计算化学公社

标题: 高斯出错提示g_write [打印本页]

作者
Author: xueduomei 时间: 2017-12-15 21:44
标题: 高斯出错提示g_write
老师，我想问一下算大体系频率时出错 “ g_write” ，内存不够用，我在输入文件里怎么设置%rwf, 设置完怎么才能接着算呢？麻烦老师帮忙解答一下

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-12-16 01:48
这是硬盘不够，不是内存。
空出硬盘空间。将RWF写为有空间的硬盘分区上的完整文件路径（可以声明多个文件及其对应大小）。还不行就降低级别化简体系

作者
Author: xueduomei 时间: 2017-12-16 10:37
谢谢你，可以的话能写个模板我参考一下吗

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-17 00:13
[attach]11865[/attach]

作者
Author: xueduomei 时间: 2017-12-17 09:32

谢谢老师

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-14 17:23

sobereva 发表于 2017-12-17 00:13

社长您好，我在输入文件只指定了 %chk=xxx.chk，也出现了这种"Erroneous write. Write -1 instead of 4096.
fd = 4
orig len = 4096 left = 4096
g_write
"报错。我是使用SSH集群提交作业，那么将我自己子目录下的历史.chk文件删除可以解决问题吗？还是说是集群的硬盘空间不够了呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-15 05:19

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-14 17:23
社长您好，我在输入文件只指定了 %chk=xxx.chk，也出现了这种"Erroneous write. Write -1 instead of 409 ...

跟chk文件没直接关系
搞清楚你当前运行Gaussian时Gaussian的临时文件目录是什么、那个目录下还有多少空余空间，不清楚的话问管理员并参考下文。默认情况下rwf文件是产生在那个目录下的，对于耗硬盘的任务，rwf文件远比chk占的硬盘大得多
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-15 10:36

sobereva 发表于 2023-2-15 05:19
跟chk文件没直接关系
搞清楚你当前运行Gaussian时Gaussian的临时文件目录是什么、那个目录下还有多少空 ...

社长，由于使用的是集群，所有子用户的临时文件都产生在那里，我已经联系了管理员清理；请问输入文件不设置.rwf文件是不是就不会在临时文件目录产生.rwf文件？

作者
Author: wjc404 时间: 2023-2-15 11:00
本帖最后由 wjc404 于 2023-2-15 11:04 编辑

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-15 10:36
社长，由于使用的是集群，所有子用户的临时文件都产生在那里，我已经联系了管理员清理；请问输入文件不设 ...

仔细看7楼社长给的链接文章。如果高斯的环境变量设置合理，当不指定rwf文件的路径时，默认会放到GAUSS_SCRDIR环境变量对应的路径下（shell下面"echo $GAUSS_SCRDIR"查看）。关于高斯程序的磁盘空间使用控制细节，可以看https://gaussian.com/maxdisk/。

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-15 11:17
本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-15 11:27 编辑

wjc404 发表于 2023-2-15 11:00
仔细看7楼社长给的链接文章。如果高斯的环境变量设置合理，当不指定rwf文件的路径时，默认会放到GAUSS_SC ...

您好，输入文件没有.rwf也会在临时目录里产生.rwf文件吗？管理员说清理了，但是报错“g_write”问题没有解决

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-2-15 14:16

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-15 11:17
您好，输入文件没有.rwf也会在临时目录里产生.rwf文件吗？管理员说清理了，但是报错“g_write”问题没有 ...

肯定的，要清临时文件，尤其是遗留的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-16 06:42

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-15 11:17
您好，输入文件没有.rwf也会在临时目录里产生.rwf文件吗？管理员说清理了，但是报错“g_write”问题没有 ...

要么没清对地方，要么清完了剩余硬盘空间还是不够

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-16 10:45

sobereva 发表于 2023-2-16 06:42
要么没清对地方，要么清完了剩余硬盘空间还是不够

社长，我想要更改GAUSS_SCRDIR环境变量声明的临时文件夹，更改到自己的子目录下，方便及时清理以避免空间不足；但是在集群上还有作业正在运行的情况下，我是不是不能更改GAUSS_SCRDIR环境变量声明的临时文件夹呢？会影响正在计算的任务？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-17 02:28

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-16 10:45
社长，我想要更改GAUSS_SCRDIR环境变量声明的临时文件夹，更改到自己的子目录下，方便及时清理以避免空间 ...

不影响正在计算的任务
你也可以直接用%rwf指定rwf生成在哪

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-17 09:57

sobereva 发表于 2023-2-17 02:28
不影响正在计算的任务
你也可以直接用%rwf指定rwf生成在哪

社长，由于我计算的是双自由基特征体系，如果第一步指定了.rwf文件的路径，那么两步任务的Link1里还需要像读取上一步.chk文件那样，读取上一步计算的.rwf文件吗？例如第一步写为%rwf=/home/lcc20/freq/ls/1-TS_H8SC1-1_stable.rwf，Link1里要写成%oldrwf=/home/lcc20/freq/ls/1-TS_H8SC1-1_stable.rwf吗？谢谢老师

作者
Author: 乐平 时间: 2023-2-17 10:14

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-17 09:57
社长，由于我计算的是双自由基特征体系，如果第一步指定了.rwf文件的路径，那么两步任务的Link1里还需要 ...

