计算化学公社

标题: 怎样用ADMP计算单个分子的热稳定定性? [打印本页]

作者
Author:
ztchem    时间: 2017-12-19 12:46
标题: 怎样用ADMP计算单个分子的热稳定定性?
怎样用ADMP计算单个分子的热稳定定性?能通过这种方法确定分子开始分解的温度吗?输入文件应当怎样设定?谢谢高手指点

作者
Author:
sobereva    时间: 2017-12-19 19:26
可以,不同温度下去跑,看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=200),即通过velocity scaling方法使得温度维持在200K,每10步scale一次(即让温度立刻变成指定的温度)。利用1/89,还可以设定允许在指定的温度上下限多大范围内进行波动
作者
Author:
ztchem    时间: 2017-12-19 22:24
sobereva 发表于 2017-12-19 19:26
可以,不同温度下去跑,看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) I ...

谢谢您。我先跑个例子熟悉一下,有问题再请教。
作者
Author:
杜黎小松    时间: 2017-12-22 15:30
同学,不知道你这个ADMP是什么软件,可否有资料可传给我借鉴了解一下,我最近也在想怎么计算分子开始分解的温度?
作者
Author:
ztchem    时间: 2017-12-22 16:07
杜黎小松 发表于 2017-12-22 15:30
同学,不知道你这个ADMP是什么软件,可否有资料可传给我借鉴了解一下,我最近也在想怎么计算分子开始分解的 ...

gaissian中的,调用关键词ADMP,具体查看gaussian说明手册
作者
Author:
杜黎小松    时间: 2017-12-23 10:52
ztchem 发表于 2017-12-22 16:07
gaissian中的,调用关键词ADMP,具体查看gaussian说明手册

哦,谢谢,我去仔细看看

作者
Author:
长颈鹿先森    时间: 2018-9-11 22:03
标题: 新手使用ADMP关键词时发现键长和势能震荡怎么回事
本帖最后由 长颈鹿先森 于 2018-9-11 22:08 编辑
sobereva 发表于 2017-12-19 19:26
可以,不同温度下去跑,看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) I ...

sob老师,我利用gaussian中的关键词ADMP计算了一个分子在1000K时的热稳定性,结果发现Potential energy和键长都处于上下震荡,这说明在1000K时分子没有分解吗?但是有文献说实验时900K就开始分解了,这是怎么回事呢?
第二问题是:势能的坐标是-0.5左右,我想变成200这种的数,该怎么做呢?我看论坛上您之前回复时说过用grep可以将数据导入到origin中,作图,请问grep是什么呢?

作者
Author:
sobereva    时间: 2018-9-12 05:27
长颈鹿先森 发表于 2018-9-11 22:03
sob老师,我利用gaussian中的关键词ADMP计算了一个分子在1000K时的热稳定性,结果发现Potential energy和 ...

没分解,一看轨迹的动画就知道了
可能当前模拟设置有问题或者计算模型与实际情况缺乏可比性

图上点右键,应当有导出数据的选项
作者
Author:
长颈鹿先森    时间: 2018-9-12 08:49
本帖最后由 长颈鹿先森 于 2018-9-12 10:11 编辑
sobereva 发表于 2018-9-12 05:27
没分解,一看轨迹的动画就知道了
可能当前模拟设置有问题或者计算模型与实际情况缺乏可比性

谢谢老师,save data就行,以前培训班还讲过类似的给忘了。我还想问如果是一个空间中给两个大气压,两种类型的分子A和B,再看热解情况,这种跟单独一种分子的热解就不一样了吧,那这种应该怎么做呢?
作者
Author:
sobereva    时间: 2018-9-12 10:13
长颈鹿先森 发表于 2018-9-12 08:49
谢谢老师,save data就行,以前培训班还讲过类似的给忘了。我还想问如果是一个空间中给两个大气压,两种 ...

