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标题: 请问一下文件格式为NetCDF和ASCII之间怎么转化的呢？ [打印本页]

作者
Author: qq8942128 时间: 2017-12-11 22:27
标题: 请问一下文件格式为NetCDF和ASCII之间怎么转化的呢？
在做amber动力学模拟时，得到的mdcrd轨迹文件，该文件为NetCDF格式，请问cpptraj如何把这个格式改为ASCII格式？

作者
Author: beyond 时间: 2017-12-12 00:39
用trajin读入你的mdcrd轨迹文件，再用trajout输出你想要的格式

作者
Author: qq8942128 时间: 2017-12-14 17:42

beyond 发表于 2017-12-12 00:39
用trajin读入你的mdcrd轨迹文件，再用trajout输出你想要的格式

非常感谢您的回复，我是一个新手，在得到您的答复后我去查看了一下手册，不过没能找到（还是不太熟悉），请问一下该怎么样输入命令？比如我的mdcrd文件为：1.mdcrd

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2018-6-9 15:49
请问楼主，这两种格式转化的方法找到了吗？

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2020-6-19 17:49
可用CPPTRAJ程序转换：
cpptraj -p ionicbox.prmtop -y md.mdcrd -x md.dcd

作者
Author: xhxl 时间: 2023-5-4 10:54
cpptraj -p ionicbox.prmtop -y 1.mdcrd -x 2.mdcrd
这样换出来的还是mdcrd格式，但是变成ascii码了
a NetCDF AMBER trajectory with coordinates变成 an AMBER trajectory

作者
Author: Lyueyang2020 时间: 2023-11-6 17:04
老师您好，请问如果想反过来，amber的nc轨迹文件，该文件为ASCII格式，请问cpptraj如何把这个格式改为NetCDF格式呢？（因为在用于处理MSM马尔可夫时报错：Could not obtain info for file data/06_LiGaMd_1.nc. Original error was Error: data/06_LiGaMd_1.nc is not a valid NetCDF 3 file）谢谢您

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