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标题: 16核128G内存一周能进行频率分析的上限是多少原子？ [打印本页]

作者
Author: sofia 时间: 2017-12-13 09:43
标题: 16核128G内存一周能进行频率分析的上限是多少原子？
各位老师，想请教一下16个核，128G的内存，一周内能进行频率分析的上限是多少原子？

作者
Author: xujian 时间: 2017-12-13 11:11
要看方法和基组啊

作者
Author: sofia 时间: 2017-12-13 11:13

xujian 发表于 2017-12-13 11:11
要看方法和基组啊

您好，就用B3LYP/6-31G*这种常见基组

作者
Author: beefly 时间: 2017-12-13 11:21
两年前用B3LYP/6-31G**算过300原子体系的振动频率，都是C,O,N,S,Na,H等轻元素，16核用了大约一个月

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 13:52
跟具体CPU型号有很大关系。
B3LYP/6-31G*下建议不超过200原子

作者
Author: sofia 时间: 2017-12-13 14:52

sobereva 发表于 2017-12-13 13:52
跟具体CPU型号有很大关系。
B3LYP/6-31G*下建议不超过200原子

老师您好，审稿人让我根据玻尔兹曼分布计算不同吸附构型下的概率分布，看了您的帖子，说必须要准确计算吉布斯自由能才可以，我这个表面吸附的体系有将近220个原子（四十多个Ti原子），我可不可以直接和审稿人说明这种情况下计算频率分析不可能，因而无法准确计算吉布斯自由能以及概率分布呢？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 16:53

sofia 发表于 2017-12-13 14:52
老师您好，审稿人让我根据玻尔兹曼分布计算不同吸附构型下的概率分布，看了您的帖子，说必须要准确计算吉 ...

能算的话还是尽量算一下，就算不准，也比没有好。或者你就用电子能量近似作为自由能来做个玻尔兹曼分布计算（横向对比时，自由能因素的影响很大程度抵消了）。

作者
Author: sofia 时间: 2017-12-13 17:04

sobereva 发表于 2017-12-13 16:53
能算的话还是尽量算一下，就算不准，也比没有好。或者你就用电子能量近似作为自由能来做个玻尔兹曼分布 ...

好的，那我算一下，谢谢老师！

作者
Author: sofia 时间: 2017-12-13 20:05

sobereva 发表于 2017-12-13 16:53
能算的话还是尽量算一下，就算不准，也比没有好。或者你就用电子能量近似作为自由能来做个玻尔兹曼分布 ...

老师，我查了一些文献，发现在使用玻尔兹曼计算概率分布的时候，基本都是小分子，是不是也是因为大体系能量计算不准确，因此很少从这个方面考虑的原因？

对于比较大的吸附体系（TiO2表面吸附有机分子，大概220个原子左右），电子能量相差5kcal/mol是不是可以认为相差很小了？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 20:14

sofia 发表于 2017-12-13 20:05
老师，我查了一些文献，发现在使用玻尔兹曼计算概率分布的时候，基本都是小分子，是不是也是因为大体系能 ...

1 一定程度是因为如此

2 5kcal/mol可不算小。按照波尔兹曼分布来看，这样的差异影响已经巨大了。

作者
Author: sofia 时间: 2017-12-13 20:33

sobereva 发表于 2017-12-13 20:14
1 一定程度是因为如此

2 5kcal/mol可不算小。按照波尔兹曼分布来看，这样的差异影响已经巨大了。

是的老师，之前我一直以为电子能量差在几个kcal/mol是很小的，可以几乎认为相等，但是在使用玻尔兹曼公式的时候，零点几个kcal/mol的影响都很大
而我在计算不同吸附构型下的结合能时，大家就只相差1kcal/mol而已（电子能量相差5kcal/mol，在计算结合能的时候没有考虑形变能），根据结合能的大小来讲他们应该具有相似的稳定性，所以这样看我使用电子能量来计算概率分布是不合理的（5kcal/mol的差异概率分布几乎100%了），老师我这样理解是合理的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 20:48

sofia 发表于 2017-12-13 20:33
是的老师，之前我一直以为电子能量差在几个kcal/mol是很小的，可以几乎认为相等，但是在使用玻尔兹曼公式 ...

你就用无限分离的表面团簇和分子作为参考，直接用整个结合过程的电子能量变化（体现了变形能在内）按照波尔兹曼分布来计算就完了。

作者
Author: sofia 时间: 2017-12-13 20:54

sobereva 发表于 2017-12-13 20:48
你就用无限分离的表面团簇和分子作为参考，直接用整个结合过程的电子能量变化（体现了变形能在内）按照波 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: lao7 时间: 2018-1-1 10:38

sofia 发表于 2017-12-13 11:13
您好，就用B3LYP/6-31G*这种常见基组

常见也就是几十个原子吧，超过一百个估计你要等的焦心！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-1 11:06

lao7 发表于 2018-1-1 10:38
常见也就是几十个原子吧，超过一百个估计你要等的焦心！

最近用2*2696v3的36核机子，M062X/6-31G*算177个原子的体系的freq，G16 A.03 AVX2，花了5个半小时，供参考。

作者
Author: lao7 时间: 2018-1-1 19:37

sobereva 发表于 2018-1-1 11:06
最近用2*2696v3的36核机子，M062X/6-31G*算177个原子的体系的freq，G16 A.03 AVX2，花了5个半小时，供参 ...

已经很快了！我是V3 24核心的CPU。128G内存，SSD sata3 硬盘。感觉一般体系都能应付！做计算，有个模型最优化建模的问题，除非特殊情况，大分子体系并不一定全部分子都要放进去计算。

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