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标题: 求助Interaction energies的计算方法 [打印本页]

作者
Author: qianbao 时间: 2017-11-27 19:53
标题: 求助Interaction energies的计算方法
本帖最后由 qianbao 于 2017-11-27 19:54 编辑

各位老师好，想咨询一下关于interaction energies的计算方法。我在读这篇文章：DOI: 10.1021/acs.chemmater.6b02930。文章中的有关于给、受体间的interaction energies的具体数值，但是我不知道怎么算出来的，想请教各位前辈老师。
以及在参考文献中的Table S1中的数值也不知道具体是怎样计算的。
谢谢各位老师前辈！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-27 20:12
不是资源分享的帖子不要发到资源分享版，给你移动了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-27 20:14
整体能量减片段能量就是相互作用能，群里已经回复过了
各个能量成份需要做SAPT能量分解才能得到，看此文第10节
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

作者
Author: qianbao 时间: 2017-11-27 20:28

sobereva 发表于 2017-11-27 20:12
不是资源分享的帖子不要发到资源分享版，给你移动了

好的，老师，下次注意。

作者
Author: qianbao 时间: 2017-11-27 20:29

sobereva 发表于 2017-11-27 20:14
整体能量减片段能量就是相互作用能，群里已经回复过了
各个能量成份需要做SAPT能量分解才能得到，看此文第 ...

好的，老师，我现在去用Multiwfn 试一试。谢谢老师！

作者
Author: 有楽 时间: 2017-11-28 11:20

sobereva 发表于 2017-11-27 20:12
不是资源分享的帖子不要发到资源分享版，给你移动了

借楼询问一下SOB老师，在Gaussian09 D01中加入counterpoise后，计算结果会包含如下信息：
Counterpoise corrected energy = X1 Hartrees
                        BSSE energy = X2 Hartrees
                  sum of monomers = X3 Hartrees
            complexation energy = X4 kcal/mole (raw)
            complexation energy = X5 kcal/mole (corrected)
(X4=(X1-X3-X2)*627.51；X5=(X1-X3)*627.51)
想和老师确认一下，在论文里提及相互作用能的时候，可以直接使用complexation energy (corrected) ，即X5这个数据吗（而不是用X1-两个单体孤立状态优化后的单点能之和）？我计算的体系中，相互作用的2个分子结构都比较刚性，没有构象特别复杂的部分；计算的目的是证实这2个分子确实有相互作用，并给出给出大致数值，这种相互作用很多前人已经发现并讨论过了，不需要再深入研究。

在这两个贴子里（http://sobereva.com/46；http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=BSSE）的回答应该是肯定的，再和老师确认一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-28 12:20

有楽发表于 2017-11-28 11:20
借楼询问一下SOB老师，在Gaussian09 D01中加入counterpoise后，计算结果会包含如下信息：
Counterpoise ...

直接用X5

作者
Author: 有楽 时间: 2017-11-28 13:07

sobereva 发表于 2017-11-28 12:20
直接用X5

好的，谢谢SOB老师！

作者
Author: qianbao 时间: 2017-11-30 08:37

sobereva 发表于 2017-11-27 20:14
整体能量减片段能量就是相互作用能，群里已经回复过了
各个能量成份需要做SAPT能量分解才能得到，看此文第 ...

老师，我这里出现新的问题，请老师帮忙指点一下。
1.在片段一的输入文件中，这些是我的关键词：#p opt cam-b3lyp/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3bj pop=full nosymm test
然后在Multiwfn手册中的4.1008小节的第（5）条是将#换成#P，我这之前就是#P是不是需要改正呀？
2.在出现新的new.gjf文件中，我的关键词是这样的#p opt cam-b3lyp/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3bj nosymm test
请问老师在这个gjf文件中它的下面一些极坐标需要删掉吗？
3. From NH3.out, BH3.out and new.out, following information can be found
E(NH3) = -56.184295 a.u.
E(BH3) = -26.368196 a.u.
老师，请问这个数据具体是在哪出现的呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-30 15:50

qianbao 发表于 2017-11-30 08:37
老师，我这里出现新的问题，请老师帮忙指点一下。
1.在片段一的输入文件中，这些是我的关键词：#p opt c ...

cam-b3lyp对于算基态非常不适合，不要用
用单点任务，不要用opt
搞不清楚的你严格对照着examples\EDA目录下的文件去效仿着写。不知道数据从哪里读的就从那里面的输出文件里搜对应的数值

作者
Author: qianbao 时间: 2017-11-30 19:34

sobereva 发表于 2017-11-30 15:50
cam-b3lyp对于算基态非常不适合，不要用
用单点任务，不要用opt
搞不清楚的你严格对照着examples\EDA ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: qianbao 时间: 2017-11-30 20:52

qianbao 发表于 2017-11-30 08:37
老师，我这里出现新的问题，请老师帮忙指点一下。
1.在片段一的输入文件中，这些是我的关键词：#p opt c ...

Counterpoise corrected energy =  -11230.033561422610
               BSSE energy =    0.039921224650
            sum of monomers =  -11230.057301719920
         complexation energy =    -10.15 kcal/mole (raw)
         complexation energy =    14.90 kcal/mole (corrected)
老师，这个X5和X4一个是正值一个是负值，是正常的吗？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-30 20:57

qianbao 发表于 2017-11-30 20:52
Counterpoise corrected energy = -11230.033561422610
BSSE energy = 0.039 ...

