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标题: AMBER/Gaussian联用问题 [打印本页]

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2017-11-24 20:29
标题: AMBER/Gaussian联用问题
在进行amber+gaussianl联用时，进行最小化总出现Error reading Gaussian template file gau_job.tpl错误，请问这个需要怎么改才能跑通

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-11-25 09:44
咨询一下楼主，这个是如何连用的呢？有没有相关的网址？amber主页连接那个我知道，不知道楼主有没有其他的学习网址或者资料？谢谢楼主

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2017-11-25 10:10

小范范1989 发表于 2017-11-25 09:44
咨询一下楼主，这个是如何连用的呢？有没有相关的网址？amber主页连接那个我知道，不知道楼主有没有其他的 ...

我现在联用没有成功，说明做法是错误的，amber12的3.7.6.3有一些教程，我是根据那上面弄的，你可以参考一下

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-25 11:37
估计要么是模板文件格式不对，要么放的路径不对，程序找不到这个文件

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-11-25 17:27

16whzhengdn 发表于 2017-11-25 10:10
我现在联用没有成功，说明做法是错误的，amber12的3.7.6.3有一些教程，我是根据那上面弄的，你可以参考一 ...

谢谢指点

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2017-11-27 08:15

sobereva 发表于 2017-11-25 11:37
估计要么是模板文件格式不对，要么放的路径不对，程序找不到这个文件

估计是的，我检查下路径先

作者
Author: Kristen-Chan 时间: 2019-5-7 20:58
请问一下您跑通了吗？能否给一些指点，谢谢

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2019-6-4 11:41

Kristen-Chan 发表于 2019-5-7 20:58
请问一下您跑通了吗？能否给一些指点，谢谢

跑通了，你想了解哪些方面？

作者
Author: fang0411 时间: 2019-11-4 00:18

16whzhengdn 发表于 2019-6-4 11:41
跑通了，你想了解哪些方面？

你好，我在跑QM/MM时，old.gau_job.log显示正常结束，但是.OUT文件里面一直出现以下的错误，请问是什么原因呢？谢谢。
SANDER BOMB in subroutine check_installation (qm2_extern_util_module)
Internal error closing and deleting file with path location of executable.
Quitting now.

作者
Author: 纪山 时间: 2019-11-28 00:53

16whzhengdn 发表于 2019-6-4 11:41
跑通了，你想了解哪些方面？

请问您如何解决的？

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2020-6-9 15:59

fang0411 发表于 2019-11-4 00:18
你好，我在跑QM/MM时，old.gau_job.log显示正常结束，但是.OUT文件里面一直出现以下的错误，请问是什么原 ...

请问解决了吗，如果还没有，需要把.out文件传上来，看过之后才能知道什么原因？

作者
Author: azero 时间: 2020-6-9 20:40
请教amber与高斯联用是不是只能用sander，无法使用GPU加速？

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2020-6-10 16:17

azero 发表于 2020-6-9 20:40
请教amber与高斯联用是不是只能用sander，无法使用GPU加速？

你好，目前Amber18及以上版本可以使用GPU加速运行，可去官网或者下载手册阅读指南。http://ambermd.org/GPUSupport.php

作者
Author: azero 时间: 2020-6-10 19:08

16whzhengdn 发表于 2020-6-10 16:17
你好，目前Amber18及以上版本可以使用GPU加速运行，可去官网或者下载手册阅读指南。http://ambermd.org/G ...

翻了翻手册，原来Amber18真的支持与高斯联用GPU加速了, 还有些问题请教下
1. 用pmemd 跟高斯联用是不是仍然依赖 CPU核心（性能）？
2. 半经验QM/MM能否用pmemd？以前试过用amber18的半经验，好像pmemd是不行的。现在去了别的实验室，暂时没电脑测试，不知是不是设置错了。

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-6-11 07:47

azero 发表于 2020-6-10 19:08
翻了翻手册，原来Amber18真的支持与高斯联用GPU加速了, 还有些问题请教下
1. 用pmemd 跟高斯联用是不是 ...

您好，请问关于这个GPU加速Gaussian/Amber的QM/MM 方法在手册的什么位置，我非常感兴趣，但是没有找到。

作者
Author: fitterluo 时间: 2022-7-18 16:28
您好，我想请教一下调用这两款软件时使用的命令是什么呢？翻了手册没有找到，期待您的回复

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2022-9-7 15:49
你好，我的是这样设置的
&qmmm
  qmmask ='选择的区域',
  qmcharge  = *,
  qm_theory ='EXTERN', （这个地方就是连用其他软件设置）
  qmcut = *,
/
&gau
  method = '*',
  basis = '*',
  executable = '你选择的连用软件',
  scf_conv    = *,
/

作者
Author: therotyonth 时间: 2022-9-12 15:39
可以不使用模板，直接在sander的输入in文件里面把所有的参数写上。

作者
Author: hangmint 时间: 2022-12-4 22:32

chenjinfeng850 发表于 2020-6-11 07:47
您好，请问关于这个GPU加速Gaussian/Amber的QM/MM 方法在手册的什么位置，我非常感兴趣，但是没有找到。

我也感兴趣，现在2022年了是还没找到GPU加速的，莫非是G16支持的GPU？我看手册上MM部分仍然是使用sander计算，sander本身是不支持GPU加速的吧。

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