计算化学公社

标题: vasp做过渡态经验<二>：Dimer [打印本页]

作者
Author: sky 时间: 2017-12-6 10:08
标题: vasp做过渡态经验<二>：Dimer
Dimer是vasp内置的另一个强大的过渡态搜索方法，而且与NEB联用的时候有奇效。Dimer算法和NEB有一点相似，NEB是在初始态和末态之间插入image，然后计算image之间的切线力来寻找切线力为零的点。而Dimer在某种程度上可以看作是使用了两个靠的很近的image，程序会计算出这两个image之间的曲率，并沿着曲率增大的方向爬升，直到到达鞍点（此时曲率一定为负）。详解请看sob帖子：过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

由于有且只有两个image，Dimer占用的计算资源要比NEB小不少，在做大体系过渡态搜寻的时候很有优势。并且Dimer不会像准牛顿法一样会陷入到局部极小值，导致原子受力无法收敛，因此用来做过渡态的优化同样也有巨大的优势。

Dimer的问题只有一个，就是需要一个好的初猜，一个接近过渡态的初猜构型。对于有经验的人来说，可以直接猜出构型然后跑Dimer。但这对于初学者来说比较困难，因此比较好的方法是先跑一个NEB，然后选取一个切线力接近零的image来跑Dimer。根据我的经验来看，一找一个准，效率比纯用NEB高很多。

在阅读以下内容之前，请先按照vasp官方pdf手册里dimer计算的例子做一遍。是pdf手册，online手册里没有计算的例子:Documentation

做Dimer的方法如下：

1. 选取一个好的初猜构型，可以是自己猜的，也可以是用NEB找出来的。然后像做过渡态频率分析一样，对关键性的原子做频率分析（IBRION=5），频率分析的精度不需要太高，像这样的参数足够了：

ENCUT = 200
EDIFF = 1E-06
IBRION = 5
NFREE = 1

复制代码

频率分析完成后会有一个或多个虚频，提取出来做成动画观看，找到需要的振动方向（目标化学键断裂/生成的振动方向）。可使用我的脚本Mabinogiysk/VASP-script：

> imagefreq.py

复制代码

会输出：

--------------------Processing--------------------
freq23
freq24
--------------------Done--------------------

复制代码

表示有编号23、24两个虚频，然后使用脚本：

> freqmov.pl POSCAR freq23 freq24 30 0.6

复制代码

会生成freq23.xyz、freq24.xyz两个文件，用VMD打开即可观看振动动画。其中30是动画的帧数，0.6是振动的幅度的缩放系数。

找到需要的虚频之后另外新建文件夹，然后把POSCAR文件和freq文件复制过去，比如找到的是freq24，就把freq24也复制过去。注意更改优化的原子范围，做频率分析的时候可以只做其中关键的几个原子，剩下的都固定住。做dimer的时候可以全部原子一起优化，不仅限于频率分析的那几个原子。然后在新的文件夹里执行：

> modemake.py freq24

复制代码

会生成一个MODECAR文件，或者也可以自己创建这个MODECAR文件，然后手动把振动频率复制粘贴过去。该文件格式在vasp官方的pdf手册里有。

做Dimer计算时切记不能少了MODECAR文件，没有这文件程序不会报错，而是会随机初始化一个搜寻方向。最后发现跑了大半天跑错了。

再放入KPOINTS、INCAR、POTCAR文件，其中INCAR需要加入以下参数：

IBRION = 3
POTIM = 0
ICHAIN = 2
DdR = 0.005
DRotMax = 10
DFNMin = 0.01
DFNMax = 1.0

复制代码

参数的意思官网上写的很清楚，请仔细阅读。

使用vtst tool的vasp会额外生成一个DIMCAR文件，跑dimer的时候要随时注意观察里面的参数：

Step Force Torque Energy Curvature Angle
1 10.66425 7.30318 -313.00133 -8.31593 3.93420
1 10.66425 4.60136 -313.00133 -8.89013 10.49022
1 10.66425 4.28355 -313.00133 -9.56912 5.58496
1 10.66425 2.25775 -313.00133 -9.97084 1.47304
1 10.66425 1.42447 -313.00133 -10.01435 0.72662
1 10.66425 1.01984 -313.00133 -10.01417 1.35954
1 10.66425 1.25866 -313.00133 -10.04105 0.58905
1 10.66425 0.74732 -313.00133 -10.10158 1.33623
2 3.92046 6.15419 -313.53353 -2.28795 12.73724

