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标题: GMX构建磷烯的拓扑文件时存在的问题 [打印本页]

作者
Author: gkobebryant2010 时间: 2017-12-27 12:19
标题: GMX构建磷烯的拓扑文件时存在的问题
思路：将BP看作两层P原子，上层为PA,下层为PB,考虑周期性
1.创建磷烯的坐标文件BP.gro

2.在amber03.ff创建n2t文件：
P PA 0.0 30.9700       3 P 0.2190 P 0.2190  P 0.2280
P PB 0.0 30.9700       3 P 0.2190 P 0.2190  P 0.2280

3.在amber03.ff的atomtypes.atp中添加：
PA             30.97000
PB             30.97000

4.在amber03.ff的ffnonbonded.itp中添加：
PA       15    30.97 0.0000  A 3.33000e-01  1.67360e+00
PB       15    30.97 0.0000  A 3.33000e-01  1.67360e+00

5.在amber03.ff的ffbonded.itp中添加：
[ bondtypes ]
PA PA       1 0.22000 124264.8
PA PB       1 0.23000 124264.8
PB PB       1 0.22000 124264.8

[ angletypes ]
PA  PA  PA          1 96.60    111.7128
PA  PA  PB          1 101.00    111.7128
PB  PB  PB          1 96.60    111.7128
PB  PB  PA          1 101.00    111.7128

[ dihedraltypes ]
PB  PA  PA  PA    9    283.00 0.267776    0
PA  PA  PB  PB    9    81.200 0.267776    2
PA  PA  PA  PA    9    180.00 0.267776    0
PB  PB  PB  PB    9    180.00 0.267776    0
PB  PB  PB  PA    9    77.500 0.267776    0

6.用如下命令生成BP的拓扑文件
gmx x2top -f BP.gro -o BP.top -ff amber03 -name BP -pbc -kb 400000 -kt 600 -kp 150

7.对照BP.gro结构，没有问题，但top中[ atoms ]的type全是PA，并没有出现PB，手动将偶数的type全部改为PB,命名为BP.itp，并#include到蛋白的top中

8.对蛋白和磷烯的体系创建盒子，添加溶剂水分子，添加氯离子，检查添加完离子后的坐标文件没有问题，能量最小化

问题：能量最小化得到的gro文件中磷烯的构型完全散架了，导致下一步无法进行，不知道是不是在创建拓扑文件时哪里出了问题，希望各位大神帮忙看看

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-27 20:21
n2t文件里写两项其实没意义，因为判断方式都相同，所以只有PA会被匹配，PB白写

你既然想让bond项从[bondtypes]里读对应的参数，就应当把BP.itp里的[bonds]里面的成键项的参数都删掉，否则会直接用这些参数，而不会利用[bondtypes]里的。类似地，angles和dihedrals部分也是如此。

另外，在单独跑磷烯成功之前，建议先别引入其它因素（蛋白），省得不好debug

作者
Author: gkobebryant2010 时间: 2017-12-27 21:29
谢谢老师，问题成功解决

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