算先用IOPT=7，比IOPT=3快一点，然后LCLIMB=.FALSE.;算个一二十步之后再换IOPT=1或2，LCLIMB=.TRUE.
3. NEB计算不需要收敛，从经验来看也极少能碰到收敛的情况。主要是找到切线力尽可能等于0的点，然后用dimer算，基本都能找到过渡态。
4. nebresult.pl没用过，看结果“forces and energy:”下面的数据的第四列应该就是切线力，正常的计算切线力是由正值变到负值，或者由负值变到正值，然后找接近于0的点。你图里的数据只有正值，因此要么初末态构型有问题，要么你要找的点在0和1两个image之间。
不过1号image的切线力已经很接近0了，可以尝试直接做过dimer

作者
Author: fly1992 时间: 2017-11-20 11:35

sky 发表于 2017-11-17 15:37
1. 插入的image只需要看一下有没有原子互相挨得很近，有的话调一下就行。
2. 一开始计算先用IOPT=7，比IOP ...

您好，这两天一直没看论坛，非常感谢您的回复。在您的回复里面，我还有几个问题想请教您一下：
1.在您的第一条回复里面，您所说的原子之间相互挨得太近，是指移动的原子里的太近吗？如果我插入的image比较密集，这种情况不是应该势必导致原子之间离得比较近吗？有那种文献计算算氧离子导体的NEB计算，最后呈现出来的扩散路径里面感觉他插入的image就非常多啊，那这种情况下应该怎么解决。
2.在您的第二条里面我想问一下，算一二十步之后再换IOPT=2，这个是什么意思？是等到计算结束以后再修改INCAR，还是算个一二十步之后手动停止计算，修改INCAR，然后继续算？
3.您所说的用dimer算，就是把ICHAIN改成2，其他的还需要改什么地方吗？

作者
Author: sky 时间: 2017-11-20 13:29

fly1992 发表于 2017-11-20 11:35
您好，这两天一直没看论坛，非常感谢您的回复。在您的回复里面，我还有几个问题想请教您一下：
1.在您的 ...

1. 我指的是单个的image里面有可能出现某两个原子挨得很近的情况。
2. 跑个一二十步之后停止计算，‘mv CONTCAR POSCAR’之后修改INCAR再继续算。脚本都是线性插值，因此初始构型一般都很不合理，上来就用IOPT=2的话收敛慢，甚至可能出错。跑个几十步等构型相对合理一些之后，再换IOPT=2。
3. dimer是vasp里面自带的算法，详细用法手册里有。

作者
Author: ztchem 时间: 2017-11-23 10:56

sky 发表于 2017-11-17 15:37
1. 插入的image只需要看一下有没有原子互相挨得很近，有的话调一下就行。
2. 一开始计算先用IOPT=7，比IOP ...

forces and anergy的第四列中不是每个image以00的OUTCAR的能量插吗，应当也是能量而不是力。foreces是不是neb.dat的第四列才对啊。
愚见，勿怪。

作者
Author: fly1992 时间: 2017-11-23 19:33

sky 发表于 2017-11-20 13:29
1. 我指的是单个的image里面有可能出现某两个原子挨得很近的情况。
2. 跑个一二十步之后停止计算，‘mv ...

对了，老师，还想请教您一下，后面的数据处理您是怎么整的？

作者
Author: fly1992 时间: 2017-11-23 19:36

ztchem 发表于 2017-11-23 10:56
forces and anergy的第四列中不是每个image以00的OUTCAR的能量插吗，应当也是能量而不是力。foreces是不 ...

您好，您后面的数据处理使用的网上下载的.pl文件吗？

作者
Author: ztchem 时间: 2017-11-24 08:48

fly1992 发表于 2017-11-23 19:36
您好，您后面的数据处理使用的网上下载的.pl文件吗？

是的，vtstscrips里的内容解压一下

作者
Author: fly1992 时间: 2017-11-25 09:59

ztchem 发表于 2017-11-24 08:48
是的，vtstscrips里的内容解压一下

我也是用的里面的脚本，但最后处理结果的时候始终会出现上面图3的情况，您知道是怎么回事吗？

作者
Author: ztchem 时间: 2017-11-28 09:52

fly1992 发表于 2017-11-25 09:59
我也是用的里面的脚本，但最后处理结果的时候始终会出现上面图3的情况，您知道是怎么回事吗？

图3中的warning我也遇到了，但不知道是啥原因，搜了一下说是gunplot绘图的需要

作者
Author: fly1992 时间: 2017-11-28 14:27

ztchem 发表于 2017-11-28 09:52
图3中的warning我也遇到了，但不知道是啥原因，搜了一下说是gunplot绘图的需要

感谢回复，那这个意思就不用管它，直接往后走就行吗？

作者
Author: zbybyby 时间: 2024-6-24 10:39
跟您遇到了同样的问题，请问您时如何解决的呢
Unziping the OUTCARs ... done
Do nebbarrier.pl ; nebspline.pl
0
24.5133389988695

Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/Vasp.pm line 713.

Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/Vasp.pm line 713.

Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/Vasp.pm line 713.

Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/nebspline.pl line 70.
Do nebef.pl
Do nebmovie.pl
Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/pos2con.pl line 160.
Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/Vasp.pm line 168.
Do nebjmovie.pl
Do nebconverge.pl
mv: cannot stat ‘vaspout1.eps’: No such file or directory
mv: cannot stat ‘vaspout2.eps’: No such file or directory
mv: cannot stat ‘vaspout3.eps’: No such file or directory

Forces and Energy:
0       0.000000    -126.816600       0.000000
1       0.000000       0.000000    126.816600
2       0.000000       0.000000    126.816600
3       0.000000       0.000000    126.816600
4       0.000000    -126.816600       0.000000

cat: exts.dat: No such file or directory

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