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标题: GaussView保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法 [打印本页]
作者Author: sobereva 时间: 2015-2-2 14:28
标题: GaussView保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
GaussView保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
Solution to the problem that internal coordinate variables are not represented by letters when GaussView saves input files
First release: 2015-Feb-2 Last update: 2021-Jul-9
今天在思想家公社QQ群里有人问GaussView保存Gaussian输入文件时，在保存界面中取消了write cartesian选项以保存成内坐标形式，但是保存出来的内坐标的变量直接用数字表示，如下面这样，应该怎么做才能保存成变量形式？
- O
- H 1 0.94740744
- H 1 0.94740744 2 105.47857762
解决办法很简单，先把体系保存成.mol等其它格式，然后载入之，再保存成Gaussian输入文件，就会看到内坐标都用字母表示了：
- O
- H 1 B1
- H 1 B2 2 A1
- B1 0.94740000
- B2 0.94735254
- A1 105.47684474
没有相应选项直接选择是否把变量用字母表示是GaussView一个不人性化的地方。
更好的做法是使用笔者的Multiwfn程序保存Gaussian输入文件，你可以直接设置保存成哪种内坐标形式。Multiwfn可以在http://sobereva.com/multiwfn免费下载。Multiwfn支持从大量格式中载入结构信息，如xyz/pdb/pqr/mol/mol2/cif/gjf/wfn/cub/fch/molden/mwfn等等，完整介绍见http://sobereva.com/379。如果把自带的settings.ini文件里的iloadGaugeom设为1，还可以直接从Gaussian输出文件里载入结构信息。
启动Multiwfn并从输入文件里载入结构信息后，输入gi就可以进入Gaussian输入文件保存界面。默认保存成笛卡尔坐标形式，如果先输入zmat，再输入要保存的文件路径，则产生的Gaussian输入文件就是内坐标形式，而且所有几何参数都是通过变量表示。如果进入Gaussian输入文件保存界面后先输入zmat2，再输入要保存的文件路径，则产生的Gaussian输入文件里就是内坐标直接带变量值的形式表示。
注：Multiwfn的以上特性在2021-Jul-9及以后更新的版本中才支持。
作者Author: 小范范1989 时间: 2015-2-2 15:00
确实实用的技巧
[img][/img]
作者Author: Shannon 时间: 2015-2-2 22:33
没想到还有这个技巧。 一直以为高斯没办法保存成字母形式呢
作者Author: 西瓜太郎 时间: 2016-9-4 23:09
老师，“然后载入之”是什么意思呀？能不能说的详细些，不太明白。谢谢！
作者Author: 一颗赛艇 时间: 2016-9-5 01:22
本帖最后由 一颗赛艇 于 2016-9-5 01:23 编辑
补充一个更简单的方法：菜单Edit -> Connection
里面的Z-matrix tools 选择Opt all --> OK
然后勾掉write cartesian保存即可
作者Author: jackie 时间: 2016-9-5 17:32
great
作者Author: gangcheng 时间: 2017-6-23 21:02
哇，谢谢两位大牛！！ 非常感谢分享，长见识。
作者Author: lmy 时间: 2018-10-13 23:56
谢谢老师啦，正好这两天过渡态找的好麻烦
作者Author: annaqz 时间: 2021-7-8 14:26
我的问题正好相反。我是MS建模导出来的pdb文件，转为gview保存的gjf文件。保存后不选笛卡尔坐标，导出来的内坐标形式都是字母，我想让它显示数字，要怎么做
作者Author: sobereva 时间: 2021-7-9 09:32
下载最新的Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)，载入pdb文件，输入gi，再输入zmat2，之后输入要保存的Gaussian输入文件的路径，得到的Gaussian输入文件里就是直接用数值表示的内坐标。
作者Author: sobereva 时间: 2021-7-9 10:14
对本文加入了以下内容
更好的做法是使用笔者的Multiwfn程序保存Gaussian输入文件，你可以直接设置保存成哪种内坐标形式。Multiwfn可以在http://sobereva.com/multiwfn免费下载。Multiwfn支持从大量格式中载入结构信息，如xyz/pdb/pqr/mol/mol2/cif/gjf/wfn/cub/fch/molden/mwfn等等，完整介绍见http://sobereva.com/379。如果把自带的settings.ini文件里的iloadGaugeom设为1，还可以直接从Gaussian输出文件里载入结构信息。
启动Multiwfn并从输入文件里载入结构信息后，输入gi就可以进入Gaussian输入文件保存界面。默认保存成笛卡尔坐标形式，如果先输入zmat，再输入要保存的文件路径，则产生的Gaussian输入文件就是内坐标形式，而且所有几何参数都是通过变量表示。如果进入Gaussian输入文件保存界面后先输入zmat2，再输入要保存的文件路径，则产生的Gaussian输入文件里就是内坐标直接带变量值的形式表示。
注：Multiwfn的以上特性在2021-Jul-9及以后更新的版本中才支持。
作者Author: 乐平 时间: 2021-7-9 10:20
就是说，先用 GaussView 将结构保存成 .mol 格式的文件，然后用 GaussView 打开刚刚保存的 .mol 文件，再将它保存成 .gjf 文件。
作者Author: winnerwill 时间: 2021-7-9 10:21
也有5楼类似的方法
Tools --> Connection
ZMat Tools --> Opt None
保存时不勾选Write Cartesians
作者Author: annaqz 时间: 2021-7-9 13:38
好的，明白了。谢谢社长
作者Author: annaqz 时间: 2021-7-9 13:39
好的好的，明白了。感谢！
作者Author: 哈库呐玛塔塔 时间: 2022-10-23 14:25
老师，您好，我想请问将Gaussian中的输入文件中的笛卡尔坐标转换成内坐标计算时有什么不同，我是个新手，想请教一下。
作者Author: sobereva 时间: 2022-10-24 05:04
都一样，没有不同
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