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标题: 分子表面上的静电势统计数据的含义问题 [打印本页]

作者
Author: shanbei123 时间: 2017-12-14 10:59
标题: 分子表面上的静电势统计数据的含义问题
输出每个原子附近的分子表面上的静电势统计数据，一共有三部分数据，请问每一部分具体的含义是什么？

第一部分
Note: The atoms having zero surface area are not shown below
Note: Minimal and maximal value below are in kcal/mol
  Atom# All/Positive/Negative area (Ang^2)  Minimal value Maximal value
   1    20.37714 20.29080    0.08634    -2.24366584    23.71304799
   4    13.94711 13.94711    0.00000    10.98734328    28.20650391
第二部分
Note: Average and variance below are in kcal/mol and (kcal/mol)^2 respectively
  Atom# All/Positive/Negative average    All/Positive/Negative variance
   1    5.53787 5.56408 -0.62212    19.87246 19.66473 0.20774
   4 20.48838 20.48838       NaN          NaN 15.64469       NaN

第三部分
Note: Internal charge separation (Pi) is in kcal/mol, miu = Balance of charges
  Atom#          Pi             miu       miu*sigma^2
   1       3.508690       0.010344       0.205567
   4       3.454504          NaN          NaN

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-14 17:53
就是1号、4号原子对应的局部分子表面区域中，静电势最大值/最小值、总的/正值/负值部分面积、总的/正值/负值部分方差等等。你能读懂整个分子表面上的统计数据，也就会自然而然明白局部分子表面上这些量的含义，只不过是统计范围从整个分子表面改成了局部分子表面而已。

那些统计数据的含义在手册3.15.1节有详细介绍。

作者
Author: Amiswen 时间: 2019-9-18 16:11
请问在输出文件里有一个“Overall average value: ”，它的数值和第二部分“ All/Positive/Negative average ”有什么关系？在第二部分中为何会有一些原子的数值没有给出呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-18 18:52

Amiswen 发表于 2019-9-18 16:11
请问在输出文件里有一个“Overall average value: ”，它的数值和第二部分“ All/Positive/Negative averag ...

overall是对整个表面进行分析，All/Positive/Negative average是对各个原子对应的局部表面进行分析。
有些原子被埋在体系内部，不直接接触表面，自然没法输出。所以输出中专门有一句提示Note: The atoms having zero surface area are not shown below

作者
Author: Amiswen 时间: 2019-9-18 20:18
谢谢回复！明白了一点。埋在体系内部的原子也包含All/Positive/Negative average，只是没法输出。所以overall average是包含了所有原子的平均值

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-19 16:32

Amiswen 发表于 2019-9-18 20:18
谢谢回复！明白了一点。埋在体系内部的原子也包含All/Positive/Negative average，只是没法输出。所以overa ...

有两点再明确一下：
overall average是直接对整个分子表面而言的，这里不牵扯原子的概念
内部的原子本来就不挨着表面，注定没法做局部分子表面分析，因此不是不输出All/Positive/Negative average，而是根本连算都没法算、根本没法定义

作者
Author: Amiswen 时间: 2019-10-7 16:01
感谢老师的回复。还有一个疑问，如果对All/Positive/Negative average下面列出的所有原子的all average的数值做加和可以代表体系的整体静电势数值吗，这样是否有意义？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-8 07:38

Amiswen 发表于 2019-10-7 16:01
感谢老师的回复。还有一个疑问，如果对All/Positive/Negative average下面列出的所有原子的all average的数 ...

加和没有意义，平均值是不可加和的

整体的分子表面静电势统计信息在屏幕上直接就有，完全没必要自己手动算

作者
Author: Amiswen 时间: 2019-10-8 17:13
再次感谢老师的耐心回复！整体的分子表面静电势统计信息是“Overall average value”？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-9 08:48

Amiswen 发表于 2019-10-8 17:13
再次感谢老师的耐心回复！整体的分子表面静电势统计信息是“Overall average value”？

刚做完定量分子表面分析屏幕上直接就输出了，仔细看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

作者
Author: xxzj 时间: 2020-8-3 10:29

sobereva 发表于 2019-10-9 08:48
刚做完定量分子表面分析屏幕上直接就输出了，仔细看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、 ...

老师，对于给体和受体二聚物，两者直接静电势差越大，越有利于激子解离。那么有两个给体的情况下，怎么比较每个给体和受体静电势差的多，应该看哪个数据？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-4 03:23

xxzj 发表于 2020-8-3 10:29
老师，对于给体和受体二聚物，两者直接静电势差越大，越有利于激子解离。那么有两个给体的情况下，怎么比 ...

静电势是三维函数，没有唯一标准去衡量分子的数值。就算拿表面静电势极大点、局部区域表面静电势平均值等指标讨论，也得结合具体分子和问题才能判断这么讨论是否有意义。

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