没法体现气压
作者
Author:
长颈鹿先森    时间: 2018-9-12 14:24
sobereva 发表于 2018-9-12 10:13
没法体现气压

谢谢老师,那如果是常压下呢,想看看两种气体的热稳定性,什么温度开始分解,或者分解的自由基产物等有什么,输入文件应该怎么构建呢?
作者
Author:
sobereva    时间: 2018-9-12 14:29
长颈鹿先森 发表于 2018-9-12 14:24
谢谢老师,那如果是常压下呢,想看看两种气体的热稳定性,什么温度开始分解,或者分解的自由基产物等有什 ...

那就是每提升一点温度模拟一段时间,看到了什么温度出现分解现象,然后看得到什么产物
没经验的话可以先找点相关文章看看积累感觉
作者
Author:
liuyjhx    时间: 2019-4-2 10:56
sobereva 发表于 2017-12-19 19:26
可以,不同温度下去跑,看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) I ...

老师,我模拟高聚物的最低热解温度我的命令应该怎么写?我下面写的这两种命令那个更适合?
#p b3lyp/6-31g* admp=(StepSize=2000,maxpoint=1000,ReadMWVelocity) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=200) nosymm
#p pm6 admp(maxpoints=200) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=200)
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-4-2 17:34
liuyjhx 发表于 2019-4-2 10:56
老师,我模拟高聚物的最低热解温度我的命令应该怎么写?我下面写的这两种命令那个更适合?
#p b3lyp/6-3 ...

论精度显然b3lyp/6-31g*比PM6高得多
作者
Author:
captain    时间: 2019-4-23 22:35
sobereva 发表于 2017-12-19 19:26
可以,不同温度下去跑,看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) I ...

请教大神
想模拟一个溶液体系,里面包含几十个溶剂分子,这种情况下必须要设定热浴吗?
谢谢!
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-4-24 03:02
captain 发表于 2019-4-23 22:35
请教大神
想模拟一个溶液体系,里面包含几十个溶剂分子,这种情况下必须要设定热浴吗?
谢谢!

一般模拟都要设热浴,要不然模拟温度你没法控制
作者
Author:
captain    时间: 2019-4-24 08:49
sobereva 发表于 2019-4-24 03:02
一般模拟都要设热浴,要不然模拟温度你没法控制

好的 多谢大神
作者
Author:
wuyiyyyy    时间: 2019-6-27 14:58
长颈鹿先森 发表于 2018-9-11 22:03
sob老师,我利用gaussian中的关键词ADMP计算了一个分子在1000K时的热稳定性,结果发现Potential energy和 ...

请问您这两张图是怎么做出来的,新手
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-7-1 11:30
wuyiyyyy 发表于 2019-6-27 14:58
请问您这两张图是怎么做出来的,新手

gview - results
作者
Author:
wuyiyyyy    时间: 2019-7-8 13:02
sobereva 发表于 2019-7-1 11:30
gview - results

谢谢,我用Gview把分子在800K下模拟了400fs,发现随着时间gview里面的分子键有伸缩。部分键显示断开了,但是过了几fs又会连回去。尤其是苯环上的C-H键。
请问应该如何准确判断一个分子是否分解
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-7-8 18:09
wuyiyyyy 发表于 2019-7-8 13:02
谢谢,我用Gview把分子在800K下模拟了400fs,发现随着时间gview里面的分子键有伸缩。部分键显示断开了, ...

结构异构化,形成了其它分子之类

当前只是普通伸缩振动而已
作者
Author:
wuyiyyyy    时间: 2019-7-9 09:49
sobereva 发表于 2019-7-8 18:09
结构异构化,形成了其它分子之类

当前只是普通伸缩振动而已

谢谢老师,那我之前走了不少弯路;
我计算了一个有机小分子在2000K下的分解情况,一般分子肯定分了
#p b3lyp/6-31g* admp(maxpoints=400) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=2000)
会不会是maxpoints太小没有把反应过程反映完全呢
还是有其他什么原因
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-7-10 08:47
wuyiyyyy 发表于 2019-7-9 09:49
谢谢老师,那我之前走了不少弯路;
我计算了一个有机小分子在2000K下的分解情况,一般分子肯定分了
...

