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标题: 请问GMX轨迹平衡后计算出来的平均结构有意义吗? [打印本页]

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jase20    时间: 2017-12-13 10:54
标题: 请问GMX轨迹平衡后计算出来的平均结构有意义吗?
请问论坛的各位前辈,用gmx covar或者rmsf计算出来得平均结构有意义吗?我是想把轨迹平衡后的平均构象作为代表性构象放在图中,我觉得毕竟在轨迹中随着时间变化构象也存在着不断涨落的过程,所以计算出来平均结构,肯定是参考了均方涨落因子之后的结构,这样感觉具有代表性。但我问了好多人,都说这样的方法不合适。
请问各位前辈怎么看呢?

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HarrisLin    时间: 2017-12-13 12:31
我是做藥物開發  跑蛋白配體MD模擬的碩班菜鳥
據我所知文獻上在討論結構的時候
都是直接用docking的結果來討論
MD軌跡得來的RMSD和RMSD
只是用來看蛋白配體間的距離以及結合區的重要殘基的位移變化
似乎不會特別去根據MD軌跡算出一個平均結構

而且邏輯上平均結構會很高機率破碎或形變吧(?

作者
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jase20    时间: 2017-12-13 13:47
HarrisLin 发表于 2017-12-13 12:31
我是做藥物開發  跑蛋白配體MD模擬的碩班菜鳥
據我所知文獻上在討論結構的時候
都是直接用docking的結果 ...

谢谢前辈
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sobereva    时间: 2017-12-13 13:50
平均结构没有丝毫物理意义,结构会严重变形。如果要取有代表性的结构,可以比如做簇分析,再从每个簇里取一帧
作者
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jase20    时间: 2017-12-13 15:06
sobereva 发表于 2017-12-13 13:50
平均结构没有丝毫物理意义,结构会严重变形。如果要取有代表性的结构,可以比如做簇分析,再从每个簇里取一 ...

谢谢sob老师,簇分析是聚类分析吗?对小分子和蛋白的体系可以这样做吗?
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sobereva    时间: 2017-12-13 16:55
jase20 发表于 2017-12-13 15:06
谢谢sob老师,簇分析是聚类分析吗?对小分子和蛋白的体系可以这样做吗?

用gmx cluster就可以做。可以
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jase20    时间: 2017-12-13 21:38
sobereva 发表于 2017-12-13 16:55
用gmx cluster就可以做。可以

好的,谢谢sob老师
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510426762    时间: 2018-3-17 04:44
这里也提到了!!
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Average_Structure
an average structure from a simulation is not necessarily a physically meaningful structure




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