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标题: Amber16安装，其他功能正常，MMPBSA无法运行，求教 [打印本页]

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2017-11-22 10:15
标题: Amber16安装，其他功能正常，MMPBSA无法运行，求教
请教各位老师：

安装的amber16可以使用Pmemd，cpptraj等模块。但MMPBSA无法运行。
报错如下：
ImportError: Could not import Amber Python modules. Please make sure you have sourced /public/software/amber16/amber.sh (if you are using sh/ksh/bash/zsh) or /public/software/amber16/amber.csh (if you are using csh/tcsh)
amber.sh 已经source了啊
而且python路径也指定了
这是MMPBSA.py开头的内容：
#!/public/software/apps/python/2.7.12/bin/python

"""
MMPBSA.py is a script for performing (M)olecular (M)echanics

我的python路径：
[root@node13 bin]# which python
/public/software/apps/python/2.7.12/bin/python

其他模块正常：
[root@node13 bin]# cpptraj

CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16.00
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| Date/time: 11/22/17 10:12:57

请问这个问题是出在哪里了？
感谢各位老师

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2017-11-22 13:37
已解决问题。
原因是amber下的site-package与python的site-package路径不一致，将amber的site-package内容复制到python下可解决问题。

作者
Author: qq8942128 时间: 2017-12-14 18:06

ChaosChiao 发表于 2017-11-22 13:37
已解决问题。
原因是amber下的site-package与python的site-package路径不一致，将amber的site-package内容 ...

您好，我也出现了这样的问题，请问一下amber下的site-package在哪？Python的site-package在哪？

作者
Author: beyond 时间: 2017-12-15 18:30
建议在安装amber的时候，也安装amber自己的python，使用的时候就直接用amber.python，一般就不会出现问题了

作者
Author: qq8942128 时间: 2018-1-1 21:01
最近发现一个可以很好的解决这个问题的办法，每次使用mmpbsa的时候，先source /home/User/amber16/amber.sh 就可以使用了希望可以给新手一点帮助

作者
Author: tt123456 时间: 2018-11-7 09:23

qq8942128 发表于 2018-1-1 21:01
最近发现一个可以很好的解决这个问题的办法，每次使用mmpbsa的时候，先source /home/User/amber16/amber.sh ...

只要source就可以了吗？

作者
Author: kunkun 时间: 2018-11-30 10:14
编译的时候加上 --with python = $your_python_path 即可

作者
Author: qyf 时间: 2019-12-2 00:08
把amber.sh的内容复制到/etc/profile文件里面，然后source重启应该也行吧

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