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标题: 怎么用rdf计算径向分布函数 [打印本页]

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-7 11:43
标题: 怎么用rdf计算径向分布函数
哪位大神能举个计算径向分布函数的例子，用到哪些命令以及文件。感觉看了那个说明书还是不会计算这个径向分布函数，出不了图。跪求命令和例子。

作者
Author: 平辉正 时间: 2017-12-7 12:09
先检查一下那个轨道的取向，在你选定的坐标轴方向上，该轨道是否是一个节点或者节面。应尽量避开节点和节面

作者
Author: diaok 时间: 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e 2000
0) a
1) b
2) c
>
center group
>1
b selected
group
> 2
c selected
ctrl+D
一般就这么操作
这样就计算了b周围c的分布，从1ns开始，2ns结束
命令还有很多额外选项，质心，表面，归一化等等
index.ndx里面要有自己想考察的组

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-7 15:07

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

非常感谢哦

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-7 17:05

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

还要再请教你一个问题，就是这个index.ndx文件怎么设置自己考察的组，需要哪些命令啊，感觉那个说明书看不懂，比如C6H14中如何将C和H分开，以便计算C周围H的径向分布函数

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-7 17:07

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

我用gmx make_ndx -f md.tpr -o index.ndx 显示出的还是一个整体，并没有把C和H分开

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-7 17:36
(, 下载次数 Times of downloads: 174)

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-12 11:29

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

非常感谢

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-12 15:30

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

您好，算出径向分布函数之后，怎么计算配位数啊，有没有简单的gromacs命令，我看文献什么的只有积分公式

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-12 19:20

zdy 发表于 2017-12-12 15:30
您好，算出径向分布函数之后，怎么计算配位数啊，有没有简单的gromacs命令，我看文献什么的只有积分公式

(, 下载次数 Times of downloads: 158)

作者
Author: zdy 时间: 2018-1-4 21:17

sobereva 发表于 2017-12-12 19:20

用这个算的时候总是出现一个提示框：there was an error creating the selection, cannot parse selection text
这个怎么解决啊，我还想问一下怎么将你想要计算的文件弄到vmd中，感觉这个问题是两个文件不匹配造成的。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-5 03:22

zdy 发表于 2018-1-4 21:17
用这个算的时候总是出现一个提示框：there was an error creating the selection, cannot parse selecti ...

selection设置不符合语法，程序读不懂

用VMD载入文件就完了

作者
Author: daydayup 时间: 2019-11-12 09:24

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

老师，假设体系中存在10个氧原子，计算与氧原子对氧原子的RDF，参考组的氧原子是取其中一个，进而计算剩余氧原子的RDF吗。还是参考组的氧原子就取整体的氧原子组呢？
请问RDF与模拟时间相关联吗，就是计算RDF时模拟最后构型时的吗，图中横坐标的距离是怎么得到的呢？

实在是困惑，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-13 22:18

daydayup 发表于 2019-11-12 09:24
老师，假设体系中存在10个氧原子，计算与氧原子对氧原子的RDF，参考组的氧原子是取其中一个，进而计算剩 ...

有不同计算方式。如果10个氧原子所处的环境都相同、地位等价，应当把每一对氧原子都进行计算取平均，而不是只把其中一个当做参考，这样统计误差小得多

第二个问题莫名其妙。通常rdf是对一段轨迹来统计的，而不是对某一帧来统计的。横坐标的含义你看看rdf公式自然就懂了

作者
Author: daydayup 时间: 2019-11-14 16:39

sobereva 发表于 2019-11-13 22:18
有不同计算方式。如果10个氧原子所处的环境都相同、地位等价，应当把每一对氧原子都进行计算取平均，而不 ...

谢谢老师

作者
Author: daydayup 时间: 2019-11-15 08:03

sobereva 发表于 2019-11-13 22:18
有不同计算方式。如果10个氧原子所处的环境都相同、地位等价，应当把每一对氧原子都进行计算取平均，而不 ...

