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标题: 求amber相关力场或者opls力场各种离子的力场参数 [打印本页]

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-12-28 11:18
标题: 求amber相关力场或者opls力场各种离子的力场参数
请问各位老师，amber相关力场或者opls力场中有一些离子的参数么？比如铁离子，铝离子，或者更不常见的铋离子？还有碘离子溴离子等卤系、硫酸根离子的么？是否可以添加离子参数？有没有可靠性，谢谢！

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-12-28 12:17

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

多谢！

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-5-27 20:27
请问下，分子模拟能表现络合作用么？比如说在水溶液中，放入金属离子，会和有机物恰当的形成络合物么？或者说直接加离子这种做法准确性怎么样？还是需要首先按照非标准残基的方法构建有机物和金属离子的结构呢？（如果用Amber力场做的话）

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-28 01:06

苏玖染发表于 2018-5-27 20:27
请问下，分子模拟能表现络合作用么？比如说在水溶液中，放入金属离子，会和有机物恰当的形成络合物么？或者 ...

配位作用一般需要bond项连接，否则光靠原子电荷对应的静电相互作用描述的话，一般很难维持住

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-5-28 08:45

sobereva 发表于 2018-5-28 01:06
配位作用一般需要bond项连接，否则光靠原子电荷对应的静电相互作用描述的话，一般很难维持住

好的，谢谢sob老师

作者
Author: rice 时间: 2020-4-18 15:29

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

您好，我看您贴出来的文献，是关于amber力场的，请问有OPLS力场的金属离子的力场文献么，如有，麻烦告知一下，谢谢

作者
Author: HZW 时间: 2021-2-9 15:36

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

付博。请问修改gromacs下的amber99sb_parmbsc1力场包下的离子参数sigma 和 epsilon的单位是以Å和kcal/mol来修改吗？

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-2-10 01:58

HZW 发表于 2021-2-9 15:36
付博。请问修改gromacs下的amber99sb_parmbsc1力场包下的离子参数sigma 和 epsilon的单位是以Å ...

不太熟悉gmx，你多找几个格式的参数文件对比确认一下，或者直接用parmed转格式

作者
Author: HZW 时间: 2021-2-10 11:09
好的，谢谢付博

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-2-10 13:23

HZW 发表于 2021-2-10 11:09
好的，谢谢付博

我怎么记得GMX默认是nm和kJ/mol……ambertools里面用的倒是A和kcal

作者
Author: HZW 时间: 2021-2-11 00:33
是的，，gromacs力场包就是按照nm和kJ/mol

作者
Author: HZW 时间: 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

作者
Author: panernie 时间: 2021-2-11 11:19

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

https://jerkwin.github.io/gmxtool/calc/calc.html 使用在线计算工具中VDW参数计算看看

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-16 08:08

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

(, 下载次数 Times of downloads: 74)

作者
Author: HZW 时间: 2021-2-16 16:41
好的，谢谢卢老师

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-14 11:40
本帖最后由牧生于 2022-5-14 12:45 编辑

①JPCB这篇文章开发的高价金属离子的参数，分别给了TIP3P，spce，tip4pew水模型下的参数，这些值有一些差别。。那我如果用别的水模型的时候，比如opc，或者tip4p-ice，那我该选用哪个参数呢？

② 一些阴离子的参数，比如 amber力场下的ions.itp没有BR，但是ffnonbonded.itp里面有BR的参数，看起来像是溴离子的参数。那么，我在ions.itp里面添加如下内容，就是添加了溴离子吧？？就可以直接include吗
[ moleculetype ]
; molname    nrexcl
BR             1

[ atoms ]
; id at type       res nr  residu name    at name  cg nr  charge
1    Br             1    BR             BR    1    -1.00000

作者
Author: 690581905 时间: 2022-6-1 08:54

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

老师，我想问一下，在这个itp文件里的角的势函数5在gromacs里找不到，在库里的势函数都是1，该怎么解决

作者
Author: zdworld 时间: 2023-8-4 20:52

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

请问楼主会算了吗

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