复制代码

需要注意的是Torque、Curvature和Angle. Torque是旋转的力的大小，Angle是旋转角度，力越大，旋转角度越大，Curvature是曲率。

一个正常的dimer计算，在每一个step里，例如上面的step1中，Torque和Angle应该越来越小，Curvature为负且越来越大。到step2时，由于原子移动了，这些值会重新变大，但在每一步里最终都应该收敛到1以下。刚开始的时候可能Torque会比较大，Curvature也会为正值。但如果跑到step5之后Torque和Angle依然不收敛或者Curvature是正值，那这个构型肯定出错了。

16 0.30555 0.76073 -314.21155 -5.02730 1.05284
17 0.34635 0.70113 -314.21341 -5.06017 1.07320
18 0.19482 0.80455 -314.21545 -4.88598 0.82223
18 0.19482 0.51358 -314.21545 -4.87067 0.67008
19 0.17114 0.78338 -314.21625 -4.77814 1.06994
20 0.13178 0.99078 -314.21700 -4.76946 1.34724
20 0.13178 0.63770 -314.21700 -4.71167 0.66381
21 0.09606 0.76383 -314.21723 -4.84227 1.29235
22 0.09606 --- -314.21723 --- ---

复制代码

这才是一个正确的dimer，刚开始Torque比较大，需要旋转很多次才能移动原子。快要收敛的时候基本上只会旋转一两次。

作者
Author: hakuna 时间: 2017-12-8 09:21
写得非常好！
做过频率计算之后，查看振动模式时，还可以直接用wxdragon

作者
Author: DavyHou 时间: 2017-12-26 21:55
Dimer_test$ python imagefreq.py
imagefreq.py:26: Warning: 'with' will become a reserved keyword in Python 2.6
File "imagefreq.py", line 26
with open(file_name, 'w') as output_file:
^
SyntaxError: invalid syntax
您好，我在使用您的imagefreq.py时出现以上错误，是因为python版本原因吗？我的python版本是Python 2.5.2。

作者
Author: sky 时间: 2017-12-28 22:26

DavyHou 发表于 2017-12-26 21:55
Dimer_test$ python imagefreq.py
imagefreq.py:26: Warning: 'with' will become a reserved keyword in ...

需要python2.6

作者
Author: DavyHou 时间: 2017-12-29 04:45

sky 发表于 2017-12-28 22:26
需要python2.6

非常感谢。另外还有个小问题，是python2.6及以上版本都可以吗，还是限定2.6版？

作者
Author: tcclab 时间: 2017-12-31 02:45
谢谢分享！已发送个学生学习！

作者
Author: lianghuashou 时间: 2018-2-14 19:47
本帖最后由 lianghuashou 于 2018-2-14 19:50 编辑

非常感激您的分享，我的系统是CENTOS 7.0 运行的时候有点问题，我已经export $PATH
/Ultility/vasp_ultility/vasp_edit_script/vas2gv.pl: line 5: syntax error near unexpected token `('
不知道这是python版本的问题还是哪里的问题，我的python是2.7.5 。期待并谢谢您的解答。

作者
Author: 起就起 时间: 2018-6-8 10:39
你好，我看vasp说明中的improved dimer method，只需要把算的频率加在POSCAR后边，以及IBRION设为44就可以了。为什么你们不用这个呢？还是说我理解错了？请指教，谢谢。

作者
Author: ztchem 时间: 2018-7-16 15:44
能否再初态和末态之间用modemake.pl产生MODECAR来做dimer呢？

作者
Author: 有点意思 时间: 2018-9-27 23:18
感谢，请问使用 imagefreq.py的时候出现这种是什么原因，该怎么解决？
Traceback (most recent call last):
File "./imagefreq.py", line 4, in <module>
from VASP import read_total_atoms
ImportError: No module named VASP

作者
Author: ztchem 时间: 2018-12-25 09:37
将VASP-script-master中的Vasp.pm和VASP.py复制到~/bin下即可解决楼上所提问题

作者
Author: 美美pig 时间: 2019-2-21 22:28

有点意思发表于 2018-9-27 23:18
感谢，请问使用 imagefreq.py的时候出现这种是什么原因，该怎么解决？
Traceback (most recent call last) ...