老师，请问径向分布函数是计算的模拟结束后稳定状态下的情况吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-16 13:09

daydayup 发表于 2019-11-15 08:03
老师，请问径向分布函数是计算的模拟结束后稳定状态下的情况吗？

对轨迹已经平衡的期间进行统计

作者
Author: 15954121830 时间: 2019-11-16 16:36

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

请问老师是否有命令可以选择分子的一个官能团，在index文件中单列一组进行研究

作者
Author: daydayup 时间: 2019-11-17 12:49

sobereva 发表于 2019-11-16 13:09
对轨迹已经平衡的期间进行统计

好的，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-17 14:35

15954121830 发表于 2019-11-16 16:36
请问老师是否有命令可以选择分子的一个官能团，在index文件中单列一组进行研究

你是要把官能团的质心当做rdf计算的参考组？不理解你的意思

作者
Author: 15954121830 时间: 2019-11-17 20:48

sobereva 发表于 2019-11-17 14:35
你是要把官能团的质心当做rdf计算的参考组？不理解你的意思

不好意思老师，我表述的不明白，我的意思是研究官能团质心到固体界面的rdf，不知道如何选官能团的质心

作者
Author: captain 时间: 2020-2-10 21:07
本帖最后由 captain 于 2020-2-10 21:19 编辑

sobereva 发表于 2017-12-12 19:20

请问大神，根据您讲的，
配位数（<r范围内的平均粒子数）= 某个r处的积分曲线值*平均数密度
某个r处的积分曲线值可以通过选择“Display int(g(r))”计算得到
平均数密度=被统计的粒子总数/盒子体积

但是我查阅VMD官网上关于rdf计算插件有这么一句介绍：
The normalization of g(r) has little meaning unless you enable processing of the periodic boundary conditions and have a fixed set of atoms in the selection.
The number integrals are computed directly and thus provide accurate coordination numbers.
最后一句话，感觉积分曲线值直接就是配位数了。
另外，还看到一篇文献，有一张图是这样的
(, 下载次数 Times of downloads: 89)
RDF of carbon atoms around Cs+ (g(r), left axis) and its integration(coordination number, CN, right axis)
好像意思也是g(r)积分曲线值对应于配位数，不知道我的理解对不对？
请大神指点！十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-11 14:15

captain 发表于 2020-2-10 21:07
请问大神，根据您讲的，
配位数（

“Display int(g(r))”给出的那个图是已经考虑了平均数密度之后的情况，即直接对应于配位数。

图中这个曲线对应的就是幻灯片上的N(r)函数
(, 下载次数 Times of downloads: 117)

直接对g(r)进行积分什么也不是。

作者
Author: captain 时间: 2020-2-11 15:55

sobereva 发表于 2020-2-11 14:15
“Display int(g(r))”给出的那个图是已经考虑了平均数密度之后的情况，即直接对应于配位数。

图中这 ...

明白了！感谢大神的指点！

作者
Author: captain 时间: 2020-2-11 20:27

sobereva 发表于 2020-2-11 14:15
“Display int(g(r))”给出的那个图是已经考虑了平均数密度之后的情况，即直接对应于配位数。

图中这 ...

还请问大神，
看了很多文献，发现rdf图的纵坐标数量级从10^-4到10^2都有，有的体系很大，有的体系很小。
请问其纵坐标的绝对数值有意义吗？
看VMD关于rdf计算插件的介绍好像没有太大意义。
The normalization of g(r) has little meaning unless you enable processing of the periodic boundary conditions and have a fixed set of atoms in the selection.

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-13 17:41

captain 发表于 2020-2-11 20:27
还请问大神，
看了很多文献，发现rdf图的纵坐标数量级从10^-4到10^2都有，有的体系很大，有的体系很小。 ...

有意义，根据其定义就知道，就是相对于盒子里被计算的粒子的平均密度的比例
也不排除一些文献里用的rdf定义可能和常规的有出入

作者
Author: captain 时间: 2020-2-13 18:05

sobereva 发表于 2020-2-13 17:41
有意义，根据其定义就知道，就是相对于盒子里被计算的粒子的平均密度的比例
也不排除一些文献里用的rdf ...

明白了，多谢大神指点！

作者
Author: shinkon 时间: 2021-1-12 02:29

sobereva 发表于 2019-11-13 22:18
有不同计算方式。如果10个氧原子所处的环境都相同、地位等价，应当把每一对氧原子都进行计算取平均，而不 ...

老师，我有一段gromacs的轨迹。请问使用VMD计算rdf的话，能否把其中一个selection设为某残基的质心？还是只能利用gmx rdf的-com选项来计算呢？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-12 07:26

shinkon 发表于 2021-1-12 02:29
老师，我有一段gromacs的轨迹。请问使用VMD计算rdf的话，能否把其中一个selection设为某残基的质心？还是 ...

