计算化学公社

标题: 自建集群（500~1000核），求推荐配置和预算 [打印本页]

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Author: 霜晨月 时间: 2017-12-8 17:22
标题: 自建集群（500~1000核），求推荐配置和预算
本帖最后由霜晨月于 2017-12-8 17:23 编辑

学校打算自己组建一个计算集群，500~1000核，主要做量化、分子动力学、QM/MM，要求我提供配置和预算。我对此没什么概念。。
请问各位老师有什么推荐建议吗？或者，该去联系哪些供应商？

谢谢

作者
Author: hakuna 时间: 2017-12-9 11:34
有点规模了，如果对搭建集群没经验，建议还是整体给服务器商来做
国产品牌供应商有：曙光、浪潮、联想等
国外：HP、IBM、DeLL。。。
不过商家首报价都很高的，照半价砍杀吧，但前期要做好调研......

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2017-12-9 15:05
自己组的话怎么走帐呢

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-9 15:12
谢谢hakuna。我也不知道怎么走账，只是很初期的调研而已

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-12-9 15:16
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=2696

作者
Author: itpfeng 时间: 2017-12-9 21:36
学校组这样的集群不要用旧货，要优秀的服务，否则出了问题没有人愿意担责任，这跟自己组服务器完全不一样。从性价比的角度核数不要太高，核数高的新cpu太贵。还是找品牌吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-9 22:08
简单来说，先把本版的讨论大概看看，特别是一定要看此贴http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6310，了解一下各个配件的行情，这样供货商给你个配置，你心里有数这机子实价是多少，报的价格水分有多少，免得对方报应有价格的两倍还察觉不出来。

供货商给你的配置经常有很多对于你的实际研究根本毫无意义的东西，白费钱。比如Quadro显卡或Tesla，多块小容量SAS硬盘，功率明显高于实际需求的电源等等。这些都要砍掉。而关键的地方，特别是CPU规格，必须足够高（但也不能是因为规格高但是明显溢价的型号），不然花大笔钱结果买来的是鸡肋。

怎么配置最划算，最好还得具体到用什么程序、具体算哪些类型任务。比如经常用高斯做耦合簇，就适合来一块高速SSD（http://sobereva.com/397），如果经常用比如GROMACS/Amber，就建议来一块GTX1080Ti做GPU加速，而CPU的钱可以适当省省。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-9 22:28
非常感谢老师们的建议，会认真学习

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-13 11:52
请教老师个问题，跑Amber，包括Amber自带的QM/MM（半经验？），有必要用双精度的GPU卡吗？（比如titan x）

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 14:03

霜晨月发表于 2017-12-13 11:52
请教老师个问题，跑Amber，包括Amber自带的QM/MM（半经验？），有必要用双精度的GPU卡吗？（比如titan x）
...

没必要

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-13 17:17
本帖最后由霜晨月于 2017-12-13 17:18 编辑

sobereva 发表于 2017-12-13 14:03
没必要

谢谢Sob老师。
组建集群的事情无疾而终了。。现在的打算是搞个GPU服务器，参考论坛里的文章，决定用 E5-2696V4 *2 / GTX1080ti *2，128GB内存，跑多个MD任务应该可以了。
但将来还打算用它做QM/MM，如Amber + Gaussian。Gaussian应该是不支持GPU的吧，而且也不能用单精度。QM就只能放在CPU上算。请老师帮助看看，这个配置能胜任吗？如果不行的话，还需要加什么东西？
多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 18:34

霜晨月发表于 2017-12-13 17:17
谢谢Sob老师。
组建集群的事情无疾而终了。。现在的打算是搞个GPU服务器，参考论坛里的文章，决定用 E5- ...

GPU跑动力学时候，2*2696v4比较浪费，只装一个就够了。
动力学对内存要求极低，128GB白浪费钱，尤其现在内存价格水位属于历史偏高水平
G16支持GPU，不过必须用tesla，加速性能也不怎么样，纯属摆设。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-13 19:30

sobereva 发表于 2017-12-13 18:34
GPU跑动力学时候，2*2696v4比较浪费，只装一个就够了。
动力学对内存要求极低，128GB白浪费钱，尤其现 ...

谢谢老师。本来我打算是报两台 2696v4+1080ti，跑多个MD任务，但上面说要做成一台，所以就改成 2*2696V4 / 2*GTX1080ti / 128G 了。这样不会有太大问题吧？
另外请问 ORCA 能支持GPU吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 19:46

霜晨月发表于 2017-12-13 19:30
谢谢老师。本来我打算是报两台 2696v4+1080ti，跑多个MD任务，但上面说要做成一台，所以就改成 2*2696V4 ...

没问题是没问题，只不过对于跑MD性价比不是很高而已。

ORCA现阶段不支持GPU，但是ORCA结合GPU计算的文章官方已经发表了，以后公开版本肯定会支持GPU的

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-13 19:55

sobereva 发表于 2017-12-13 19:46
没问题是没问题，只不过对于跑MD性价比不是很高而已。

ORCA现阶段不支持GPU，但是ORCA结合GPU计算的文 ...

好的，非常感谢Sob老师

作者
Author: tjchkj 时间: 2017-12-18 11:25
从要建500-1000核心的集群，一下缩减到连两台都不让买了，这之间差别也太悬殊了啊。如果建立起这个集群，光给化学跑真的是太不划算了啊。

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