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标题: ONIOM中的电荷和自旋应该怎么写？ [打印本页]

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2017-12-27 19:42
标题: ONIOM中的电荷和自旋应该怎么写？
我的模型一共有两层H和M，其中H层带-2个电荷，自旋为零，M层都是水不带电，自旋为零。
高斯的说明书上说应该这样写：整个分子（真实体系），高级模型体系，和低级模型体系的电荷/自旋
那就应该是：-2 1 -2 1 0 1
但是运行后log文件说：
Charge = -2 Multiplicity = 1 for low level calculation on real  system.
Charge = -2 Multiplicity = 1 for high  level calculation on model system.
Charge =  0 Multiplicity = 1 for low level calculation on model system.
也就是说真实体系中的low level是-2 1。
这样没问题么？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-27 20:09
M层是对三层ONIOM而言的，就两层只分L和H

你对写法理解不对，这是正确的
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当前情况只写-2 1就够了。

作者
Author: 三石草祭 时间: 2017-12-27 21:49
楼主您好，这样做是不是类似与把水做成了显示溶剂，是怎样做到的呢，怎样确定溶剂的分布？

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2017-12-28 19:00

sobereva 发表于 2017-12-27 20:09
M层是对三层ONIOM而言的，就两层只分L和H

你对写法理解不对，这是正确的

谢谢。
还是不太明白real和model的区别。
是不是对于水溶液来说只需要写上溶质的c和s就够了？

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2017-12-28 19:03

三石草祭发表于 2017-12-27 21:49
楼主您好，这样做是不是类似与把水做成了显示溶剂，是怎样做到的呢，怎样确定溶剂的分布？

是的，我这样就是为了算显式溶剂下的光谱。
溶剂的分布方法：用gromacs跑的MD，截取一些帧。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-28 19:10

ra2ghgzh 发表于 2017-12-28 19:00
谢谢。
还是不太明白real和model的区别。
是不是对于水溶液来说只需要写上溶质的c和s就够了？

real就是整体，model就是H层
是

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2017-12-28 19:24

sobereva 发表于 2017-12-28 19:10
real就是整体，model就是H层
是

谢谢帮助

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