不正常

作者
Author: qianbao 时间: 2017-12-1 08:40

sobereva 发表于 2017-11-30 20:57
不正常

老师，那请问我该怎么修改呢？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 12:54

qianbao 发表于 2017-12-1 08:40
老师，那请问我该怎么修改呢？谢谢老师！

没细节信息没法说。估计输入文件里有一些低级问题

比如算出来相互作用能是-10 kcal/mol，修正后变成-8.5 kcal/mol，这样是正常的。修正完了成了正值绝对有巨大问题。

作者
Author: qianbao 时间: 2017-12-1 19:06

sobereva 发表于 2017-12-1 12:54
没细节信息没法说。估计输入文件里有一些低级问题

比如算出来相互作用能是-10 kcal/mol，修正后变成 ...

老师您好，又来麻烦您了，第一次算相互作用能，出了一系列麻烦，还请您帮忙看一下，谢谢老师！
老师，我是对界面用的CAM-B3LYP/6-31G(d)泛函基组进行优化操作的，但是将泛函改成B3LYP，X5还是正值。
老师，我是这样操作的：1.在Gaussian中利用Delete Atom的图表键基于界面优化的构型（DA61.out）去除给体得到的受体片段limy-61.gjf，相同方法得到给体片段limy-PBDTTPD.gjf。但是这样得出来的坐标和之前文件中的不一样（不知道该怎么解决）；
2.然后，我新建一个Ultra Edit编辑的关键词，复制受体片段和给体片段，每一个坐标后面均表明1或2。这样新组成的LIMY-PBDTTPD61-C1.gjf；
3.最后得到的out文件，出来的就是X5是正值。
还请老师帮忙指点迷津。谢谢老师！麻烦老师了！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 22:58

qianbao 发表于 2017-12-1 19:06
老师您好，又来麻烦您了，第一次算相互作用能，出了一系列麻烦，还请您帮忙看一下，谢谢老师！
老师，我 ...

不要把简单问题搞复杂了。这是个H2O---HCl相互作用能计算例子

#p M062X/jun-cc-pVTZ empiricaldispersion=GD3 counterpoise=2

H2O---HCl

0 1
O                0.03182700 1.92133500 0.00000000 1
H                -0.43191500 2.27140800 0.76804900 1
H                -0.43191500 2.27140800 -0.76804900 1
Cl                0.03182700 -1.17882900 0.00000000 2
H                0.06816300 0.12660100 0.00000000 2

直接读取末尾的complexation energy (corrected)就是最终HCl和H2O的相互作用能
此任务的结构是对H2O---HCl复合物优化得到的

不要用CAM-B3LYP（哪怕结合D3）计算弱相互作用能，这泛函初衷根本不是干这个的。该用什么看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

作者
Author: qianbao 时间: 2017-12-2 18:50

sobereva 发表于 2017-12-1 22:58
不要把简单问题搞复杂了。这是个H2O---HCl相互作用能计算例子

#p M062X/jun-cc-pVTZ empiricaldispe ...

哦哦哦，好的，谢谢老师。

作者
Author: qianbao 时间: 2018-10-7 19:23

sobereva 发表于 2017-12-1 12:54
没细节信息没法说。估计输入文件里有一些低级问题

比如算出来相互作用能是-10 kcal/mol，修正后变成 ...

老师，您好，换了基组后，也是正值，想请老师帮忙看一下，我可以从哪试着解决呢？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-8 01:09

qianbao 发表于 2018-10-7 19:23
老师，您好，换了基组后，也是正值，想请老师帮忙看一下，我可以从哪试着解决呢？
谢谢老师！

拿CAM-B3LYP算弱相互作用纯属搞笑，我前面已经明确强调了

弱相互作用计算常识看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

作者
Author: qianbao 时间: 2018-10-9 13:56

sobereva 发表于 2018-10-8 01:09
拿CAM-B3LYP算弱相互作用纯属搞笑，我前面已经明确强调了

弱相互作用计算常识看

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: qianbao 时间: 2018-10-23 16:24

sobereva 发表于 2017-12-1 12:54
没细节信息没法说。估计输入文件里有一些低级问题

比如算出来相互作用能是-10 kcal/mol，修正后变成 ...

老师，请帮忙看一下我的计算中存在的问题：
1、用EDA计算和原文数值相差有些大（我考虑是因为色散力较大）
2、CAM-B3LYP计算后X4和X5正负相反
3、B3LYP似乎也存在问题
所以想请老师指点一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-23 19:11

qianbao 发表于 2018-10-23 16:24
老师，请帮忙看一下我的计算中存在的问题：
1、用EDA计算和原文数值相差有些大（我考虑是因为色散力较大 ...

我都说过N遍了，不加D3校正用B3LYP和CAM-B3LYP算弱相互作用是搞笑！

作者
Author: qianbao 时间: 2018-10-25 09:45

sobereva 发表于 2018-10-23 19:11
我都说过N遍了，不加D3校正用B3LYP和CAM-B3LYP算弱相互作用是搞笑！

谢谢老师！这次真的学会了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)