计算化学公社

标题: 水溶性小分子在水溶液中判断平衡的依据 [打印本页]

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-12-27 17:29
标题: 水溶性小分子在水溶液中判断平衡的依据
水溶性有机分子，原子数五六十，放置27个分子，在水溶液中判定平衡的依据是什么？密度？能量？RMSD？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-27 19:34
小分子溶液的平衡不用RMSD来判断
密度是个重要的判断平衡的指标
你也可以绘制不同时刻不同组分间的rdf、小分子附近指定距离内的水/其它小分子原子的数目随时间的变化等等，看是否随模拟已经收敛了

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-12-27 19:40

sobereva 发表于 2017-12-27 19:34
小分子溶液的平衡不用RMSD来判断
密度是个重要的判断平衡的指标
你也可以绘制不同时刻不同组分间的rdf、 ...

谢谢sob老师！

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-12-27 20:53

sobereva 发表于 2017-12-27 19:34
小分子溶液的平衡不用RMSD来判断
密度是个重要的判断平衡的指标
你也可以绘制不同时刻不同组分间的rdf、 ...

请问老师，判断不同时刻、不同组分间的rdf怎么做？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-27 22:33

苏玖染发表于 2017-12-27 20:53
请问老师，判断不同时刻、不同组分间的rdf怎么做？

gmx rdf，可以用-b -e设定轨迹从哪个时刻读到哪个时刻

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-8-1 10:46
你好，我想问一下，密度如何去考察呢

作者
Author: wei 时间: 2020-8-1 12:04
这种稀溶液密度我认为意义不大。看体系能量和重要相互作用的RDF波动可能更合适；根据我的经验，模拟时长尽可能长吧，30ns以上。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)