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标题: 与计算的缘分：讲讲心路以明志 [打印本页]

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-18 22:07
标题: 与计算的缘分：讲讲心路以明志
从什么时候说起呢。。我本身是学药学的，大概是大三或大四的时候，接触到一门计算机辅助药物设计（CADD）的课程，
头一次能直观的看到分子的3D构象，然后就不可自拔。
然后上研究生，把这门课程又上了一遍，自学了SYBYL,Discovery studio，Schrödinger，CCDC GOLD等软件。
那时年少轻狂，老师给了个靶点，拿着数据库就去筛化合物，结果筛出来的没啥用。

然后？筛了那么多分子，都能脑补哪个位置该有哪个基团了，就脑补了一类分子，自己去做对接，分子动力学。
那个靶点也是奇葩，与配体是共价结合的，为了找能做共价对接的软件，找了好久才发现GOLD能做。
现在想想当年的狂热啊，没有任何娱乐，一天在看GOLD说明书。当时不懂，以为对接做了就完事了，
投稿人家要分子动力学的图谱，什么gromacs，自学了一下，好像要编程，好难。然后找了个商业化的软件DESMOND，全傻瓜式
操作，很快就学会了。问题又来了，windows下不稳定，跑的时间久了就断了。又自学LINUX的安装，使用，软件的安装，记得跑
一个分子要跑2-3天，还专门组了台1w的机器，后来老师给报销了，现在那台机器还留在办公室造福后人。

结果？后来自己脑补的分子，去测了靶点活性，IC50=10nmol，又测了肿瘤活性，1mmol以内，都还行，再测稳定性，
比对照化合物稳定很多，就这课题一共发了2篇sci，1篇专利，现在想想，全靠脑补啊。

在这过程中，有时会查看一下分子的电荷，SYBYL那些软件都提供查看电荷的，当时也没看出什么，后来
上小木虫看到了一个关键词“盆分析”，大概是3,4年前了，那时multiwfn才刚出来，sob大神也还在小木虫
活跃着，直觉觉得这个刚出来的软件不是很靠谱，大神写的帖子也基本上没看懂。后来对量子化学渐渐产生
兴趣，选修了量子化学这门课，学的很认真，考试也还行，然而就像sob大神说的一样，还是没入门。
门虽然没入，但是我还是想算算电荷，随便找篇文章给的基组自己算算，也不知道对不对。中途还有个
师姐找我算电荷，用的NPA电荷，貌似结果和实验不大对得上，可能坑了她？毕竟学有机做实验的
会量化的还是很少很少。。。

硕士毕业的时候，我就在想以后的路怎么走，我知道我的不足在哪：有机化学基础比较差。也想过怎么弥补：
结合计算与实验来印证经典有机理论。现在已经过去2年了，这2年开始工作，做实验的技术，分析的技术
倒是长了不少，还是能时不时感觉基础薄弱的缺点。中途又恶补了有机化学理论1-2遍，太多经验化的东西，
说起来就像直觉。但无法在自己知识中形成体系，比如溴丙烯，三个碳电荷分布到底是什么样的？
再比如甲酰胺中的甲基，一开始都没觉得是呈负电性的，酰胺吸电子，吸电子程度是咋样的？
（PS:现在还有点疑惑甲酰胺中到底是O电荷更负还是N电荷更负？貌似应该是O）
和羧基比，比如乙酸，这个甲基又呈什么样？又比如：羰基和羟基的本质区别？貌似还是只能用轨道杂化理论解释？

最近要水解一个酰胺，才发现酰胺键要断裂是这么难，比酯键难太多，心痒痒想计算一下键能，不会算。。。然后
下定决心重新学习高斯，又回想起“盆分析”，才发现multiwfn已经发展到3.0了，拜读sob大神的文章后。。。
我发现我必须得参加个培训班了，因为基本都没入门，自学的东西很难成体系。

最后，希望各位能指点一下今后的路要怎么走？结合计算与实验来印证经典有机理论，
最近拜读了《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较_付蓉》，发现卢天老师已经开始在关注这块了，
但距离形成体系的解释还有一段距离。目前我还处于最初的阶段，先考虑电荷的分布，这一块儿估计够
我研究好一段时间了，至于静电势？福井函数？等我完全理解他们的化学意义再来考虑吧。

PS：sob大神说过，不妨找个工作，计算当副业，不错，我们是新一代”民科“。

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2017-12-18 22:13
加油！共勉！

作者
Author: beyond 时间: 2017-12-18 23:31
楼主前期的经历和我差不多呀，那个时候本来是想着去做有机合成的，由于是跨专业考试的，导师不让做合成，也是让去做CADD了，那个时候也是经常脑补
小分子，然后还要在scifinder里面搜一下是不是新的结构，不过我没有楼主幸运，没有人给我们做合成。

那个时候天天和师弟在啃amber的手册，还有一些分子动力学的基础书籍，后来才稍微入门了些，能够做一些简单的MD与MMPBSA，与楼主共勉！

作者
Author: wangyj 时间: 2017-12-19 09:36
最后一句，我也是这么想的，与君共勉。

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-19 09:52

Warm_Cloud 发表于 2017-12-18 22:13
加油！共勉！

共勉！

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2017-12-19 10:00
我跟楼主路程很相似啊，想想为了计算炸药的能量性能，特意学了FORTRAN，为了计算硝化反应机理和热力学能计算，学高斯，需要分析弱相互作用又去学了multiwfn，为了开发可视化软件又学了MFC，真是心累啊，不过能力确实也上来了，共勉

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-19 11:25

beyond 发表于 2017-12-18 23:31
楼主前期的经历和我差不多呀，那个时候本来是想着去做有机合成的，由于是跨专业考试的，导师不让做合成，也 ...

虽然我做过CADD，但是不得不说，CADD人为因素太多，简单的说就是拍脑袋，不靠谱。所以现在大药厂用的也少，基本上等于白学了。。。

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-19 11:26

wangyj 发表于 2017-12-19 09:36
最后一句，我也是这么想的，与君共勉。

除了赚钱，还是得有点梦想

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-19 11:28

杜黎小松发表于 2017-12-19 10:00
我跟楼主路程很相似啊，想想为了计算炸药的能量性能，特意学了FORTRAN，为了计算硝化反应机理和热力学能计 ...

反应机理怎么计算?能说说大概嘛

作者
Author: wangyj 时间: 2017-12-19 17:01

liaibo 发表于 2017-12-19 11:26
除了赚钱，还是得有点梦想

但是也不能只有梦想，还是要看现实，衣食住行，父母老去，自己结婚生子，孩子长大成人，理想和现实都得顾，所以我很赞同最后一句话。

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2017-12-19 19:37

liaibo 发表于 2017-12-19 11:28
反应机理怎么计算?能说说大概嘛

主要就是过渡态理论，相关的东西你搜论坛上就有很多

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-12-20 00:53
我和楼主一样也是学药学的和楼主不大一样的是我一直在搞科研

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-20 10:52

ChrisZheng 发表于 2017-12-20 00:53
我和楼主一样也是学药学的和楼主不大一样的是我一直在搞科研

其实工作了也是搞科研，和学校里的生活差不多

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