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标题: 构建两种物质混合的模拟体系问题 [打印本页]

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-11 20:25
标题: 构建两种物质混合的模拟体系问题
我现在混合只能混合1比多少的，我是写了一个混合拓扑文件，然后两种物质的结构文件，然后用其中的一种物质的结构文件建立了一个盒子 gmx editconf -f fws.gro -o fws-PBC.gro -bt cubic -c -d 1.1 ；
然后在这个盒子里填充SOL物质的结构，是利用命令：gmx solvate -cp fws-PBC.gro -cs decane.gro -p hunhe.top -maxsol 9 -o tcrj.gro ；这样两种物质就按照1：9的比例混合了。但是这样混合出来第一种物质分子数只能为1，我想知道有什么命令可以简单的实现任何比例的混合。不利用其他软件，用gromacs中简单的命令能实现的，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-11 22:38
你直接建立一个大小足够的空盒子gro文件，用两次gmx insert-molecules命令依次往里面加入指定数目的溶质分子和溶剂分子就完了。
（也可以直接比如gmx insert-molecules -box 3 3 3 -ci fws-PBC.gro -o temp.gro -nmol 4，得到3*3*3的盒子，并且里面有4个fws-PBC.gro里的分子，之后再用一次gmx insert-molecules添加指定数目的溶剂分子）

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-12 08:55

sobereva 发表于 2017-12-11 22:38
你直接建立一个大小足够的空盒子gro文件，用两次gmx insert-molecules命令依次往里面加入指定数目的溶质分 ...

好的，非常感谢

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-18 19:51

sobereva 发表于 2017-12-11 22:38
你直接建立一个大小足够的空盒子gro文件，用两次gmx insert-molecules命令依次往里面加入指定数目的溶质分 ...

您好，我还有一个问题就是，两种物质混合之后运行时的混合拓扑的具体格式是什么呀，还是说直接用单体的拓扑就可以了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-18 20:51

zdy 发表于 2017-12-18 19:51
您好，我还有一个问题就是，两种物质混合之后运行时的混合拓扑的具体格式是什么呀，还是说直接用单体的拓 ...

把两种物质的itp文件都include到主top里就完了

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-19 09:27

sobereva 发表于 2017-12-18 20:51
把两种物质的itp文件都include到主top里就完了

1.在运行过程中我发现设置的盒子大小是6*6*6的，nvt，em过程中的盒子大小都不变化，跑完npt盒子大小变成了1.56多，这样我跑成品模拟的时候截断半径设为1.4，这时就有问题了，有没有方法使得这个盒子大小跑完npt后大小还是差不多在6*6*6这样的。
2.还有一个问题是npt系综的截断半径设置和成品模拟时截断半径是不是要设置成相同的数字，不同的话是不是会导致很大的偏差。

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-19 09:44

sobereva 发表于 2017-12-18 20:51
把两种物质的itp文件都include到主top里就完了

就是之前根据粒子数目添加的，是不是跑压力的时候盒子大小变了才能保证压力达到那个值，那这个时候截断半径设置就存在问题，这个问题怎么解决啊，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-19 20:10
没有“npt系综的截断半径”这种概念
截断半径仅仅是对计算非键相互作用而言的

NPT时盒子变化巨大，要么一开始建模不合理，太挤了；要么是力场参数有问题；要么是模拟设定不合理

作者
Author: zdy 时间: 2018-1-4 20:37

sobereva 发表于 2017-12-19 20:10
没有“npt系综的截断半径”这种概念
截断半径仅仅是对计算非键相互作用而言的

您好，我想问一下我想计算自扩散系数，是不是有成品模拟的文件之后敲入gmx msd -f md.xtc -s md.tpr -o msd.xvg 就行了，这样出来的然后选择所要计算的组是不是得到的就是自扩散系数，不用再做处理了吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-5 03:39

zdy 发表于 2018-1-4 20:37
您好，我想问一下我想计算自扩散系数，是不是有成品模拟的文件之后敲入gmx msd -f md.xtc -s md.tpr -o m ...

是
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但是要注意，很多情况下MSD曲线在轨迹10~90%区间内并不是平直的，应当先看一下MSD曲线图，确定平直的范围，恰当设置MSD在拟合D时候的时间范围

作者
Author: zdy 时间: 2018-3-7 17:19

sobereva 发表于 2017-12-11 22:38
你直接建立一个大小足够的空盒子gro文件，用两次gmx insert-molecules命令依次往里面加入指定数目的溶质分 ...

您好，我想问一下这个错误怎么解决啊，感觉一切都正常
Fatal error:gro file does not have the number of atoms on the second line

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-7 17:39

zdy 发表于 2018-3-7 17:19
您好，我想问一下这个错误怎么解决啊，感觉一切都正常
Fatal error:gro file does not have the number ...

gro格式不符合规范，对照一个标准gro文件一看就清楚了

作者
Author: zdy 时间: 2018-3-8 11:25

sobereva 发表于 2017-12-11 22:38
你直接建立一个大小足够的空盒子gro文件，用两次gmx insert-molecules命令依次往里面加入指定数目的溶质分 ...

您好，我想问一下用gmx insert-molecules命令填充溶质和溶剂的时候，能控制粒子距离盒子边缘的距离吗，为什么我在跑完md之后，粒子都跑出去了一部分，如何控制粒子不要跑出盒子啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-8 16:20

zdy 发表于 2018-3-8 11:25
您好，我想问一下用gmx insert-molecules命令填充溶质和溶剂的时候，能控制粒子距离盒子边缘的距离吗，为 ...

没法直接控制。
我不清楚你的具体情况，默认情况下，只要原子出了盒子，就会按照PBC方式把例子挪到盒子对面

你也可以先设个小盒子，插入分子后，再用editconf把盒子扩大

作者
Author: dbw 时间: 2019-11-30 10:39

sobereva 发表于 2017-12-18 20:51
把两种物质的itp文件都include到主top里就完了

老师，我需要构建混合体系，一个是溶质分子，另两个是溶剂分子（乙醇、水），我把三个itp都包含了top里面，但是运行时出现了Warning: atom name 10001 in tople.top and solv_lue.gro does not match (OW - C1)，怎么修改呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-2 02:13

dbw 发表于 2019-11-30 10:39
老师，我需要构建混合体系，一个是溶质分子，另两个是溶剂分子（乙醇、水），我把三个itp都包含了top里面 ...

应该是[molecules]里分子顺序和结构文件不一致

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