计算化学公社

标题: 如何使用VMD来建立羟基和羰基随机修饰的氧化石墨烯模型呢？ [打印本页]

作者
Author: wanse 时间: 2017-11-19 14:50
标题: 如何使用VMD来建立羟基和羰基随机修饰的氧化石墨烯模型呢？
我在使用vmd生成了4×4nm石墨烯模型之后，我如何使得羰基和羟基按比率随机的修饰在石墨烯表面，从而形成氧化石墨烯构型呢？

作者
Author: wanse 时间: 2017-11-20 14:01
真的没人指导一下么

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-11-20 14:57

wanse 发表于 2017-11-20 14:01
真的没人指导一下么

估计很难实现，你可以试试MS

作者
Author: wanse 时间: 2017-11-20 15:46

jiangning198511 发表于 2017-11-20 14:57
估计很难实现，你可以试试MS

可是ms不知道如何实现随机分布，这个该怎么弄呢

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-11-20 19:51
最好的办法是自己写一个程序来实现这个功能，VMD肯定可以实现，前提你会写TCL脚本，调用VMD即可，基本思想：
1）首先是构建好纯的石墨烯片层
2）将上述石墨烯中的原子序号作为一个group
3）随机的添加氧原子（环氧，羟基均存在键长和键角可以作为约束条件），然后将与氧原子相连的C原子放到另一个group中，在每次循环的时候不要选中这个group中的原子
4）当O/C比达到指定的比例的时候即可停止
5）根据PDB文件的格式进行输出即可

作者
Author: wanse 时间: 2017-11-20 23:01

ruanyang 发表于 2017-11-20 19:51
最好的办法是自己写一个程序来实现这个功能，VMD肯定可以实现，前提你会写TCL脚本，调用VMD即可，基本思想 ...

嗯嗯，谢谢大神

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2017-11-20 23:59
之前写过一个小程序，刚才没找到，我印象是用Python写的一个程序，生成的是lammps的data文件，为了省事没有写bond，只写的atom，之后再用软件自动产生bond。需要注意的事基团在石墨烯面两侧都生长的；考虑环氧基的时候在周期边界处很麻烦，程序需要额外的注意一下，否则基团不太均匀（你的模型有羰基应该不是周期性的GO？）。好久没做碳了，祝好运。

作者
Author: wanse 时间: 2017-11-21 00:17

dark_cosmos 发表于 2017-11-20 23:59
之前写过一个小程序，刚才没找到，我印象是用Python写的一个程序，生成的是lammps的data文件，为了省事没有 ...

对，因为不是周期性的GO，所以生成起来比较麻烦

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