计算化学公社

标题: 怎样使用gmx计算有机分子在水中的溶解度？ [打印本页]

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-12-3 14:04
标题: 怎样使用gmx计算有机分子在水中的溶解度？
如题，计算不同有机溶质分子在水中的溶解度对比，具体是通过计算什么来表征溶解度的？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-3 15:49
计算蒸发自由能，以及溶解自由能，二者加和，可以考察溶解过程自由能的变化，由此可衡量溶解能力

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-12-6 14:56

sobereva 发表于 2017-12-3 15:49
计算蒸发自由能，以及溶解自由能，二者加和，可以考察溶解过程自由能的变化，由此可衡量溶解能力

谢谢老师，还想请问一下，用分子动力学模拟研究自由能和结合能之类的，和用量化计算研究，两者之间有可比性么？各自有什么优势？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-6 17:50

苏玖染发表于 2017-12-6 14:56
谢谢老师，还想请问一下，用分子动力学模拟研究自由能和结合能之类的，和用量化计算研究，两者之间有可比 ...

动力学可以考虑温度、构象变化等因素，可以更真实考虑实际环境的影响。
量化计算精度更高，但没法考虑上述因素。

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-12-7 08:51

sobereva 发表于 2017-12-6 17:50
动力学可以考虑温度、构象变化等因素，可以更真实考虑实际环境的影响。
量化计算精度更高，但没法考虑 ...

恩呢，谢谢sob老师！

作者
Author: XYwinne 时间: 2018-1-27 16:21
分子动力学模拟可以计算溶解度参数，有文献，具体操作我还没研究明白，可以先看看这个文章：
Gupta, J.; Nunes, C.; Vyas, S.; Jonnalagadda, S., Prediction of solubility parameters and miscibility of pharmaceutical compounds by molecular dynamics simulations. J Phys Chem B 2011, 115, 2014-23.

作者
Author: yqiusheng 时间: 2018-9-7 16:49

sobereva 发表于 2017-12-3 15:49
计算蒸发自由能，以及溶解自由能，二者加和，可以考察溶解过程自由能的变化，由此可衡量溶解能力

可否推荐几篇文献？

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-7-1 15:17

sobereva 发表于 2017-12-3 15:49
计算蒸发自由能，以及溶解自由能，二者加和，可以考察溶解过程自由能的变化，由此可衡量溶解能力

请问老师如何用gmx计算蒸发自由能和溶解自由能呢，用什么命令呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-2 10:50

模拟小菜鸟发表于 2019-7-1 15:17
请问老师如何用gmx计算蒸发自由能和溶解自由能呢，用什么命令呢？

溶解自由能可以用FEP方法，这里有例子http://www.mdtutorials.com/gmx/free_energy/index.html（是否靠谱我不确定，我没仔细看过）

算蒸发焓的文章很多，随便一搜就有，比如很多水模型的文章里都有计算。然后再把-T*deltaS考虑进去就完了

作者
Author: vimalakirti_lee 时间: 2020-5-31 16:54

sobereva 发表于 2017-12-3 15:49
计算蒸发自由能，以及溶解自由能，二者加和，可以考察溶解过程自由能的变化，由此可衡量溶解能力

老师，请问为什么还要算蒸发自由能？直接用溶解自由能deltG=-RTlnK来计算平衡常数可以吗？蒸发自由能是要怎么算呢？谢谢社长。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-31 20:40

vimalakirti_lee 发表于 2020-5-31 16:54
老师，请问为什么还要算蒸发自由能？直接用溶解自由能deltG=-RTlnK来计算平衡常数可以吗？蒸发自由能是要 ...

溶解自由能一般说的是单个分子溶解过程的自由能变化，而一个固体打散成单个分子过程的自由能变化对应于蒸发自由能。从热力学循环的角度来说固体的溶解过程的自由能变是二者的加和。算的方式多搜搜肯定找得到

作者
Author: Yushiki 时间: 2023-1-28 21:52

sobereva 发表于 2020-5-31 20:40
溶解自由能一般说的是单个分子溶解过程的自由能变化，而一个固体打散成单个分子过程的自由能变化对应于蒸 ...

老师，我有两个疑惑
1、您说固体打散成单个分子对应自由能变化对应蒸发自由能，而蒸发不是液体的性质吗？
2、相同固体在不同液相体系下的蒸发自由能是否一样呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-28 22:31

Yushiki 发表于 2023-1-28 21:52
老师，我有两个疑惑
1、您说固体打散成单个分子对应自由能变化对应蒸发自由能，而蒸发不是液体的性质吗 ...

笔误。升华自由能

作者
Author: Yushiki 时间: 2023-1-29 09:45

sobereva 发表于 2023-1-28 22:31
笔误。升华自由能

老师，同种物质的升华自由能在不同种溶剂的液体压强下，是否会有较大的差异?（文献中相似的情况都把升华自由能当成固定值消去了）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-29 12:09

Yushiki 发表于 2023-1-29 09:45
老师，同种物质的升华自由能在不同种溶剂的液体压强下，是否会有较大的差异?（文献中相似的情况都把升华 ...

这里的升华自由能没有溶剂的事，是固体在气相外环境下的升华
本质上是作为构建热力学循环的一部分

作者
Author: scprosper 时间: 2023-7-4 21:26

sobereva 发表于 2023-1-29 12:09
这里的升华自由能没有溶剂的事，是固体在气相外环境下的升华
本质上是作为构建热力学循环的一部分

请问老师，既然升华自由能和溶剂没有关系，可否仅凭借溶解自由能判断物质在不同溶剂中的溶解能力，从而排一个顺序，对溶剂的选择提供一个指导呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-5 02:49

scprosper 发表于 2023-7-4 21:26
请问老师，既然升华自由能和溶剂没有关系，可否仅凭借溶解自由能判断物质在不同溶剂中的溶解能力，从而排 ...

可以

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)