VMD没法实现

作者
Author: shinkon 时间: 2021-1-12 12:07

sobereva 发表于 2021-1-12 07:26
VMD没法实现

好的，谢谢。

作者
Author: xjw 时间: 2022-4-1 10:42

sobereva 发表于 2017-12-12 19:20

老师您好，为什么我用vmd计算rdf得到的曲线为什么没那么平滑啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 11:58

xjw 发表于 2022-4-1 10:42
老师您好，为什么我用vmd计算rdf得到的曲线为什么没那么平滑啊？

就一帧当然不平滑

作者
Author: xjw 时间: 2022-4-2 18:47

sobereva 发表于 2022-4-1 11:58
就一帧当然不平滑

知道了，谢谢老师

作者
Author: Kiwgi 时间: 2022-5-10 12:09

sobereva 发表于 2017-12-12 19:20

老师，这个我看软件名字写的是径向对分布函数（RPDF）,这个和径向函数RDF要怎么换算呢？因为我要求溶剂化配位数，用这个RPDF算出来总不对，我是MS软件计算的，所以没办法用您前面提到的gro文件统计

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 20:19

Kiwgi 发表于 2022-5-10 12:09
老师，这个我看软件名字写的是径向对分布函数（RPDF）,这个和径向函数RDF要怎么换算呢？因为我要求溶剂化 ...

是一码事
特定类型粒子间的RDF往往被称为RPDF

这根你用M$又不矛盾，M$能导出pdb之类VMD能认的格式，VMD再保存gro就完了

作者
Author: Kiwgi 时间: 2022-5-12 12:36

sobereva 发表于 2022-5-11 20:19
是一码事
特定类型粒子间的RDF往往被称为RPDF

嗯嗯好的老师，我明白啦，谢谢您

作者
Author: 作业抄 时间: 2022-6-29 17:14

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

您好，我有个问题你想请教您，-b 1000 -e 2000代表从1ns开始，2ns结束，那-bin 0.01代表什么呢，谢谢啦

作者
Author: 1015866003 时间: 2023-4-26 15:04

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

sob老师好，借楼接个问题，我参加过科音的分子动力学培训，里面提到原子和原子之间、分子和分子质心之间的rdf，现在我想研究两分子表面的rdf，请问如何用选择语句选择呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-26 23:27

1015866003 发表于 2023-4-26 15:04
sob老师好，借楼接个问题，我参加过科音的分子动力学培训，里面提到原子和原子之间、分子和分子质心之间 ...

没有“两分子表面的rdf”的概念，起码gmx没法算，顶多是算一个组里的原子相对于另一个组最近原子的rdf（用-surf选项）

作者
Author: 1015866003 时间: 2023-4-27 10:57
sob老师说的对，我想要表达的是这个意思，，没说清楚，抱歉了。这里我想要算石墨烯分子与有机小分子中距离最近的原子的rdf，选择语句-ref "residue 1" -sel "residue 2 to 25" -surf mol 请问sob老师这样对吗？感谢指导D:\Desktop\vmd截图

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-11-25 21:32

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

你好，我想请教下，一是不是将一个b分子设成一个组，一个c分子设成一个组再来看b分子周围c的分布情况吗？那此时这个径向分布函数图的峰值说明什么？

作者
Author: moni0823 时间: 2024-1-2 11:11
各位老师同学好，我想请教一下如何计算一个蛋白质上面某个甲基与其周围氧原子之间的径向分布函数，能否给予一点思路，非常感谢。

作者
Author: 一枚研究生 时间: 2024-1-30 19:25
本帖最后由一枚研究生于 2024-1-30 20:14 编辑

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

请问一下

作者
Author: 一枚研究生 时间: 2024-1-30 19:31

diaok 发表于 2017-12-7 13:07
gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e ...

请问一下，我运行这些命令出现以下报错该怎么解决
Invalid selection ''
Near ''
syntax error

作者
Author: 一枚研究生 时间: 2024-1-30 20:14

一枚研究生发表于 2024-1-30 19:31
请问一下，我运行这些命令出现以下报错该怎么解决
Invalid selection ' '
Near ' '

已经解决

作者
Author: lll123 时间: 2024-3-27 10:42

一枚研究生发表于 2024-1-30 19:31
请问一下，我运行这些命令出现以下报错该怎么解决
Invalid selection ' '
Near ' '

你好。请问怎么解决的

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