你好，我在用这个脚本的时候也出现了同样的问题，请问您解决了吗？

作者
Author: 有点意思 时间: 2019-2-28 16:40

美美pig 发表于 2019-2-21 22:28
你好，我在用这个脚本的时候也出现了同样的问题，请问您解决了吗？

你好，没有解决。我没有用代码，直接手动处理的，算频率，然后把信息粘过来再算过渡态。

作者
Author: 美美pig 时间: 2019-3-3 17:47

有点意思发表于 2019-2-28 16:40
你好，没有解决。我没有用代码，直接手动处理的，算频率，然后把信息粘过来再算过渡态。

手动怎么算的啊？是把算完频率的后三列复制到坐标下吗？我一直没有解决这个问题

作者
Author: 路人乙-z 时间: 2019-4-21 21:44
使用ned2dim.pl是不是就不用频率分析，直接生成dimmer文件夹，MODECAR文件

作者
Author: pyscf 时间: 2019-4-21 22:40

hakuna 发表于 2017-12-8 09:21
写得非常好！
做过频率计算之后，查看振动模式时，还可以直接用wxdragon

请问老师除了wxdragon之外能用来查看振动模式的还有什么趁手的工具？
谢谢

作者
Author: 美美pig 时间: 2019-4-26 16:08

路人乙-z 发表于 2019-4-21 21:44
使用ned2dim.pl是不是就不用频率分析，直接生成dimmer文件夹，MODECAR文件

是的，就用的是VTST带的Dimer方法

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2019-4-26 19:47
谢谢，已收藏

作者
Author: gyy 时间: 2019-5-12 17:07

路人乙-z 发表于 2019-4-21 21:44
使用ned2dim.pl是不是就不用频率分析，直接生成dimmer文件夹，MODECAR文件

请问你做dimer的问题解决了吗？

作者
Author: gyy 时间: 2019-5-12 17:09
我想问一下，为什么我用了dimer之后算频率还有两个虚频。

作者
Author: 高雪皎 时间: 2019-6-11 19:00
在包里没找到imagefreq.py，不知是不是您更新了。谢谢楼主

作者
Author: cokoy 时间: 2019-6-11 20:43

高雪皎发表于 2019-6-11 19:00
在包里没找到imagefreq.py，不知是不是您更新了。谢谢楼主

就是那个exfreq.py

作者
Author: 高雪皎 时间: 2019-6-11 22:29

cokoy 发表于 2019-6-11 20:43
就是那个exfreq.py

thank u so much！我看了下freqfile的格式，就是频率分析OUTCAR里的完整虚频信息。不用脚本也是可以滴，grep一下就行。参见原作者的教程

作者
Author: mimimi 时间: 2019-7-3 08:54
请问在计算dimer的时候，MODECAR 文件和 POSCAR 文件后面原子的初速度作用是不是一样的？

作者
Author: fallleave 时间: 2019-7-4 11:49
本帖最后由 fallleave 于 2019-7-4 11:51 编辑

mimimi 发表于 2019-7-3 08:54
请问在计算dimer的时候，MODECAR 文件和 POSCAR 文件后面原子的初速度作用是不是一样的？

作用一样：1. MODECAR是必须要将vtst编译进VASP，采用vtst的dimer算法所需要的文件。
2. 如果直接用VASP自带的dimer，将MODECAR中的内容复制到POSCAR原子坐标后即可。
3. INCAR还要根据1和2进行不同设置。具体INCAR设置可以查找手册或在vaspwiki中搜索dimer关键字即可。

作者
Author: dt97511 时间: 2019-7-4 15:40
请问在计算dimer的时候，任务中途终止了如何继续任务。
在结构优化和CLNEB的时候，我都是复制了CONTCAR，改为POSCAR，就按新任务一样直接运行了，而dimer算法有MODECAR，且在计算的过程中没有更新MODECAR，所以应该不能直接更该POSCAR，请问大家都怎么继续dimer任务的

作者
Author: mimimi 时间: 2019-7-4 19:07

fallleave 发表于 2019-7-4 11:49
作用一样：1. MODECAR是必须要将vtst编译进VASP，采用vtst的dimer算法所需要的文件。
2. 如果直接用VASP ...

