计算化学公社

标题: 求氧化石墨烯CIF [打印本页]

作者
Author: 小书童 时间: 2017-12-2 12:58
标题: 求氧化石墨烯CIF
如题，求助氧化石墨烯的构建方法或氧化石墨烯的CIF文件，希望各位前辈帮帮忙。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2017-12-2 15:00
氧化石墨烯有确定的结构？

作者
Author: Mikasa 时间: 2017-12-3 00:34
Nanotube Moldeler 可以构建多种形式的nanotube, graphene等

https://pan.baidu.com/s/1cg4bE2 (3869)

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-3 00:56
建石墨烯的工具一大堆，VMD的插件、nanotube modeler、M$等等。建个尺寸合适的，之后自己恰当修改成期望的氧化石墨烯状态。这个不会有cif文件的

作者
Author: wang7303zheng 时间: 2018-1-24 17:44
请问注册表问题如何解决呢？

作者
Author: 灰天皮匠 时间: 2018-7-12 21:53

sobereva 发表于 2017-12-3 00:56
建石墨烯的工具一大堆，VMD的插件、nanotube modeler、MS等等。建个尺寸合适的，之后自己恰当修改成期望的 ...

请教sob老师，我在建模氧化还原石墨烯时需要考虑掺杂原子和C原子数目的比例，扩胞时能否设置为14*7*1这种？晶格参数a:b=2:1与a=b区别在哪里呢？刚入门的菜鸟，不知道这是不是基础性知识= =

作者
Author: 顺利毕业发paper 时间: 2021-3-26 10:13
您好，请问您当初构建氧化石墨烯的时候有用MS吗？有的话有没有编写的脚本呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-26 10:19

顺利毕业发paper 发表于 2021-3-26 10:13
您好，请问您当初构建氧化石墨烯的时候有用MS吗？有的话有没有编写的脚本呢？

根本不需要M$
现成的氧化石墨烯构建工具
https://github.com/aruth2/GOMonteCarlo
https://github.com/Ngtungfei/Graphene-Oxide-Generator

作者
Author: 顺利毕业发paper 时间: 2021-5-21 15:16

sobereva 发表于 2021-3-26 10:19
根本不需要M$
现成的氧化石墨烯构建工具
https://github.com/aruth2/GOMonteCarlo

谢谢回复！我还有个问题想请教一下，MS中我想分析某离子与水分子在不同区域内的RDF，比如先看该离子在溶液体系中跟水的RDF，然后离子从溶液运动到膜内，我想再求在膜中它与水的RDF，不知道这样可不可以做出来？怎么操作呢。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-22 16:57

顺利毕业发paper 发表于 2021-5-21 15:16
谢谢回复！我还有个问题想请教一下，MS中我想分析某离子与水分子在不同区域内的RDF，比如先看该离子在溶 ...

我从来不用M$跑动力学，太不灵活，还太慢，还太贵

作者
Author: gog 时间: 2021-5-23 19:01
GO的结构，随着氧化程度的不同而有区别。换个表达：GO的结构不唯一。

作者
Author: 顺利毕业发paper 时间: 2021-5-23 22:17

sobereva 发表于 2021-5-22 16:57
我从来不用M$跑动力学，太不灵活，还太慢，还太贵

好的。谢谢您

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-8-21 23:34
本帖最后由函数与激情于 2021-8-21 23:36 编辑

sobereva 发表于 2021-3-26 10:19
根本不需要M$
现成的氧化石墨烯构建工具
https://github.com/aruth2/GOMonteCarlo

老师您好，我用您回复中的第二个网站GOgenerator.py建立GO结构，按照图中添加修饰基团，但是保存下来的xyz结构却是纯的石墨烯结构，这是哪里操作有问题呢？谢谢sob老师！

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-12-22 16:39

函数与激情发表于 2021-8-21 23:34
老师您好，我用您回复中的第二个网站GOgenerator.py建立GO结构，按照图中添加修饰基团，但是保存下来的xy ...

你好，请问如何使用GOgenerator.py？原作者没有写使用说明，请问你是如何运行图中的哪一步的？

作者
Author: PoorChaos 时间: 2023-10-10 15:17
本帖最后由 PoorChaos 于 2023-10-10 15:19 编辑

氧化石墨烯的结构与建模
哲●科●文Jerkwin的，网页版的，我试了一下，建立了，直接生成gro坐标
https://jerkwin.github.io/gmxtools/model/graphene.html
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

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