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标题: 关于大体系S0优化的疑问 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-11-23 08:40
标题: 关于大体系S0优化的疑问
最近做了一个较大体系的结构（300原子），用6-31g能跑成功，但是用了6-31g*之后，计算中的临时文件太大，导致根目录磁盘不够。
想问一下6-31g*优化S0时，我先算opt，然后进行freq计算的结果和两个一起进行计算有区别么？这样也可降低每次计算的任务量，谢谢！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-11-23 09:27
opt freq 并不是“一起计算”，只是“自动依次计算”而已。
自己算opt再做freq不会让计算耗时更低（写的不好还能更高）
300个原子的优化一般机器会非常费劲，尽可能的想办法简化体系、或者用其他的处理方式。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-11-23 11:25

liyuanhe211 发表于 2017-11-23 09:27
opt freq 并不是“一起计算”，只是“自动依次计算”而已。
自己算opt再做freq不会让计算耗时更低（写的不 ...

已经是简化过的体系了，应该能算的，只不过中间文件太大，超过我的磁盘了。
谢谢

作者
Author: Mikasa 时间: 2017-11-24 00:44
1. 磁盘根目录不够？其它目录呢，再不行外接个硬盘呢。
2. 这么大体系，感觉不如用半经验。（http://sobereva.com/214）

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-12-6 12:59

Mikasa 发表于 2017-11-24 00:44
1. 磁盘根目录不够？其它目录呢，再不行外接个硬盘呢。
2. 这么大体系，感觉不如用半经验。（http://sober ...

文献也是用DFT进行计算的，半经验不具有说服力。原因是加了弥散函数后，freq计算中间文件太大，占满根目录了。

作者
Author: Mikasa 时间: 2017-12-7 00:42

yezhonghua 发表于 2017-12-6 12:59
文献也是用DFT进行计算的，半经验不具有说服力。原因是加了弥散函数后，freq计算中间文件太大，占满根目 ...

你一直说的是“占满根目录了”
你的意思是整个硬盘没有空间了，还是只是根目录的空间不够？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-7 17:54

yezhonghua 发表于 2017-12-6 12:59
文献也是用DFT进行计算的，半经验不具有说服力。原因是加了弥散函数后，freq计算中间文件太大，占满根目 ...

*是极化，不是弥散
如果GAUSS_SCRDIR指定的目录写满了，而其它目录还有空间，可以分割rwf。如果还不够干脆买个4T硬盘，也没多少钱。
300原子做DFT/6-31G*的振动分析是非常困难的。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-12-8 08:46

sobereva 发表于 2017-12-7 17:54
*是极化，不是弥散
如果GAUSS_SCRDIR指定的目录写满了，而其它目录还有空间，可以分割rwf。如果还不够干 ...

谢谢sober老师，那如果采用G16在freq分析上是不是能够快很多相对于G09。
因为G16对于TD-DFT的freq采用了新的解析方法，比原来的G09快很多，特别是对于激发态的freq优化。请教一下G16对于基态的 DFT freq计算也能有很快的加速么？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-8 13:02

yezhonghua 发表于 2017-12-8 08:46
谢谢sober老师，那如果采用G16在freq分析上是不是能够快很多相对于G09。
因为G16对于TD-DFT的freq采用了 ...

对于非TDDFT/TDHF，freq速度基本没有变化。而且由于默认用了int=ultrafine，速度还更慢。（但如果是比如AVX2版G16和非AVX2的G09比，在支持AVX2的CPU上，相同设定下，G16会快一点。这决不是改进算法的功劳）

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-12-8 16:25

sobereva 发表于 2017-12-8 13:02
对于非TDDFT/TDHF，freq速度基本没有变化。而且由于默认用了int=ultrafine，速度还更慢。（但如果是比 ...

有人做个过一个64个原子体系的TD-B3LYP/CCPVDZ S1 freq 优化，16核心CPU。G16用了2小时，G09用了51小时，速度提升很明显。说是G16的TD用了analysis 分析比G09的数值分析快了不少。不知道对于原子数量的增加，G16对于S1 freq的提升速度相比G09是否更快。
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-8 20:23

yezhonghua 发表于 2017-12-8 16:25
有人做个过一个64个原子体系的TD-B3LYP/CCPVDZ S1 freq 优化，16核心CPU。G16用了2小时，G09用了51小时， ...

那是因为G16支持TD的解析Hessian，G09只支持半数值Hessian
体系越大提升速度越多

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-12-9 22:03

sobereva 发表于 2017-12-8 20:23
那是因为G16支持TD的解析Hessian，G09只支持半数值Hessian
体系越大提升速度越多

多谢sober老师，非常感谢您的解答！

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