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标题: 分子团簇与分子构象搜索程序molclus 1.1版发布！ [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2015-2-9 14:04
标题: 分子团簇与分子构象搜索程序molclus 1.1版发布！
分子团簇和分子构象搜索程序molclus 1.1版发布于2015年2月8日发布。相对于之前的版本，变化仅在于用于筛选、排序结构的isostat程序。1.0版的isostat只能根据能量对结构进行区分，会遗漏掉不少能量接近简并的不同结构。在1.1版中isostat增加了几何判断标准，即便两个结构能量很接近，但结构不够接近也会被当成两个不同的结构。

molclus 1.1版已挂在molclus主页上http://www.keinsci.com/research/molclus.html。已购买完整版的用户只需下载1.1免费版并将其中的isostat提取出来即可。

相应地，对molclus程序的介绍帖子《使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577）进行了很多更新，特别是(H2O)4的例子增加了之前isostat版本由于没考虑几何判断标准而遗漏的一个团簇结构。

以下是新的isostat的使用说明和细节介绍

这里有个名词叫距离序列。把某结构的natm*(natm-1)/2个原子对儿的距离计算出来储存到一维数组里，从小到大排序，就构成了距离序列。通过距离序列可以判断两个结构的几何偏差。这里做法是让两个结构的距离序列求差并且取绝对值，其中最大的元素就是几何偏差。

启动isostat后，先输入要载入的.xyz文件的路径，然后输入判断归簇的能量阈值和距离阈值。如果图省事的话可以直接敲三下回车，默认值见屏幕提示。isostat会循环.xyz文件里的每个结构，计算当前结构与已有的各个簇之间的几何偏差和能量差。如果发现当前结构与某个已有的簇之间几何偏差小于距离阈值，同时能量差小于能量阈值，则这个结构被归到那个已有的簇里，否则当前结构被认为是一个新的簇，并且这个新簇的距离序列和能量都以这个结构的作为代表。

然后程序对每个簇的能量从低到高排序。最后屏幕上会显示每个簇包含的结构的数目(Count)、能量(E)、与所有其它簇之间的几何偏差最小值(DGmin，单位为埃)，以及相对于最低能量构型的能量差(DE)。
# 1 Count: 1  E= -777.571292 a.u.  DGmin= 0.02  DE= 0.00 kcal/mol
# 2 Count: 6  E= -777.570863 a.u.  DGmin= 0.02  DE= 0.27 kcal/mol
# 3 Count: 7  E= -777.570424 a.u.  DGmin= 0.17  DE= 0.55 kcal/mol
# 4 Count: 1  E= -777.563874 a.u.  DGmin= 1.08  DE= 4.65 kcal/mol
# 5 Count: 7  E= -777.529982 a.u.  DGmin= 0.21  DE= 25.92 kcal/mol
# 6 Count: 1  E= -777.528484 a.u.  DGmin= 0.21  DE= 26.86 kcal/mol
# 7 Count: 1  E= -777.500604 a.u.  DGmin= 0.11  DE= 44.35 kcal/mol
# 8 Count: 2  E= -777.500402 a.u.  DGmin= 0.11  DE= 44.48 kcal/mol
# 9 Count: 5  E= -777.474979 a.u.  DGmin= 1.21  DE= 60.43 kcal/mol
# 10 Count: 2  E= -777.445099 a.u.  DGmin= 0.71  DE= 79.18 kcal/mol
# 11 Count: 1  E= -777.429516 a.u.  DGmin= 1.11  DE= 88.96 kcal/mol
# 12 Count: 1  E= -777.418271 a.u.  DGmin= 0.46  DE= 96.01 kcal/mol
# 13 Count: 1  E= -777.392735 a.u.  DGmin= 1.92  DE=  112.04 kcal/mol
# 14 Count: 1  E= -777.343895 a.u.  DGmin= 0.74  DE=  142.68 kcal/mol
# 15 Count: 1  E= -777.339646 a.u.  DGmin= 0.69  DE=  145.35 kcal/mol
# 16 Count: 1  E= -777.338671 a.u.  DGmin= 0.69  DE=  145.96 kcal/mol
# 17 Count: 1  E= -777.262125 a.u.  DGmin= 2.57  DE=  193.99 kcal/mol
程序会把每个簇的结构和能量输出到当前目录下的cluster.xyz中。

Hint：输入能量阈值或几何阈值时，如果输入一个很大的数，相当于令此判断标准不生效。

作者
Author: therotyonth 时间: 2015-2-13 20:48
学习！

作者
Author: xyz 时间: 2015-2-13 23:14
本来想多极矩展开代替距离系列。但看来对于小团簇讲，距离系列计算量不大，而且更准。

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