计算化学公社

标题: 分片段计算相互作用能问题 [打印本页]

作者
Author: xiaojingling016 时间: 2017-11-30 11:36
标题: 分片段计算相互作用能问题
最近计算氟离子传感方面的东西，想计算氟离子与某个分子之间的成键键能以及反应前后的吉布斯自由能的变化。计算键能方法用的是Sobereva老师的《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》这个帖子里提到的分片段计算相互作用。输入文件关键词#p opt freq B3P86/TZVP scrf=(COSMO,solvent=Dimethylsulfoxide) counterpoise=2，交作业后出现L1错误，去掉溶剂后就可以算了，不知道原因，用#p opt freq B3P86/TZVP scrf=(COSMO,solvent=Dimethylsulfoxide）进行基态优化没有问题。计算吉布斯自由能变化是不是也需要分片段呢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-30 16:02
关键词严重不合理
counterpoise不能结合隐式溶剂模型使用
高斯默认的IEFPCM明明比COSMO更严格更好，干嘛要用COSMO？
B3P86是非常烂的泛函，不要效仿一些非主流文献用这个

我不晓得你说的“分片段”具体指什么，指代不明。整体自由能减去两个片段自由能就完了，分别算三个体系。自由能怎么算，看：
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2017-12-1 10:08

sobereva 发表于 2017-11-30 16:02
关键词严重不合理
counterpoise不能结合隐式溶剂模型使用
高斯默认的IEFPCM明明比COSMO更严格更好，干嘛 ...

我计算BSSE出现了如下问题：
Counterpoise: doing calculation for fragment 1 using the basis set of the full-system, NewBq=T
RdWrB1 read garbage pointers.
Error termination via Lnk1e in /home/gzz/g16/l301.exe at Fri Dec 1 05:43:39 2017.
计算关键词是gen counterpoise=2 empiricaldispersion=gd3 m062x
基组是madef2tzvp
结构自取b3lyp/6-311+g(2df,2p) empiricaldispersion=gd3bj的opt结构，论坛上Gaussian的Q&A没有相关的解决方法，不知道什么问题，老师能否解答一下.

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 12:50

杜黎小松发表于 2017-12-1 10:08
我计算BSSE出现了如下问题：
Counterpoise: doing calculation for fragment 1 using the basis set ...

最好上传完整输入文件

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2017-12-1 14:30

sobereva 发表于 2017-12-1 12:50
最好上传完整输入文件

BSSE输入文件:
%chk=1_BSSE.chk
# gen counterpoise=2 empiricaldispersion=gd3 m062x

Title Card Required

0 1 -1 1 1 1
C(Fragment=1)    -0.69320900 0.02776500 0.58690300
N(Fragment=1)    -0.77328000 1.37881500 0.25057800
O(Fragment=1)    -1.83320600 1.76682900 -0.23199800
O(Fragment=1)    0.23584200 2.11318200 0.37305800
N(Fragment=1)    -1.38423300 -0.83964100 -0.38859900
O(Fragment=1)    -0.90777700 -0.81796200 -1.53581300
O(Fragment=1)    -2.32431900 -1.50145300 -0.04544800
N(Fragment=1)    0.43142600 -0.55763200 1.14989600
O(Fragment=1)    1.17651500 0.09445500 1.87906500
O(Fragment=1)    0.63766500 -1.75776400 0.85087900
N(Fragment=2)    2.70748800 -0.47095900 -0.93626000
H(Fragment=2)    2.24622700 -1.19639000 -0.38474500
H(Fragment=2)    3.32080700 0.03113300 -0.30242300
N(Fragment=2)    1.66820800 0.45790100 -1.33334000
H(Fragment=2)    1.97854800 0.95948800 -2.16302400
H(Fragment=2)    0.80785600 -0.07267900 -1.58445400
H(Fragment=2)    1.38080400 1.15417300 -0.60064800

@/home/gzz/g16/basis/madef2tzvp.gbs /N

计算硝仿阴离子与肼基阳离子相互作用能的BSSE

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 22:51

杜黎小松发表于 2017-12-1 14:30
BSSE输入文件:
%chk=1_BSSE.chk
# gen counterpoise=2 empiricaldispersion=gd3 m062x

直接指定基组，不用@再试
你这体系很小，直接用jun-cc-pVTZ也完全可以

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2017-12-3 10:32

sobereva 发表于 2017-12-1 22:51
直接指定基组，不用@再试
你这体系很小，直接用jun-cc-pVTZ也完全可以

哦，用DFT也能用jun-cc-pvtz啊，我原来一直以为post-hf基组只用于post-hf方法，原来DFT的高精度计算也需要这个基组。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-3 12:38

杜黎小松发表于 2017-12-3 10:32
哦，用DFT也能用jun-cc-pvtz啊，我原来一直以为post-hf基组只用于post-hf方法，原来DFT的高精度计算也需 ...

没有“post-hf基组”之说，只不过最适合结合后HF，这样最划算
到了对精度有较高要求的层面，也就不在乎是否最划算了（对于结合DFT，may-cc-pVTZ划算程度不及ma-TZVP，不过也差不太多）

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2017-12-3 19:47

sobereva 发表于 2017-12-3 12:38
没有“post-hf基组”之说，只不过最适合结合后HF，这样最划算
到了对精度有较高要求的层面，也就不在 ...

明白了，谢谢sob老师！

作者
Author: xiaojingling016 时间: 2017-12-3 21:22
本帖最后由 xiaojingling016 于 2017-12-3 21:39 编辑

对氟离子检测，算氟离子与传感分子间的相互作用能，检测是在Dimethylsulfoxide溶剂中进行，用counterpoise=2关键词，这个溶剂怎么处理，该用什么模型呢，没加溶剂模型算了一下，出现Convergence failure -- run terminated. Error termination via Lnk1e in /gpfs1/share/apps//g09d01/l502.exe at Fri Dec 1 17:01:56 2017.
要是算平衡常数公式K，在网上帖子说是：把反应物优化结构，计算出吉布斯自由能，产物优化结构，计算出吉布斯自由能，根据ΔG=-RTlnK即可算出平衡常数，总感觉不是太对，不知道是不是这样算。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-4 01:01

xiaojingling016 发表于 2017-12-3 21:22
对氟离子检测，算氟离子与传感分子间的相互作用能，检测是在Dimethylsulfoxide溶剂中进行，用counterpoise= ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
不能熟练使用CP之前，不要考虑CP，以免由于低级错误造成麻烦。溶剂模型没法直接和CP一起用，CP只能用于校正气相下相互作用能的电子能量贡献的部分

没有什么不太对的，这是最基本的物理化学公式之一

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