谢谢你！

作者
Author: fallleave 时间: 2019-7-5 08:13

dt97511 发表于 2019-7-4 15:40
请问在计算dimer的时候，任务中途终止了如何继续任务。
在结构优化和CLNEB的时候，我都是复制了CONTCAR， ...

没有NEWMODECAR就直接复制一下CONTCAR到POSCAR，重新开始就行了。

作者
Author: dt97511 时间: 2019-7-6 08:33

fallleave 发表于 2019-7-5 08:13
没有NEWMODECAR就直接复制一下CONTCAR到POSCAR，重新开始就行了。

我看了一下，是有这个文件的，请问这个NEWMODECAR文件的用处，是不是和CONTCAR一样的呢。
继续计算的时候，是不是把这个NEWMODECAR复制到MODECAR，并把CONTCAR复制到POSCAR，就可以重新开始了

作者
Author: fallleave 时间: 2019-7-6 12:36

dt97511 发表于 2019-7-6 08:33
我看了一下，是有这个文件的，请问这个NEWMODECAR文件的用处，是不是和CONTCAR一样的呢。
继续计算的时 ...

1. NEWMODECAR作用是指明初始dimer的搜索方向
2. 对的。复制NEWMODECAR到MODECAR，复制CONTCAR到POSCAR

作者
Author: vasp民工 时间: 2019-8-25 11:06
我按照方法计算的时候发现自己写的MODECAR运行时候会报错，不知道为什么呢？

作者
Author: 小诗哥不屈服 时间: 2019-9-19 15:18
你好，我在运行freqmov.py POSCAR freq23 freq24 30 0.6 这个指令的时候报错
Traceback (most recent call last):
File "./freqmov.py", line 4, in <module>
from VASP import execCmd, CmdRrror
ModuleNotFoundError: No module named 'VASP'
是为什么呢.
然后我又跳过这步选择了虚频比较大的一个freq运行 modemake.py freq24 也是没有反应，最后我去查找了一下 modemake.py的使用方法，上面说的是还要指定一个系数也就是命令是 modemake.py freq24+系数，这上面说0.5，我想问一下这个系数有什么区别吗对于不同的体系进行设置。输入系数以后确实可以出来一个MODECAR是否可以直接用来跑DIMER了？

作者
Author: 郑明 时间: 2019-12-14 10:42

起就起发表于 2018-6-8 10:39
你好，我看vasp说明中的improved dimer method，只需要把算的频率加在POSCAR后边，以及IBRION设为44就可以 ...

请问你用过官网IBRION=44这个吗？我用的时候，力一直震动不收敛。

作者
Author: Athena0218 时间: 2020-2-10 22:13

pyscf 发表于 2019-4-21 22:40
请问老师除了wxdragon之外能用来查看振动模式的还有什么趁手的工具？
谢谢

Jmol

作者
Author: yiningyi 时间: 2020-2-19 18:57
学习了

作者
Author: ztchem 时间: 2020-3-6 17:38
在生成MODCAR的最后一步出现问题：Traceback (most recent call last):
File "/export/home/902/bin/modemake.py", line 26, in <module>
output_file.write("%10.5f %10.5f %10.5f\n" % (float(line[3]), float(line[4]), float(line[5])))
IndexError: list index out of range
这个是python的问题吗？我用的是python2.7
另外能否将第二步得到的freqfile中的dx，dy，dz列抠出来直接做成MODCAR？我看到MODCAR中的内容与dx，dy，dz是一样的啊

