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标题: [原创]Gamess自定义基组与赝势的输入格式——basnam [打印本页]
作者Author: brothers 时间: 2015-2-2 21:22
标题: [原创]Gamess自定义基组与赝势的输入格式——basnam
本帖最后由 brothers 于 2016-10-26 09:32 编辑
这里只讲自定义基组和赝势时的注意事项，假设你已经懂了gamess其它格式。
最权威的例子是帮助文档23页的示例。本帖尽量保持正确，如有错讹，请不吝指教。
软件为Gamess13， Windows版64位。 假设这样一个体系，含有Pt，H，H三个原子。对Pt使用自定义赝势基组。
为了使用自定义基组，首先要在$basis basnam 下为每个原子指定一个标识（与gamess关键词不重复的），比如对Pt和两个H分别定义为metal, ligH, ligH。注意这个标识的拼写是无关紧要的。比如你可以定义zhangsan，lisi，wanglaowu…..。这部分结构如下：
$basis basnam(1)=metal, ligH,ligH $end
！注意每个原子都要定义，比如两个H，在basnam中定义ligH时需要重复两次。
！帮助文档第23页那个例子，metal后面有个空格，删掉也不打紧。
！定义完basnam，紧跟着是一个$data $end块，里面需要提供标题，对称性，分子结构等信息。
！紧跟在$data $end块后面定义基组的具体内容！！！
$data
Title
对称性（！分子的对称性 ）
空行 （! 注意，一般情况下，对称性与分子结构之间需要一个空行；若对称性指定为C1，这里不需要空行 ）
分子结构
$end ！之后不要用$data了
！下面开始自定义基组，基组的定义顺序不要求与basnam中原子的定义顺序一致
$metal ！Pt的基组，可以自定义（从网上复制过来），也可以是gamess内嵌的
基组内容
空行
$end ！注意$end前面需要空行
$ligH ！H的基组。与basnam定义格式（两个ligH）不同，基组定义时，只需要给出一次$ligH即可。
基组内容
空行
$end
！再下面需要指定赝势。注意$control部分需要有使用赝势的关键词~~本人用两个原子的输入文件测试发现赝势的指定顺序也没有必要与basnam或与分子说明部分的顺序一致，但是一致总是没错的
$ecp
Pt-ecp xxxxxx ！注意这里-ecp前需要直接指明元素符号Pt或H，不要使用之前basnam部分定义的metal或ligH。赝势可以是gamess内嵌的，也可以是网站上copy来的。要注意赝势大小，gamess不支持h及更高的角动量，如果赝势里有h角动量，需要手动删除。
H-ecp none
H-ecp none ！没有赝势的原子也必须全部列出，指明为none。如果有100个H原子，恭喜你，必须全部列出来
！这里不要空行了（空行了好像也没有影响….醉了...为了安全，还是按照官方的例子来吧，不要空行）
$end
注意：本文所涉及的几个顺序问题，比如basnam的定义顺序，分子说明中的原子顺序，基组定义顺序，赝势定义顺序等，在普通计算中也许不那么重要，但是在某些特殊计算中，比如能量分解中，是必须百倍小心的。不管怎样，全都按照相同顺序写总是没错的。
到这里就over了~~只要注意，一定不会有问题；如果有问题，请仔细阅读错误报告~~实在解决不了再发帖提问
13楼是beefly大神的回复，帮大家附在后面，免得忘了看。
metal与逗号之间的空格不影响读入，这是fortran读入namelist的习惯。gamess的输入格式采用伪namelist机制，也延续了这个习惯。
早先的版本，可以在官方提供的运行脚本里指定外部基组文件，然后在$BASIS里直接引用自定义的基组名就可以了。但是2013版以后的运行脚本去掉了此功能，改为本文介绍的方法，我感觉反而更繁琐。建议找个旧版的gamess，把rungms用旧的替代；或者研究一下旧rungms是怎么写的，把外部基组文件的功能加上。不过即便是旧的方法，依然很罗嗦。
ecp中的原子顺序必须和坐标里的一致，注意这个坐标是打印在输出文件的坐标，不是输入文件的坐标部分。存在对称等价原子的情况下，两者是不一样的，前者比后者的原子数多。如果自定义ECP，只能在对称等价原子首次出现的时候定义ECP，其余的等价原子保留一行，但-ECP之后什么也不写。......每次自定义基组的时候，都想把这部分代码的作者拉出来暴打一顿。 |
作者Author: sobereva 时间: 2015-2-3 04:59
自定义基组和赝势最省事、清楚的莫过于Gaussian
作者Author: brothers 时间: 2015-2-3 12:38
gaussian是简单得多了，而且网上的帖子很多，只要有耐心，基本都能自己搞定
作者Author: 北纬18° 时间: 2015-2-3 12:57
虽然不用gamess，但是还是研究下。
