计算化学公社

标题: 请教频率计算出现no对我体系的影响 [打印本页]

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-1-31 17:43
标题: 请教频率计算出现no对我体系的影响
我的体系是两条平行的六肽，已经过结构优化。计算频率时后两个判断标准为NO，解决的方法我已经在论坛内找到，我想问的问题是频率计算出现NO的情况对我的体系而言是否可以忽略呢。
我用m062x/6-31g进行体系优化，目的是研究两条肽链间的相互作用（非键相互作用，包含多个氢键）。我准备从结合能和能量分解的角度去解释它，请问在我这个体系中，频率计算判断标准中出现NO的情况是否可以忽略呢？（有些NO出现了虚频，有些没有出现，这两种情况是否有所差别呢？）
这所以问以上的问题是因为出现了如下这些困惑：本来出现虚频或者对结构的准确度要求高的话，都要求判断标准为4个YES。但对于我的研究目的，对结构的准确度的要求需要很高吗？我的体系比较大，出现一个虚频的话可以在接受范围内吗？

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-31 20:33
你的目的是研究两条肽链间的相互作用（非键相互作用，包含多个氢键），你用的基组是不是偏小了，弱相互作用的计算起码要加弥散函数，或者在考虑一下色散矫正。
你看看sobereva老师的这个帖子，希望对你有用
http://hi.baidu.com/sobereva/item/3cbf8904defdc4803d42e2e9
http://hi.baidu.com/sobereva/item/772d38c6e13165d497445243

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-31 20:46
我觉得你应该查阅相关类似文献，看他们计算这类体系的精度有多高，找一个计算代价你可以接受并且精度也还可以的方法借鉴到你的体系中，然后文章中引用此类文献，这样就有根有据了。呵呵

作者
Author: sobereva 时间: 2015-2-1 03:37
用这么小的基组，怀疑是计算能力受限。既然如此，就更没必要去做频率计算了，还不如把计算量用在优化时用好点的基组上。用6-31G的话至少一个审稿人一定会吐槽的，甚至可能直接被拒掉，而且在这样优化出的结构上再做后续的分析可能最终都会成为徒劳。

如果确实计算条件不够，最好是按http://sobereva.com/214中所介绍的，用ORCA在BLYP-D3/def2-SV(P)结合gCP校正来优化。

单就频率计算的NO问题来说，要看偏离收敛限多远，如果差得太大，最好还是取最后的结构用opt=tight结合int=ultrafine继续优化。

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-2-1 10:12

diaolanxinyu 发表于 2015-1-31 20:46
我觉得你应该查阅相关类似文献，看他们计算这类体系的精度有多高，找一个计算代价你可以接受并且精度也还可 ...

谢谢你你的建议对我有帮助

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-2-1 10:26

sobereva 发表于 2015-2-1 03:37
用这么小的基组，怀疑是计算能力受限。既然如此，就更没必要去做频率计算了，还不如把计算量用在优化时用好 ...

谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)