再多跑跑
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-7-10 09:03
我用PM6随便瞎跑了一个甲醛分解成CO+H2的例子,你可以参考一下。由于反应势垒很高,为了较短的时间内就能体现出裂解,温度设了很高
(, 下载次数 Times of downloads: 93)

作者
Author:
jiayuhan    时间: 2019-7-10 09:37
sobereva 发表于 2019-7-10 09:03
我用PM6随便瞎跑了一个甲醛分解成CO+H2的例子,你可以参考一下。由于反应势垒很高,为了较短的时间内就能体 ...

请问sob老师,我的做admp的轨迹结果是这样,请问这个分子在该温度下是稳定还是不稳定 (, 下载次数 Times of downloads: 43) (, 下载次数 Times of downloads: 42) (, 下载次数 Times of downloads: 37)
作者
Author:
wuyiyyyy    时间: 2019-7-10 13:49
jiayuhan 发表于 2019-7-10 09:37
请问sob老师,我的做admp的轨迹结果是这样,请问这个分子在该温度下是稳定还是不稳定?

举个栗子,你可以用gview把老师的那个out文件打开,点左上角的播放,看分子的动态变化。可以看到两个氢原子飞出来变成氢气分子,有没有分解很明显啦。
而且我看到一些文献分解反应可能要几个ps,老师的栗子也是算到40多fs(5000K下),你要多算几步,你应该用了默认的50步。
这段时间算下来感觉,用ADMP计算分子的分解过程是一个比较好的方法
但是要估计分解温度,计算量实在太大了。
作者
Author:
wuyiyyyy    时间: 2019-7-10 13:59
我有个想法是先用ADMP算出分子的分解产物,有了反应的原料和产物,再去推反应过程,得到反应的能垒。一般能垒越高,需要的温度越高,二者有直接的关系,再来推测反应温度。不知道这个想法大家觉得是否可行。
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-7-10 20:17
jiayuhan 发表于 2019-7-10 09:37
请问sob老师,我的做admp的轨迹结果是这样,请问这个分子在该温度下是稳定还是不稳定?

看曲线太抽象,直接看轨迹就知道了
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-7-10 20:18
wuyiyyyy 发表于 2019-7-10 13:59
我有个想法是先用ADMP算出分子的分解产物,有了反应的原料和产物,再去推反应过程,得到反应的能垒。一般能 ...

可以利用AIMD跑出来的分解轨迹来作为找分解反应TS初猜结构的参考,之后算出来势垒再估计具体分解温度是可行的
作者
Author:
wuyiyyyy    时间: 2019-9-24 15:36
用reaxff跑出来了,误差10℃以内,真心花了好久时间。
这种复杂问题还是MD靠谱
作者
Author:
Marc0    时间: 2021-8-22 13:44
ztchem 发表于 2017-12-22 16:07
gaissian中的,调用关键词ADMP,具体查看gaussian说明手册

你好,可否分享一个案例的代码呢?我是linux系统下的高斯,照着手册做也报错
作者
Author:
sobereva    时间: 2021-8-23 07:13
Marc0 发表于 2021-8-22 13:44
你好,可否分享一个案例的代码呢?我是linux系统下的高斯,照着手册做也报错

用ORCA干这个远比用Gaussian强
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html

又不要钱,速度还更快(尤其是纯泛函),AIMD方面功能还更多更灵活,支持的理论方法还更丰富(如B97-3c、r2SCAN-3c),借助Multiwfn创建输入文件还更简单。

若没有特殊理由,分子体系的AIMD一律建议用ORCA跑

作者
Author:
Marc0    时间: 2021-8-23 10:42
sobereva 发表于 2021-8-23 07:13
用ORCA干这个远比用Gaussian强
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576(htt ...

谢谢 sob 老师。这个软件我也研究一下,如果有不明白的再请教。




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3