根据我的理解， rwf 文件是计算过程中产生的临时文件，相当于你在草稿纸上进行演算。某一步计算完之后大概率不会再去读取其中的内容。所以，Link1 里可以写，也可以不写。

另外，你可以把 rwf 文件拆分成很多份啊，比如

%rwf=/home/lcc20/freq/ls/1-TS_H8SC1-1_stable01.rwf, /home/lcc20/freq/ls/1-TS_H8SC1-1_stable02.rwf, /home/lcc20/freq/ls/1-TS_H8SC1-1_stable03.rwf

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-18 06:26

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-17 09:57
社长，由于我计算的是双自由基特征体系，如果第一步指定了.rwf文件的路径，那么两步任务的Link1里还需要 ...

不用

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-18 08:56

乐平发表于 2023-2-17 10:14
根据我的理解， rwf 文件是计算过程中产生的临时文件，相当于你在草稿纸上进行演算。某一步计算完之后大 ...

老师谢谢您，我按照您提供的.rwf路径的输入计算，但是还是一样报错；我又在link1里面加上.rwf路径，还是报错

难道是我自己设置的临时文件目录有硬盘空间限制吗？但是这是一个新建的空目录，请问您知道原因吗？谢谢老师

作者
Author: 乐平 时间: 2023-2-19 17:57
本帖最后由乐平于 2023-2-19 18:01 编辑

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 08:56
老师谢谢您，我按照您提供的.rwf路径的输入计算，但是还是一样报错；我又在link1里面加上.rwf路径，还是 ...

首先，你需要到你自己指定的 /home/lcc20/freq/ls/ 目录下

cd /home/lcc20/freq/ls/ （这是到 /home/lcc20/freq/ls/ 目录的命令）

复制代码

并且查看一下 .rwf 文件有多大。

ls -lh (这是查看文件名及其大小的命令）

复制代码

然后，查看你的集群硬盘空间还剩多少，用下面的命令查看

df -h （这是查看所有硬盘空间的命令）

复制代码

看看 /home 目录有总共多少硬盘空间，还剩多少硬盘空间。

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-2-20 15:17

乐平发表于 2023-2-19 17:57
首先，你需要到你自己指定的 /home/lcc20/freq/ls/ 目录下

谢谢乐平老师~问题解决啦，再次感谢您的耐心解释

作者
Author: zhaojie1986 时间: 2023-5-15 18:16

咨询一下g_write错误问题，可以加一下您的微信吗？或者您加一下我的微信：18935187806，谢谢

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2023-5-15 19:52

zhaojie1986 发表于 2023-5-15 18:16
咨询一下g_write错误问题，可以加一下您的微信吗？或者您加一下我的微信：18935187806，谢谢

好好看置顶的必读贴：
！！！！！计算化学公社新社员必读！！！！！
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)

若无特殊情况，不要在帖子里留下自己的QQ号、微信号。也不要试图让其他人主动加你QQ、加你微信给你私下一对一回答，因为几乎不可能有人会这么主动、热情、上赶地专门给你义务地私下解答问题。有什么问题一律在论坛上通过帖子问，其他人在看贴的时候也能有所收获。而且由于回复者写下的文字能被永久记录下来、被其他人看到，所以绝大多数人都愿意靠帖子回复，而不会愿意给你私下回答。

作者
Author: zhaojie1986 时间: 2023-5-19 17:04

北大-陶豫发表于 2023-5-15 19:52
好好看置顶的必读贴：
！！！！！计算化学公社新社员必读！！！！！
http://bbs.keinsci.com/forum.p ...

收到，以后注意。

作者
Author: mingyin 时间: 2023-6-6 17:08

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-20 15:17
谢谢乐平老师~问题解决啦，再次感谢您的耐心解释

想问一下您，我用老师的命令看现在ssh集群空间还很充足，为什么还会出现g_write错误，想知道您怎么解决的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-6-6 20:29

mingyin 发表于 2023-6-6 17:08
想问一下您，我用老师的命令看现在ssh集群空间还很充足，为什么还会出现g_write错误，想知道您怎么解决的

g_write代表高斯临时文件所在分区被写满了，一个分区往往只占所有硬盘容量的一部分，你去看其他分区剩余多少、很空，那没用。清理高斯临时文件所在分区、更改临时文件路径等措施才是合理的解决方案。

作者
Author: mingyin 时间: 2023-6-6 21:42

zjxitcc 发表于 2023-6-6 20:29
g_write代表高斯临时文件所在分区被写满了，一个分区往往只占所有硬盘容量的一部分，你去看其他分区剩 ...

明白了我去试一下谢谢解答

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-6-7 10:09

mingyin 发表于 2023-6-6 17:08
想问一下您，我用老师的命令看现在ssh集群空间还很充足，为什么还会出现g_write错误，想知道您怎么解决的

你好，我是修改了临时文件路径，就解决了哈

作者
Author: mingyin 时间: 2023-6-7 10:47

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-7 10:09
你好，我是修改了临时文件路径，就解决了哈

谢谢我再去调整下试试

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)