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标题: Gaussian16优化激发态结构、计算激发态频率问题 [打印本页]

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-14 09:07
标题: Gaussian16优化激发态结构、计算激发态频率问题
实验室刚刚更新的Gaussian16，迫不及待的试用了一下，发现了一些问题：（1）TD-DFT优化T1态结构，在跃迁信息部分输出的Total Energy不一样（如图1和2），想问下是优化方法不一样吗？具体区别在哪里？
（2）Gaussian16能计算激发态频率了，我计算了S1的频率，然后想用dushin程序计算S0和S1的重组能，但是dushin程序读不进去S1的结构和频率（报错信息如图3），请问是Gaussian16计算激发态频率和以前Gaussian09计算基态的频率的计算方法不一样还是保存格式不一样或者其他？如何解决这个问题？
期待各位老师解惑

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-12-14 10:10
在计算dushin的时候，把高斯16输出的log文件中的g16换为g09. 然后再计算dushin。
我猜测是dushin计算的时候，还是读取g09以及以前的版本，新的g16还没法读。可能后面新的dushin应该就可以读了。
个人理解，不一定对哈。你试试

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-14 18:18

小范范1989 发表于 2017-12-14 10:10
在计算dushin的时候，把高斯16输出的log文件中的g16换为g09. 然后再计算dushin。
我猜测是dushin计算的时 ...

谢谢您的建议，我把g16的改为g09的试了一下，dushin还是不识别这个结构

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-12-14 19:02

灰灰不啦叽发表于 2017-12-14 18:18
谢谢您的建议，我把g16的改为g09的试了一下，dushin还是不识别这个结构

你都换了吗？不止一处哈。
我也是猜测，那我也不知道了。

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-14 19:44

小范范1989 发表于 2017-12-14 19:02
你都换了吗？不止一处哈。
我也是猜测，那我也不知道了。

我换的是开头部分记录的gaussian路径，我再试试改改其他的

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-14 22:58
(1)我看不出你是用谁和谁比。这和Gaussian版本没有任何关系

作者
Author: bomsaude 时间: 2017-12-15 01:25
从你的文件名看，应该是gaussian09和16比较，差别是挺大，不仅仅是能量。你确信是同一个分子、关键词都一样？

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-15 14:19

sobereva 发表于 2017-12-14 22:58
(1)我看不出你是用谁和谁比。这和Gaussian版本没有任何关系

感谢Sob老师的回复，之前只是怀疑g09和g16对激发态进行优化所使用的方法不一样，可能数据提供的不确切，下面的是我用相同的结构相同结构做的分子的S1态的计算（调用路径、关键词、激发能）：
Gaussian16
Initial command:
/opt/soft/gauss/g16/g16/l1.exe "/tmp/ram01f/gauss16.507612.mu01/Gau-18729.inp" -scrdir="/tmp/ram01f/gauss16.507612.mu01/"
Entering Link 1 = /opt/soft/gauss/g16/g16/l1.exe PID=    18730.

%NProcShared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%mem=500MW
%chk=bmbpy-nidoB-B3lyp-TD-S-opt-freqNM.chk
------------------------------------------------------------------
#p td=(singlets,root=1,nstate=5) opt Frequency=SaveNM b3lyp/genecp

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State 1:    Singlet-A    1.0877 eV 1139.87 nm  f=0.0062  <S**2>=0.000
   189 ->190       0.70692
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) =  -2685.44800812
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State 2:    Singlet-A    2.0383 eV  608.26 nm  f=0.0661  <S**2>=0.000
   188 ->190       0.70350

Gaussian09
Initial command:
/opt/soft/gauss/g09d01/g09/l1.exe "/tmp/ram01f/gauss09d01.446329.mu01/Gau-3624.inp" -scrdir="/tmp/ram01f/gauss09d01.446329.mu01/"
Entering Link 1 = /opt/soft/gauss/g09d01/g09/l1.exe PID=    3637.

%NProcShared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%mem=500MW
%chk=bmbpy-nidoB-B3lyp-TD-S-opt.chk
-------------------------------------------------
#p td(singlets,root=1,nstate=15) opt b3lyp/genecp

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State 1:    Singlet-A    2.2311 eV  555.71 nm  f=0.0420  <S**2>=0.000
   188 ->190       0.23078
   189 ->190       0.66650
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -2685.42886721
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State 2:    Singlet-A    2.4794 eV  500.07 nm  f=0.0220  <S**2>=0.000
   188 ->190       0.66537
   189 ->190       -0.23358

激发能差的特别多，不知道Gaussian不同版本之间采用的优化方法是否一致

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-15 14:21
本帖最后由灰灰不啦叽于 2017-12-15 14:24 编辑

sobereva 发表于 2017-12-14 22:58
(1)我看不出你是用谁和谁比。这和Gaussian版本没有任何关系

感谢Sob老师的回复，之前只是怀疑g09和g16对激发态进行优化所使用的方法不一样，可能数据提供的不确切，下面的是我用相同的结构相同结构做的分子的S1态的计算（调用路径、关键词、激发能）：
Gaussian16
Initial command:
/opt/soft/gauss/g16/g16/l1.exe "/tmp/ram01f/gauss16.507612.mu01/Gau-18729.inp" -scrdir="/tmp/ram01f/gauss16.507612.mu01/"
Entering Link 1 = /opt/soft/gauss/g16/g16/l1.exe PID=    18730.