作者
Author: 刘小英雄steven 时间: 2020-3-6 17:41
请问CASTEP有类似dimmer的方法吗？

作者
Author: 郑明 时间: 2020-6-19 16:29
请教dimer计算结束后，过渡态的能量选择哪个？

作者
Author: DFT搬砖工 时间: 2020-6-25 12:08
################ This script makes animation of vibration ################

                        Processing POSCAR
Traceback (most recent call last):
  File "/public/home/jccao/bin/VASP-script-master/freqmov.py", line 79, in <module>
freq_pos, vibration = readFreq(freq_file)
  File "/public/home/jccao/bin/VASP-script-master/freqmov.py", line 36, in readFreq
dcoordinates.append(np.array([line[3], line[4], line[5]]))
IndexError: list index out of range
使用freqmov.py了这样的报错不知道是什么出了问题？

作者
Author: EuphoriantWorld 时间: 2020-7-22 18:00
感谢分享。
我有个疑问，官网上DRotMax（Maximum number of rotation steps per translation step）是1，而您这是10，这对体系优化有何影响？

作者
Author: 小段不可爱 时间: 2020-9-5 15:23
大佬您好，在连接里没找到imagefreq.py 和freqmov.pl这两个脚本，大佬方便再传一份吗？

作者
Author: yamin 时间: 2020-10-4 08:44

起就起发表于 2018-6-8 10:39
你好，我看vasp说明中的improved dimer method，只需要把算的频率加在POSCAR后边，以及IBRION设为44就可以 ...

是的，我也看到这个，有点迷糊了

作者
Author: 我是大帅逼 时间: 2020-10-5 08:46
我做表面催化。用dimer搜索过渡态，需要先将近似点做一次频率分析。那这次频率分析是跟之前的neb/优化时原子的固定，弛豫方式相同（我还同时弛豫了催化剂上两层原子），还是只弛豫反应物。

我用只弛豫反应物的方法做的，结果发现，反应物分子在dimer后力都很小了，但是与之接触的催化剂原子力就比较大
所以我想问一下，同样用dimer方法进行计算的道友们，你们是怎样用dimer的，我这样做合不合理。

作者
Author: dmh1998dmh 时间: 2020-11-30 20:44

我是大帅逼发表于 2020-10-5 08:46
我做表面催化。用dimer搜索过渡态，需要先将近似点做一次频率分析。那这次频率分析是跟之前的neb/优化时原 ...

优化过渡态时放开的原子应该和优化能量极小点时保持一致，我是这样做的。
至于slab底层原子受力较大，因为底层原子模拟体相没有表面弛豫所以是受力较大必然的

作者
Author: denghuima 时间: 2020-12-15 20:41
请问我按照楼主的方法取出我要得虚频振动方向，计算dimer时的力一直处在一个较大的值每一个离子步变化很小？跑几百步都是一样

作者
Author: 不得不爱 时间: 2021-3-23 23:07
您好，我下载不到您的imagefreq.py脚本，请问您可以分享一个么，986830381@qq.com

作者
Author: csuhyy 时间: 2022-1-25 10:08
非常感谢，我是INCAR里面加了IOPT=1（启用VASP的VTST优化方法），这样才能设置ICHAIN=2，不然无法正常运行任务，优化完后DIMECAR里面只显示了几步，后面每步的情况没显示，不知道是什么原因造成的，采用楼主的方法，70多离子步就收敛了，我现在在用VASP自带的dimer方法，也就是IBRION=44看效果怎么样，然后再对比用自己的设置方法，IBRION=1看看能不能将力收敛。

作者
Author: csuhyy 时间: 2022-1-26 11:02
我使用VASP自带的dimer方法没法收敛，用IBRION=1的方法也是没法收敛，非常感谢大神的方法。另外我想请问下我的表面吸附模型力很难收敛，想采用LBFGS方法，请问这个怎么开启，是不是IOPT=1，然后IBRION=3，POTIM=0

