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标题: 关于scan后，通过 IRCsplit得到多个.gjf的输入，进而计算LBO [打印本页]
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Author: meatball1982    时间: 2017-11-22 20:35
标题: 关于scan后，通过 IRCsplit得到多个.gjf的输入，进而计算LBO
本帖最后由 meatball1982 于 2017-11-23 09:03 编辑

大家好：
      我想通过《通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程》这个帖子中的内容，实现分析LBO(Laplace bond order)。我用自己的IRC输入。出现问题。

  输入文件如下(HF/6-31+G*)只是个测试，实际过程中会用高一点的基组和方法。

  1. chk=./b_1_12.chk
  2. % mem = 32GB
  3. % nprocshared=8

  5. # Hf/6-31   IRC(calcall,cartesian,maxpoint=1,Forward,Phase=(1,12),Reverse,stepSize=100)

  7. scan bond 1-12

  9. 0 1
  10. C                  1.08514100   -1.45084200   -0.20891400
  11. C                  1.67018400   -0.07590400   -0.51483600
  12. C                  0.86924100    1.03705000    0.14628200
  13. C                 -0.61979400    0.89623800   -0.13747900
  14. C                 -1.08516600   -0.54788400    0.10706100
  15. O                 -0.24912900   -1.47378400   -0.55151300
  16. O                  2.99649700    0.00268100   -0.03703600
  17. O                  1.29847600    2.28019300   -0.33033500
  18. O                 -1.28430900    1.78686800    0.70512700
  19. C                 -2.46643000   -0.84322800   -0.45729800
  20. O                 -3.39481800    0.05494500    0.10273800
  21. O                  1.22599200   -1.77828800    1.13410900
  22. H                  3.61204800   -0.20592400   -0.71611800
  23. H                  2.13673800    2.48409900    0.04458500
  24. H                 -4.26287400   -0.13508900   -0.20342000
  25. H                 -2.21478600    1.66253300    0.61865100
  26. H                  2.09116800   -1.53595100    1.42122100
  27. H                  1.55921400   -2.20681300   -0.82715700
  28. H                  1.64659800    0.07392500   -1.58980100
  29. H                  1.00643800    0.97909900    1.22211900
  30. H                 -0.79136000    1.15493500   -1.18291300
  31. H                 -1.08109000   -0.73601100    1.17472900
  32. H                 -2.43688500   -0.73940000   -1.53883000
  33. H                 -2.72592600   -1.86891000   -0.21668000
复制代码

复制代码

其中，stepSize 我想尝试很大(默认是0.01bohr,我设置为1bohr)，看到一个键(atom1和 atom12)被拉长，然后 断开(现在，只是拉的很长）。
这时我看新的 log ,这个键变化还是没有想像的大。

这个过程如果用scan来作，但scan的log 就没法用IRCsplit生成对应的用于生成wfn的gjf文件。scan得到的构象个数不对(显示的是-1)

我的问题
01.用IRC来实现键的拉长，进而通过LBO分析是否可行。


02.如果不能用IRC,用柔性scan的话，需要把每一步的构象取出来，生成对应的用于生成wfn的gjf文件。再作LBO的分析？
更新：问题02，有解决的工具（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=scan）
应该可行。
问题01依旧。


作者
Author: sobereva    时间: 2017-11-25 15:39
IRC没法实现键的拉长（除非键断裂过程有TS的情况。没有TS的情况柔性扫描是正途）
作者
Author: meatball1982    时间: 2017-11-25 18:42
sobereva 发表于 2017-11-25 15:39
IRC没法实现键的拉长（除非键断裂过程有TS的情况。没有TS的情况柔性扫描是正途）

谢谢sob.
我尝试在settings.ini
当中将
bndordthres　变为0.00
nthreads         变为8

可输出的键级还是默认的0.05,计算，也是以默认的4个线程在算。
如果我将settings.ini放在当前目录下，则不存在这个问题。
每次把settings.ini放到当前目录倒是行，就是麻烦些。

有没有可能的解决方法。
作者
Author: sobereva    时间: 2017-11-26 11:32
meatball1982 发表于 2017-11-25 18:42
谢谢sob.
我尝试在settings.ini
当中将

设定Multiwfnpath环境变量，指定在哪个目录找settings.ini。手册里一搜Multiwfnpath就能找到具体说明



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