作者Author: molx79 时间: 2015-4-1 16:22
我算的体系是SF2和HCHO的弱相互作用。I使用的基组是：aug-cc-pvtz-pp；其余的原子均使用aug-cc-pvtz基组。
我的
$BASIS basnam(1)=metal,metal,ligO,ligS,ligC,ligH,ligH $END
后面定义自己的基组就完全不对了。您说的“基组内容”，是从网页上复制出来的吗？
作者Author: brothers 时间: 2015-4-1 20:05
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=671&extra=
可以看一下我的这个帖子
作者Author: brothers 时间: 2015-4-1 22:36
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=675&extra=
还有这个
作者Author: molx79 时间: 2015-4-2 13:21
您能给我发一个您的gamess含赝势基组的算例吗？molixin2003@163.com。
作者Author: mountain 时间: 2015-4-4 21:51
metal 后加个空格是作者想要区分金属和配体间的不同元素，清晰起见，没有特别意思
作者Author: brothers 时间: 2015-4-4 22:04
soga，这位兄弟常用gamess的？多多指教~~
作者Author: WendyWan 时间: 2016-1-11 20:46
初学GAMESS，想做EDA，分子中有需要用到ECP的原子，被输入文件的格式搞得很头疼。经sob老师推荐看到了这篇帖子，根据建议对输入文件进行了调整，还是不能正常运行。求各位大神指点……
作者Author: brothers 时间: 2016-1-14 10:15
sorry，好久不做，不太熟悉了。最近忙着给老板干活凑数据。祝你的问题早日解决
作者Author: beefly 时间: 2016-1-14 11:21
metal与逗号之间的空格不影响读入，这是fortran读入namelist的习惯。gamess的输入格式采用伪namelist机制，也延续了这个习惯。
早先的版本，可以在官方提供的运行脚本里指定外部基组文件，然后在$BASIS里直接引用自定义的基组名就可以了。但是2013版以后的运行脚本去掉了此功能，改为本文介绍的方法，我感觉反而更繁琐。建议找个旧版的gamess，把rungms用旧的替代；或者研究一下旧rungms是怎么写的，把外部基组文件的功能加上。不过即便是旧的方法，依然很罗嗦。
ecp中的原子顺序必须和坐标里的一致，注意这个坐标是打印在输出文件的坐标，不是输入文件的坐标部分。存在对称等价原子的情况下，两者是不一样的，前者比后者的原子数多。如果自定义ECP，只能在对称等价原子首次出现的时候定义ECP，其余的等价原子保留一行，但-ECP之后什么也不写。......每次自定义基组的时候，都想把这部分代码的作者拉出来暴打一顿。
作者Author: brothers 时间: 2016-1-14 12:04
为啥变成了绿色的......
作者Author: WendyWan 时间: 2016-1-14 12:28
我的分子没有对称性，应该没有等价原子吧……感觉已经快要放弃GAMESS了泪奔
作者Author: 北纬18° 时间: 2016-1-31 02:57
换种颜色吧，一片绿的根本看不清字！！！！
作者Author: 413 时间: 2019-11-27 14:09
找到了几年前的这个帖子，请问大家，现在是否有简便方法生成使用mixed basis sets的gamess输入文件？
作者Author: zjxitcc 时间: 2019-11-27 15:00
最简单的方法方便的很：在高斯里写好基组，然后写nosymm punch=gamess就行了，完全不用GAMESS那一套。例子见“量子化学”公众号->软件教程->“利用高斯生成GAMESS格式基组”
作者Author: 413 时间: 2019-11-27 15:15
本帖最后由 413 于 2019-11-27 15:37 编辑
请教下，对于需要ecp的原子，这个方法也适用吗？我输出了之后发现只有赝势基组的部分，ecp的赝势部分在fort.7中没有输出，这个要手动再添加是吗？
作者Author: zidu113 时间: 2020-4-29 15:29
您好，有个问题请教。自定义基组$BASIS basnam(1) ，括号中的1是什么意思？
作者Author: 123qwertybobo 时间: 2021-11-5 16:35
这种方法不可以，必须手动补齐。推荐mokit的fch2inp，虽然需要安装mokit和高斯的fchk文件，但总算能实现。
作者Author: zjxitcc 时间: 2021-11-5 16:41
数组的第一个元素
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