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标题: 过渡态搜索多分子反应结构优化问题 [打印本页]

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Author: Do@yourself 时间: 2017-11-30 14:36
标题: 过渡态搜索多分子反应结构优化问题
看到Sob老师的帖子里一句话：如果是多分子比如A+B=C+D这样的反应，应当优化A和B/C和D的复合物作为输入的产物/产物，而不是单独优化A、B然后拼到一起，因为形成范德华复合物后孤立的分子会有一定构象改变，能量也低于它们孤立状态的加和。请问多分子反应找过渡态反应物和产物该怎么优化呢，我现在优化后产物老会往反应物结构上跑，离远了也不知道对不对，而且虚频也很多。困扰很久了，请教各位大佬指教，谢谢！

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Author: sobereva 时间: 2017-11-30 15:55
看具体情况，如果过渡态比较好找到，走IRC，对两侧结构优化就得到了反应复合物和产物复合物

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Author: Do@yourself 时间: 2017-11-30 16:53

sobereva 发表于 2017-11-30 15:55
看具体情况，如果过渡态比较好找到，走IRC，对两侧结构优化就得到了反应复合物和产物复合物

Sobl老师您的意思就是先找过渡态，然后通过优化得到反应物和产物吗？高斯的过渡态搜索不是需要输入反应物和产物才能找过渡态吗？谢谢老师！

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Author: sobereva 时间: 2017-11-30 17:26

Do@yourself 发表于 2017-11-30 16:53
Sobl老师您的意思就是先找过渡态，然后通过优化得到反应物和产物吗？高斯的过渡态搜索不是需要输入反应物 ...

显然不是。你那说的是QST2，绝大多数情形都是用opt=TS，直接给过渡态初猜

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Author: Do@yourself 时间: 2018-1-16 15:04

sobereva 发表于 2017-11-30 17:26
显然不是。你那说的是QST2，绝大多数情形都是用opt=TS，直接给过渡态初猜

Sob老师opt=TS还不太会用，如果我想用QST2找过渡态的话，那多个反应物的情况该怎么优化呢?我现在一优化产物就会回到反应物上。谢谢！

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Author: sobereva 时间: 2018-1-16 15:19

Do@yourself 发表于 2018-1-16 15:04
Sob老师opt=TS还不太会用，如果我想用QST2找过渡态的话，那多个反应物的情况该怎么优化呢?我现在一优化产 ...

opt=TS比QST2好用、简单得多得多！有一定研究经验的人基本用的都是opt=TS，而QST2大部分用途就是用来坑新人
尤其是涉及到多分子反应，你用QST2还得确保反应/产物复合物结构正好对应于IRC两端结构，这往往很难搞，远不如直接摆个基本靠谱的TS结构用opt=TS

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Author: Do@yourself 时间: 2018-1-16 15:56

sobereva 发表于 2018-1-16 15:19
opt=TS比QST2好用、简单得多得多！有一定研究经验的人基本用的都是opt=TS，而QST2大部分用途就是用来坑 ...

好的，谢谢老师，我想找的是MgCl2.H2O=MgOHCl+HCl的过渡态，如果单分子结构找成功了，我想用晶胞结构找这个过渡态，这样的话高斯应该是适用于我的体系吧。

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Author: sobereva 时间: 2018-1-16 17:39

Do@yourself 发表于 2018-1-16 15:56
好的，谢谢老师，我想找的是MgCl2.H2O=MgOHCl+HCl的过渡态，如果单分子结构找成功了，我想用晶胞结构找这 ...

你把MgCl2作为团簇，可以用高斯研究

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Author: Do@yourself 时间: 2018-1-16 18:34

sobereva 发表于 2018-1-16 17:39
你把MgCl2作为团簇，可以用高斯研究

Sob老师MgCl2团簇就是一些文献中提到的晶胞分割后再加上一定厚度的真空层的“盒子”吗？

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Author: sobereva 时间: 2018-1-16 19:46

Do@yourself 发表于 2018-1-16 18:34
Sob老师MgCl2团簇就是一些文献中提到的晶胞分割后再加上一定厚度的真空层的“盒子”吗？

量化程序诸如高斯算团簇体系根本用不着设盒子，对这类体系精度和效率也远比第一性原理程序高

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Author: Do@yourself 时间: 2018-1-17 11:07

Do@yourself 发表于 2018-1-16 18:34
Sob老师MgCl2团簇就是一些文献中提到的晶胞分割后再加上一定厚度的真空层的“盒子”吗？

Sob老师。我用Opt=Ts方法后计算过程总是出现问题，请您帮我看看哪有问题，谢谢老师！

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