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标题: 求助ADMP相关问题 [打印本页]

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-24 15:26
标题: 求助ADMP相关问题
本帖最后由 niubaotian85 于 2017-11-24 15:32 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 60)
这是我在一篇文献上看到的一个分析手段，计算时在高斯中输入#p MP2/6-311++G** ADMP(maxpoint=1000,stepsize=2000,fullscf) temperature=100.0 pressure=1.0，然后将fchk文件通过gaussview得不到有关R的结果，而且时间只能到200fs，请问：
1.如果我要计算图中的结果，需要输入哪些关键词
2.如何改变时间，像图中一样变成1000fs或者更多？
3.这种ADMP分析在动力学模拟方面更接近真实情况么？
4.为什么当我输入中不加fullscf的时候就显示502错误（Input densites are not normalized）呢？

作者
Author: yflchx 时间: 2017-11-24 17:59
1. 用GV读取计算结果即可，Results->Trajectory->Plot->倒数第二个选项（选键长）。

2. 不建议盲目增加步长，如果要模拟时间变长，增加maxpoint。

3. 不知道该怎么回答才合适，ADMP只是一种模拟手段，看你需要什么。

4. 我猜是MP2的事，换成DFT还这样吗？加上fullscf耗时，但精确。

个人意见，仅供参考。

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-24 20:31

yflchx 发表于 2017-11-24 17:59
1. 用GV读取计算结果即可，Results->Trajectory->Plot->倒数第二个选项（选键长）。

2. 不建议盲目增加 ...

谢谢你，但是我在读取的时候是fchk，在result里可以选择Trajectory，然后没有可以选择的，直接点开，是十一个图，没有键长的，前四个都是能量的，倒数第一个是RMS Beta Idempotency,倒数第二个是Average Beta Idempotency. 所以想问一下，是不是我输入命令行有什么问题呢？

作者
Author: yflchx 时间: 2017-11-24 20:39

niubaotian85 发表于 2017-11-24 20:31
谢谢你，但是我在读取的时候是fchk，在result里可以选择Trajectory，然后没有可以选择的，直接点开，是十 ...

你用的GV版本比较低，用GV5.0.8可以。

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-24 21:32

yflchx 发表于 2017-11-24 20:39
你用的GV版本比较低，用GV5.0.8可以。

真的非常感谢，麻烦你了，我用的是GV5.0.9，我用的fchk文件，读取时有Trajectory这一项，但是鼠标放在上面没有其他可以选择的了，只能直接点开，所以我才怀疑是不是我命令行错了。请问该怎么操作。

作者
Author: yflchx 时间: 2017-11-24 21:41

niubaotian85 发表于 2017-11-24 21:32
真的非常感谢，麻烦你了，我用的是GV5.0.9，我用的fchk文件，读取时有Trajectory这一项，但是鼠标放在上 ...

为什么不试试读取.log或.out呢。

我试过了，好着呢。最后一个是close，倒数第二个是：Plot Molecular Property...点开就是定义描绘键长。

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-24 22:38

yflchx 发表于 2017-11-24 21:41
为什么不试试读取.log或.out呢。

我试过了，好着呢。最后一个是close，倒数第二个是：Plot Molecular ...

太感谢了

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-24 22:57
本帖最后由 niubaotian85 于 2017-11-24 23:08 编辑

yflchx 发表于 2017-11-24 21:41
为什么不试试读取.log或.out呢。

我试过了，好着呢。最后一个是close，倒数第二个是：Plot Molecular ...

读取键长后得到的曲线很不一样。文献中是振动的曲线，我的是一条上升的近乎直线，如果可以，请帮我看一看 (, 下载次数 Times of downloads: 58)

作者
Author: yflchx 时间: 2017-11-25 09:18

niubaotian85 发表于 2017-11-24 22:57
读取键长后得到的曲线很不一样。文献中是振动的曲线，我的是一条上升的近乎直线，如果可以，请帮我看一看