%NProcShared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%mem=500MW
%chk=bmbpy-nidoB-B3lyp-TD-S-opt-freqNM.chk
------------------------------------------------------------------
#p td=(singlets,root=1,nstate=5) opt Frequency=SaveNM b3lyp/genecp

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State 1:    Singlet-A    1.0877 eV 1139.87 nm  f=0.0062  <S**2>=0.000
   189 ->190       0.70692
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) =  -2685.44800812
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State 2:    Singlet-A    2.0383 eV  608.26 nm  f=0.0661  <S**2>=0.000
   188 ->190       0.70350

Gaussian09
Initial command:
/opt/soft/gauss/g09d01/g09/l1.exe "/tmp/ram01f/gauss09d01.446329.mu01/Gau-3624.inp" -scrdir="/tmp/ram01f/gauss09d01.446329.mu01/"
Entering Link 1 = /opt/soft/gauss/g09d01/g09/l1.exe PID=    3637.

%NProcShared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%mem=500MW
%chk=bmbpy-nidoB-B3lyp-TD-S-opt.chk
-------------------------------------------------
#p td(singlets,root=1,nstate=15) opt b3lyp/genecp

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State 1:    Singlet-A    2.2311 eV  555.71 nm  f=0.0420  <S**2>=0.000
   188 ->190       0.23078
   189 ->190       0.66650
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -2685.42886721
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State 2:    Singlet-A    2.4794 eV  500.07 nm  f=0.0220  <S**2>=0.000
   188 ->190       0.66537
   189 ->190       -0.23358

激发能差的特别多，不知道是不是Gaussian不同版本之间采用的优化方法导致的

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-15 14:23

bomsaude 发表于 2017-12-15 01:25
从你的文件名看，应该是gaussian09和16比较，差别是挺大，不仅仅是能量。你确信是同一个分子、关键词都一样 ...

谢谢您的提醒，我又找了一下同一个分子的不同优化结果，激发能相差特别多

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-15 14:33

灰灰不啦叽发表于 2017-12-15 14:21
感谢Sob老师的回复，之前只是怀疑g09和g16对激发态进行优化所使用的方法不一样，可能数据提供的不确切， ...

先把所有关键词统一了。
nstates也会影响结果。而且g16默认用了int=ultrafine，比较的时候应当让格点统一。在完全有可比性的情况下，g09和g16结果基本没有差异。

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-15 16:05

sobereva 发表于 2017-12-15 14:33
先把所有关键词统一了。
nstates也会影响结果。而且g16默认用了int=ultrafine，比较的时候应当让格点 ...

谢谢老师，我统一关键词再测试一下

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-16 15:20

sobereva 发表于 2017-12-15 14:33
先把所有关键词统一了。
nstates也会影响结果。而且g16默认用了int=ultrafine，比较的时候应当让格点 ...

老师，我用蒽分子做了下测试，分别用g09和g16优化了T1的结构，优化后的Hartree能量基本一样，我还看了分子所有的键长基本都一样，最大的区别还是产生在激发能上 g09：0.8507eV； g16：1.8006eV

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-12-16 20:17
本帖最后由 zjxitcc 于 2017-12-16 20:19 编辑

激发态优化中间每个结构，都会输出一次oscillator strengths。log文件中有大量的这个词。你是否看错了位置，看的不是最后一个结构的振子强度和激发能？
还有，td里的子关键词是nstates，不是nstate

作者
Author: 灰灰不啦叽 时间: 2017-12-17 10:07

zjxitcc 发表于 2017-12-16 20:17
激发态优化中间每个结构，都会输出一次oscillator strengths。log文件中有大量的这个词。你是否看错了位置 ...

感谢老师的回复，之前提取激发能的时候两种版本的log我是相同的方法找的，我再确认下自己的数据读取位置，nstates的问题我会改正的

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-12-17 15:43

灰灰不啦叽发表于 2017-12-17 10:07
感谢老师的回复，之前提取激发能的时候两种版本的log我是相同的方法找的，我再确认下自己的数据读取位置 ...

为什么数据会差这么多呢？按说不应该啊。g09和g16要是差距这么大。那还行吗？
不知道你测试其他的对比结果如何。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-17 17:23

小范范1989 发表于 2017-12-17 15:43
为什么数据会差这么多呢？按说不应该啊。g09和g16要是差距这么大。那还行吗？
不知道你测试其他的对比结 ...

基本上是对比时候数据读取问题
根据我的经验，g09和g16，数值不相同的情况，除了默认的ultrafine、acc2e产生的影响外，也就是溶剂模型的一些计算细节发生了变化导致结果会有差异。其它方面基本都没有差异

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-12-17 19:01

sobereva 发表于 2017-12-17 17:23
基本上是对比时候数据读取问题
根据我的经验，g09和g16，数值不相同的情况，除了默认的ultrafine、acc2e ...

偶，明白了，谢谢sob老师指点。

作者
Author: tuzhidingdong 时间: 2023-2-21 10:41
请注意，在优化激发态结构时，不合适的 ADDED_MOS 关键词可能会报错，如果报错可以考虑取消该关键词

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