作者
Author: csuhyy 时间: 2022-1-30 09:09

gyy 发表于 2019-5-12 17:09
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

那可能初始过渡态没有选好，可以消虚频来解决

作者
Author: csuhyy 时间: 2022-1-30 09:55
自己的操作经历，加上自己的理解，dimer其实是一种消虚频的方法，这个前提是NEB或者CLNEB方法无法解决的时候才采用的。算过渡态的标准过程是，拿到初态和末态的构型，然后用NEB或者CLNEB的方法插点，一般情况是体系不太复杂，可以通过vasp的vtst优化方法获得过渡态，如果体系复杂，最后获得的过渡态可能有多个虚频，然后可以通过dimer的方法消虚频。我觉得大神有个地方没说清楚，使用dimer前，应该是排除反应路径的过渡态，消除其他方向的虚频，这个时候就需要通过大神说的制作Movie的方法来分析那些虚频是要消除的。然后大神说的dimer的参数设置应该分两类，一个是扭转的角度设置，一个是缩放比例的设置（虚频方向上的距离），ICHAIN=2应该就是说开始采用dimer的方法消除虚频，dimer一次根据个人理解应该是只能消除一个虚频，如果有多个虚频需要多次操作，不过最后根据经验和成本考虑，一般最多考虑消除两次，因为经过两次以上的消虚频，因为虚频产生的能量差不会超过3%。目前我的python版本是2.6的，大神提供的版本是3，里面的fremov.py脚本好像没法使用。

作者
Author: Jiongci-21 时间: 2022-3-1 13:44
本帖最后由 Jiongci-21 于 2022-3-1 13:48 编辑

我用 CINEB 跑了一个粗略的过渡态搜索，然后用 neb2dim.py 脚本生产了计算 Dimer 的文件，用默认生成的 MODECAR 以及 CINEB 跑出的能量最大的结构的 CONTCAR 跑了 Dimer (EDIFF = 1E-6, EDIFFG = -0.05)，结果力没收敛。请问会和 MODECAR 有关吗？

我给 CINEB 得到的能量最高的结构做频率计算，发现只有一个虚频，那我接下来怎么可以手动制作Dimer计算所需要的 MODECAR 呢？贴主的imagefre.py脚本我没找到。

作者
Author: chcnew 时间: 2022-7-6 09:52
请问下各位，我手动将使用IBRION=5计算的振动模的特征向量提取到freq文件中，然后我用modemake.py freq文件，发现出现这个输出Input two POSCAR-type files，各位同学有没有遇到过这个问题，计算文件夹里有之前CL-NEB得到的可能的过渡态的结构，是一个结构文件

作者
Author: aidenma 时间: 2022-8-26 09:44

chcnew 发表于 2022-7-6 09:52
请问下各位，我手动将使用IBRION=5计算的振动模的特征向量提取到freq文件中，然后我用modemake.py freq文件 ...

有两个，一个是modemake.py，一个是modemake.pl

作者
Author: Jovid 时间: 2022-11-18 20:23

csuhyy 发表于 2022-1-26 11:02
我使用VASP自带的dimer方法没法收敛，用IBRION=1的方法也是没法收敛，非常感谢大神的方法。另外我想请问下 ...

请问您有对比启用VASP的VTST优化方法和 VASP自带的 Dimer的优化方法哪个效率高吗？

作者
Author: fight 时间: 2023-3-20 15:23

郑明发表于 2020-6-19 16:29
请教dimer计算结束后，过渡态的能量选择哪个？

请问你解决了吗，可以分享一下经验吗，是不是最后过渡态的能量是dimer结束后，从OUTCAR提取的总能？

作者
Author: 洛神991 时间: 2023-3-29 09:24

csuhyy 发表于 2022-1-30 09:55
自己的操作经历，加上自己的理解，dimer其实是一种消虚频的方法，这个前提是NEB或者CLNEB方法无法解决的时 ...