人家描绘的是两个H之间的键长，你描绘的是Be（5）和H（6）的，两码事。

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-25 16:15
本帖最后由 niubaotian85 于 2017-11-25 16:23 编辑

yflchx 发表于 2017-11-25 09:18
人家描绘的是两个H之间的键长，你描绘的是Be（5）和H（6）的，两码事。

哦，是这样，但是尝试后发现，我做的是在0.7-0.82振动，但是文献是在1.5-1.8埃间振动，这不合理啊，一样的方法，却答案不一样，是为什么呢？

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-25 16:26
本帖最后由 niubaotian85 于 2017-11-25 16:42 编辑

yflchx 发表于 2017-11-25 09:18
人家描绘的是两个H之间的键长，你描绘的是Be（5）和H（6）的，两码事。

因为我没做过ADMP，可能问的不专业，希望见谅。就是，作者在文献中讨论动力学模拟的时候，看不同温度下是否被吸附，那是不是应该考虑Be与H2间的距离呢？考虑H2间原子的距离能说明它们被吸附上了没有么？文献中说了一句the trajectories of H2 molecules from Be atom in C2H2Be(2H2) at 100K.也让我感觉像是说与Be原子的距离。而且我发现Be原子和H2的距离是在1.5埃左右。所以以上的疑问，外加我做出的结果，如果是H2间H-H的距离又和文献中不一样，所以还是想问问你，是不是我哪里有问题。非常感谢，真是太麻烦你了。

作者
Author: yflchx 时间: 2017-11-25 18:27

niubaotian85 发表于 2017-11-25 16:26
因为我没做过ADMP，可能问的不专业，希望见谅。就是，作者在文献中讨论动力学模拟的时候，看不同温度下是否 ...

这个不好做判断，我没看过原文。不知道作者是如何讨论的。

假如输入来自文献的话，MP2、temperature、pressure我感觉很奇怪。

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-25 19:47

yflchx 发表于 2017-11-25 18:27
这个不好做判断，我没看过原文。不知道作者是如何讨论的。

假如输入来自文献的话，MP2、temperature、 ...

是这样的，文献里没有输入，我不知道输入对不对，MP2方法和对应的基组是没有问题的，他做了100k和300k的时候的曲线，压力他没说，我觉得应该是1atm。同样的我也算了不加压力的，也和结果对不上。打扰你了这么多次，很不好意思，但我的确很想讨论一下这个动力学，下边是文献的截图，如果您方便，请帮忙看一下，万分感谢。 (, 下载次数 Times of downloads: 61)

作者
Author: yflchx 时间: 2017-11-25 20:44
本帖最后由 yflchx 于 2017-11-25 20:50 编辑

niubaotian85 发表于 2017-11-25 19:47
是这样的，文献里没有输入，我不知道输入对不对，MP2方法和对应的基组是没有问题的，他做了100k和300k的 ...

好像他们做的是恒温模拟，要用到Nuclear Kinetic Energy Thermostat Option，你写temperature的话根本没用。

去看G09的IOP手册：IOP(1/80-82，89，91，92)，在IOP手册里面搜索thermostat，以防我给你写的不对。

我只能帮到这里了，八九年前我用过ADMP，现在没有太多空闲时间去研究这个。

实在不行，一个Email过去，请求作者帮帮忙。

作者
Author: niubaotian85 时间: 2017-11-25 21:01

yflchx 发表于 2017-11-25 20:44
好像他们做的是恒温模拟，要用到Nuclear Kinetic Energy Thermostat Option，你写temperature的话根本没 ...

十分感谢，谢谢谢谢

作者
Author: ACS_Nano 时间: 2025-6-4 17:52

niubaotian85 发表于 2017-11-24 22:57
读取键长后得到的曲线很不一样。文献中是振动的曲线，我的是一条上升的近乎直线，如果可以，请帮我看一看

您好，麻烦问下你最后是怎么解决查看resutls -> Trajectory -> Plots的，我的情况和你一样，GV版本是5.0.9，打开ADMP的log文件，但是只有resutls -> Trajectory，一打开就是很多能量啥的，没有键长这个。非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-4 17:58

ACS_Nano 发表于 2025-6-4 17:52
您好，麻烦问下你最后是怎么解决查看resutls -> Trajectory -> Plots的，我的情况和你一样，GV版本是5.0. ...

你不设置显示键长当然不会默认显示

参考北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）极其详细讲AIMD模拟部分的幻灯片：
(, 下载次数 Times of downloads: 27)

gview 5已经很老了，没有这个功能。如果没有gview 6，用下文的方法转成xyz轨迹，然后在VMD里得到键长的变化

GauMD2xyz：将Gaussian的从头算动力学轨迹转换为xyz轨迹的程序
http://sobereva.com/126

作者
Author: ACS_Nano 时间: 2025-6-4 22:18

sobereva 发表于 2025-6-4 17:58
你不设置显示键长当然不会默认显示

参考北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC） ...

知道了，谢谢sob老师。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)