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标题: RMSD计算问题 [打印本页]

作者
Author: cp45899 时间: 2017-12-20 12:26
标题: RMSD计算问题
各位好！我在md完之后的蛋白和配体RMSD计算时遇到了一些问题。
体系是蛋白-配体复合物，为了节约一些时间，盒子选的是十二面体盒子。
但是在计算RMSD时，用vmd计算的结果和用rms计算的结果差的很多，不知道是在哪一步操作上有问题。
希望各位帮助，给出一个详细的计算步骤。
我之前的操作如下：
保持分子完整和去除周期性
gmx trjconv -f ../1kv1_lig_md.xtc -s ../1kv1_lig_md.tpr -pbc mol -o new.xtc
gmx trjconv -f new.xtc -pbc nojump -o nojump.xtc
用vmd->Extensions->Analysis->RMSD Trajectory tool
分别对proteion和resname BMU进行Align->RMSD，得到网盘中1和2两张图
之后用分别用以下两个命令得到蛋白和配体的RMSD
gmx rms -f nojump.xtc -s ../1kv1_lig_md.tpr -o rmsd_protein_GMX.xvg | 4(backbone) | 4(backbone)（网盘中图3）
gmx rms -f nojump.xtc -s ../1kv1_lig_md.tpr -o rmsd_ligand_GMX.xvg | 4(backbone) | 20(BMU))（网盘中图4）
但是和之前用vmd的图差了好多
后来看到之前也有人问这个问题，又将backbone和BMU合并成了一个组24。然后选24|4和24|20分别求RMSD也得到相同的结果。
请高人指点一下哪里出了问题，我对这块一直不太明白。
由于东西较大，都放网盘里了，麻烦大家下载一下，谢谢！
链接：https://pan.baidu.com/s/1c2LIyYG 密码：5dzy

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-20 12:50
最近太忙没时间仔细看，建议你就一律用VMD来计算就完了，VMD里直接给出的曲线和你VMD里看到的完全一样，所见即所得，想指定align哪个组也很方便，RMSD曲线如果有问题则VMD里看到的轨迹肯定也有问题，很容易弄清楚原因。我绘制RMSD基本都用VMD

作者
Author: cp45899 时间: 2017-12-20 14:57

sobereva 发表于 2017-12-20 12:50
最近太忙没时间仔细看，建议你就一律用VMD来计算就完了，VMD里直接给出的曲线和你VMD里看到的完全一样，所 ...

好的，谢谢！

作者
Author: beyond 时间: 2017-12-20 17:33
我估计也是pbc没有处理好吧，你可以在vmd里面看看你的轨迹有没有问题，如果有问题，可能就会出现很大的RMSD值。

我的猜测是，在某些帧，小分子跑出了蛋白，而你是计算的蛋白+小分子的RMSD，你可以试着单独计算蛋白与小分子各自的RMSD看看。

作者
Author: cp45899 时间: 2017-12-20 22:32

beyond 发表于 2017-12-20 17:33
我估计也是pbc没有处理好吧，你可以在vmd里面看看你的轨迹有没有问题，如果有问题，可能就会出现很大的RMSD ...

-pbc mol和nojump后的轨迹我从头到尾看过一遍了，轨迹应该是没问题，小分子也没跑出蛋白外，我觉得可能是我后续操作的哪个地方不太对，用VMD算的RMSD看起来正常，和原文献比也基本一致，就是到了用gmx算的时候就是算不对。谢谢啦！

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-20 22:51
你用-pbc mol之后为什么还要再来一次-pbc nojump？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-20 23:57

霜晨月发表于 2017-12-20 22:51
你用-pbc mol之后为什么还要再来一次-pbc nojump？

-pbc mol只不过是让轨迹按照PBC记录的时候分子保持完整，nojump是完全去除周期性

作者
Author: beyond 时间: 2017-12-23 01:47

sobereva 发表于 2017-12-20 23:57
-pbc mol只不过是让轨迹按照PBC记录的时候分子保持完整，nojump是完全去除周期性

我用pbc nujump得到的轨迹，很多时候都是一团乱麻

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-23 02:35

beyond 发表于 2017-12-23 01:47
我用pbc nujump得到的轨迹，很多时候都是一团乱麻

可能是你载入的第一个结构不合适。VMD默认情况下会按照第一个载入的结构中的原子距离来判断连接关系

作者
Author: 青青青 时间: 2019-7-1 15:35
(, 下载次数 Times of downloads: 86) 请问我想计算MOL的RMSD的话，参考组应该也是选择MOL吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-2 11:13

青青青发表于 2019-7-1 15:35
请问我想计算MOL的RMSD的话，参考组应该也是选择MOL吗？谢谢

看你目的
如果你只是想考察这个分子相对于自己的某一帧结构的相对位置波动情况，就两次都选择MOL

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Author: 青青青 时间: 2019-7-5 09:44

sobereva 发表于 2019-7-2 11:13
看你目的
如果你只是想考察这个分子相对于自己的某一帧结构的相对位置波动情况，就两次都选择MOL

好的，谢谢老师，请问您说的相对于“某一帧结构”，这里的“某一帧"可以自行规定吗？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-5 13:02

青青青发表于 2019-7-5 09:44
好的，谢谢老师，请问您说的相对于“某一帧结构”，这里的“某一帧"可以自行规定吗？谢谢老师

可以

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