经过对此使用DIMER，我的看法和您一致。过渡态只有一个虚频，使用IBRION=44时，经常会导致结构跑散的情况。而有两个虚频时，则可以消除不需要的虚频，找到过渡态。

作者
Author: 郑明 时间: 2023-4-13 12:33

fight 发表于 2023-3-20 15:23
请问你解决了吗，可以分享一下经验吗，是不是最后过渡态的能量是dimer结束后，从OUTCAR提取的总能？

是的

作者
Author: phoenix 时间: 2023-5-14 19:48

小诗哥不屈服发表于 2019-9-19 15:18
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

我也遇到了类似的问题，请问您最后是怎么解决的？

作者
Author: phoenix 时间: 2023-5-14 19:59

郑明发表于 2023-4-13 12:33
是的

我想请问您一下用freqmov.py的脚本的时候，目录下面都有什么文件啊，我一直显示这样的错误是不是因为我没有把OUTCAR文件放到这个目录里面啊？
Traceback (most recent call last):
File "freqmov.py", line 4, in <module>
from VASP import execCmd, CmdRrror
ModuleNotFoundError: No module named 'VASP'

作者
Author: 郑明 时间: 2023-5-14 21:50

phoenix 发表于 2023-5-14 19:59
我想请问您一下用freqmov.py的脚本的时候，目录下面都有什么文件啊，我一直显示这样的错误是不是因为我没 ...

没有用过这个脚本，另外你复制一个OUTCAR到目录下不就能验证你的想法了吗。

作者
Author: phoenix 时间: 2023-5-15 09:31

郑明发表于 2023-5-14 21:50
没有用过这个脚本，另外你复制一个OUTCAR到目录下不就能验证你的想法了吗。

谢谢，已经解决了，不是OUTCAR的问题

作者
Author: 小徐不激动 时间: 2023-6-7 13:54
求助，为什么我点开链接之后没有上面所说的脚本

作者
Author: Yun_ZL 时间: 2023-7-5 18:53
我有一个困惑，Dimer每一个step中旋转的次数必须要保证Torque和Angel收敛到1以下吗？当我的RotMax参数使用默认值4时，Torque和Angel都远大于1，Torque从20减小到10左右，Angel从20减小到8左右，曲率C是逐渐变小的，那这个RotMax=4是否合理呢？

作者
Author: gejuqing 时间: 2023-11-28 15:46

$ modemake.py freq9
Usage: modemake.py freqfile scale
Please try again!

复制代码

请问一下，这个scale参数是什么意思啊，好像脚本又更新了？

作者
Author: Yeji 时间: 2024-1-22 14:06
Another possible choice is the vector between initial and final states, or between a known minimum and the initial POSCAR file. To generate a MODECAR file as the direction between two configurations, use the modemake.pl script
脚本用法 modemake.pl ini/POSCAR fin/POSCAR,生成MODECAR

作者
Author: Stars 时间: 2024-1-27 16:19

Yun_ZL 发表于 2023-7-5 18:53
我有一个困惑，Dimer每一个step中旋转的次数必须要保证Torque和Angel收敛到1以下吗？当我的RotMax参数使用 ...

不是必须。初猜很差的时候很可能好多步Torque和Angle都不收敛

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2024-2-13 18:22
老师，您的imagefreq.py 脚本在网站里找不到了，您能发给我一份吗？不胜感激

作者
Author: qyw 时间: 2024-6-3 19:54

DavyHou 发表于 2017-12-26 21:55
Dimer_test$ python imagefreq.py
imagefreq.py:26: Warning: 'with' will become a reserved keyword in ...

这个脚本您还有吗，已经找不到了

作者
Author: ljb874722957 时间: 2024-8-30 15:40
Traceback (most recent call last):
File "./freqmov.pl", line 79, in <module>
freq_pos, vibration = readFreq(freq_file)
File "./freqmov.pl", line 36, in readFreq
dcoordinates.append(np.array([line[3], line[4], line[5]]))
IndexError: list index out of range
出现这种错误是为什么呢？请教一下各位大佬

作者
Author: billcsu 时间: 2024-9-19 18:06

Elden、Lord 发表于 2024-2-13 18:22
老师，您的imagefreq.py 脚本在网站里找不到了，您能发给我一份吗？不胜感激

仔细翻看这个帖子，所有问题的内容基本都已经回答过了

作者
Author: 单单 时间: 2024-9-27 17:28
请问dimer计算完之后，应该怎么做呢？直接把dimer的结果当成过渡态吗？

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