计算化学公社

标题: 计算的ADCH电荷如何在分子里显示？ [打印本页]

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-17 18:54
标题: 计算的ADCH电荷如何在分子里显示？
新手，刚学习完计算ADCH电荷，倒是能看到数字的电荷，但是要与原子一一对应还是挺麻烦的，有什么办法可以像高斯VIEW里面观察电荷一样看ADCH电荷嘛？

ps：使用高斯优化获得FCH文件时要选择电荷嘛？比如full nbo？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-17 19:30
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第二个问题不理解你的意思。优化是优化，算原子电荷是算原子电荷。

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-18 00:34

sobereva 发表于 2017-12-17 19:30
第二个问题不理解你的意思。优化是优化，算原子电荷是算原子电荷。

谢谢指点，关于显示问题已经学会了。现在又有了一个新问题：计算ADCH电荷中的fch来源问题
我用CHEMDRAW 画了甲酰胺结构，CHEM3D或Avogadro产生带3D结构的mol文件
接着使用高斯进行优化，优化结束后得到CHK文件，高斯VIEW保存为FCH文件，再在multiwfn中计算ADCH
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所得电荷与教程中计算出来的在N原子上有点差别（教程-0.67，我计算得-0.31）

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请问原因及推荐优化方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-18 03:07
计算级别不同
极化函数是必须加的，这里强调了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-20 22:27
本帖最后由 liaibo 于 2017-12-20 22:33 编辑

sobereva 发表于 2017-12-18 03:07
计算级别不同
极化函数是必须加的，这里强调了
谈谈量子化学中基组的选择

sob老师，最近把您的很多博文和部分文章都看了一遍，初步计算了一下ADCH电荷，感觉有些茅塞顿开。现在我想建立一个比较通用的条件，用来算以后的小分子有机物的ADCH电荷，包含的原子可能有：C.N,O,F,Si,P,S,Cl,Br.也可能有苯环，烯烃，炔烃等共轭结构。我对乙酰胺使用了HF,DFT及各种基组都尝试性的算了一下，发现不同基组不同方法还是有差异的，目前感觉使用B3LYP/6-31*优化，B3LYP/6-311G**算单点能是个不错的选择。看您文章里使用HF/6-31G*或HF/CCPVTZ，还有M062X/6-311+G*来计算电荷。有点犹豫该使用哪种方法更普遍一点，加不加一点弥散函数也有点犹豫。希望能推荐一种优化和计算电荷的方法和基组。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-20 23:54

liaibo 发表于 2017-12-20 22:27
sob老师，最近把您的很多博文和部分文章都看了一遍，初步计算了一下ADCH电荷，感觉有些茅塞顿开。现在我 ...

对有机体系，优化和ADCH电荷计算都用B3LYP/6-311G**，100%稳妥。不用考虑其它基组和理论方法的组合。弥散函数不需要
那个对比原子电荷的文章中虽然用HF优化，并不适合实际问题的研究

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-20 23:57

sobereva 发表于 2017-12-20 23:54
对有机体系，优化和ADCH电荷计算都用B3LYP/6-311G**，100%稳妥。不用考虑其它基组和理论方法的组合。弥 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-24 09:46
本帖最后由 liaibo 于 2017-12-24 10:00 编辑

sobereva 发表于 2017-12-20 23:54
对有机体系，优化和ADCH电荷计算都用B3LYP/6-311G**，100%稳妥。不用考虑其它基组和理论方法的组合。弥 ...

sob老师，最近又遇到新的问题：用Ultraedit修改mulliken电荷为ADCH电荷之后，确实在Gview里能用看mulliken
电荷的方法看ADCH电荷，但是算cube时，改过前的fch文件能算，改过后的文fch件会出错，即使用改过前的fch
算出cube，在Surface Actions-New Mapped Surface也会闪退。有什么解决方法吗？我想要达到一种同时显示ADCH电荷和表面静电势的效果，这是您一篇博文推荐的活性位点预测方法。

附出错信息：
Executing Gaussian Cubegen =>
"/home/liaibo/opt/gaussian/g16/cubegen" 0 density=scf "/home/liaibo/opt/Goutput/ERT-checkpoint-g.fch" "/home/liaibo/opt/gaussian/scr/gv12_24_2017_09_38_18/xnb2z.cub" -2 h
Top CubeGen       Sun Dec 24 09:38:46 2017
FCGetN:  Type=" " Flag="  "
FCGetN is confused.
Error termination via Lnk1e at Sun Dec 24 09:38:46 2017.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000002b1d480, rcx 00002b7b8272d2e7
rdx 00002b7b82ea5000, rsp 00007ffde3de2bb8, rbp 00007ffde3de2c10
rsi 000000000000000b, rdi 00000000000079da, r8  00002b7b82a95760
r9  00002b7b81ffbd00, r10 000000000000022c, r11 0000000000000206
r12 00007ffde3de4d6b, r13 00007ffde3de4e34, r14 00007ffde3de4e78
r15 00007ffde3de4cc0
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x110c0) [0x2b7b821ea0c0]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b7b8272d2e7]
  cubegen() [0x4e1fa9]
  cubegen() [0x47bdb0]
  cubegen() [0x47165f]
  cubegen() [0x560a49]
  cubegen() [0x46d103]
  cubegen() [0x468a41]
  cubegen() [0x4684e8]
  cubegen() [0x561980]
  cubegen() [0x897316]
  cubegen() [0x73fbbb]
  cubegen() [0x4b6612]
  cubegen() [0x45143f]
  cubegen() [0x450baa]
  cubegen() [0x450af4]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf1) [0x2b7b8271a2b1]
  cubegen() [0x4509e9]

Cubegen Job Completed (PID = 79da, status = 6)

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-24 14:12
原子电荷自行ps到图上就完了，本身体系也不大，没必要非得同时在gview显示，反倒麻烦
如果你是指把fch里的原子电荷替换成自己的之后，gview基于fch就没法显示静电势填色电子密度等值面图了，说明你改的时候格式没按原先的格式来写。

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