计算化学公社

标题: MS做过渡态搜索获得的能垒较低原因 [打印本页]

作者
Author: wangxinmin 时间: 2018-1-3 08:42
标题: MS做过渡态搜索获得的能垒较低原因
我在做过渡态搜索是基本基本过程已经完成可是得到的能量势垒就在100kj/mol左右，看到以前的文献都是2、300.请问一下这是什么原因造成的，还是结果还是合理的？求指导，急急急

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-3 08:46
你先得说明是什么体系、什么反应、用的MS哪个模块算的等等。没细节没法回答

作者
Author: wangxinmin 时间: 2018-1-3 09:01

sobereva 发表于 2018-1-3 08:46
你先得说明是什么体系、什么反应、用的MS哪个模块算的等等。没细节没法回答

老师，我用的是MS软件中的Dmol3模块做的是芳香烃的脱甲基反应，通过GGA/BP密度泛函做的过渡态搜索，是对我研究的一个课题，可是算的能量和生物质相关文章的差距比较大，我在考虑是否是断裂之后两个断裂结构的距离的问题，或者是密度泛函选择的问题或是其他

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-3 09:45
或许当前反应机理、体系特征本身和文献里的差异较大
有机反应，强烈不建议用BP86，用M06-2X是首选（不过Dmol3不支持，也强烈不建议用Dmol3）。纯泛函有低估势垒的倾向。

作者
Author: wangxinmin 时间: 2018-1-3 09:52
老师您的意思是用Dmol3会使模拟得到的结果偏低吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-3 12:26

wangxinmin 发表于 2018-1-3 09:52
老师您的意思是用Dmol3会使模拟得到的结果偏低吗？

理论方法和程序是两回事
Dmol3照样可以用杂化泛函B3LYP

作者
Author: wgbigfatcat 时间: 2018-1-3 14:46

sobereva 发表于 2018-1-3 12:26
理论方法和程序是两回事
Dmol3照样可以用杂化泛函B3LYP

sob，他应该做的是表面的反应吧。支撑周期体系的M06-2X有吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-3 15:11

wgbigfatcat 发表于 2018-1-3 14:46
sob，他应该做的是表面的反应吧。支撑周期体系的M06-2X有吗？

具体给个结构图一看就清楚了，没图说不清楚

作者
Author: tcclab 时间: 2018-1-3 20:38
楼主问的问题有无限可能；还处在不会问问题的阶段。

作者
Author: wangxinmin 时间: 2018-1-4 18:38

tcclab 发表于 2018-1-3 20:38
楼主问的问题有无限可能；还处在不会问问题的阶段。

我是在用MS中Dmol 3做过渡态搜索下边是得到的是反应能垒，以及附件里的图片是反应物中间体过渡态的变化，麻烦老师再帮忙看看
(, 下载次数 Times of downloads: 59)

作者
Author: Lesterhou 时间: 2020-7-13 23:11
单位问题，你的结果换算成kJ/mol 反而偏高

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-14 00:17
100多kcal的势垒怕是几百度都反应不了哦

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)