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标题: ORCA M062X 的D3 校正疑似bug [打印本页]
作者
Author: Shannon    时间: 2015-2-11 08:54
标题: ORCA M062X 的D3 校正疑似bug
本帖最后由 Shannon 于 2015-2-11 08:56 编辑

最近在计算一个有机分子的时候，发现了一个很有意思的事情。 orca的 m062x的 grimme D3 dispersion校正 好像错掉了。 对于一个30个原子的分子，校正值竟然高达3Hatree。 而且计算出来的反应势垒和其他的 泛函， 包括没加 D3的M062X.差别非常大。
为了对比，我把所有的计算数据都贴出来了：
最后几个数据是来自高斯计算的，结果差别很大的样子
似乎只有M062X的D3校正有这个问题，orca中其他泛函的D3矫正都很正常。
name
单点能基组
单点能
单点能泛函
H corrected E
Activation energy(delta H)
OH
def2-TZVP(-f)
-75.7427277
b3lyp
-75.7314017
BPA_2OH_TS
def2-TZVP(-f)
-807.2470569
b3lyp
-806.9405649
0.520973456
BPA
def2-TZVP(-f)
-731.5024617
b3lyp
-731.2093617
BPA_C7_HABS_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.2418528
b3lyp
-806.9404458
0.833642882
BPA_4OH_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.2438065
b3lyp
-806.9376755
8.107188523
BPA_3OH_TS_PAPER3
def2-TZVP(-f)
-807.2461366
b3lyp
-806.9405956
0.440461379
BPA_2OH_TS_ROT3
def2-TZVP(-f)
-807.2486174
b3lyp
-806.9423934
-4.27966802
OH
def2-TZVP(-f)
-75.7429736
b3lyp_d3
-75.7316476
BPA_2OH_TS
def2-TZVP(-f)
-807.325297
b3lyp_d3
-807.018805
-15.89953127
BPA
def2-TZVP(-f)
-731.5742015
b3lyp_d3
-731.2811015
BPA_C7_HABS_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.3179563
b3lyp_d3
-807.0165493
-9.977260049
BPA_4OH_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.3230054
b3lyp_d3
-807.0168744
-10.83087966
BPA_3OH_TS_PAPER3
def2-TZVP(-f)
-807.3241569
b3lyp_d3
-807.0186159
-15.40327296
BPA_2OH_TS_ROT3
def2-TZVP(-f)
-807.3269636
b3lyp_d3
-807.0207396
-20.97884576
OH
def2-TZVP(-f)
-75.76264711
blyp
-75.75132111
BPA_2OH_TS
def2-TZVP(-f)
-807.4223769
blyp
-807.1158849
-24.81280256
BPA
def2-TZVP(-f)
-731.648213
blyp
-731.355113
BPA_C7_HABS_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.4189007
blyp
-807.1174937
-29.03690997
BPA_4OH_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.4193334
blyp
-807.1132024
-17.77008058
BPA_3OH_TS_PAPER3
def2-TZVP(-f)
-807.4210013
blyp
-807.1154603
-23.69824808
BPA_2OH_TS_ROT3
def2-TZVP(-f)
-807.4239031
blyp
-807.1176791
-29.52347776
OH
def2-TZVP(-f)
-75.76295492
blyp_d3
-75.75162892
BPA_2OH_TS
def2-TZVP(-f)
-807.5178994
blyp_d3
-807.2114074
-44.76168766
BPA
def2-TZVP(-f)
-731.7358296
blyp_d3
-731.4427296
BPA_C7_HABS_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.5118307
blyp_d3
-807.2104237
-42.17922361
BPA_4OH_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.5160557
blyp_d3
-807.2099247
-40.86898757
BPA_3OH_TS_PAPER3
def2-TZVP(-f)
-807.5162783
blyp_d3
-807.2107373
-43.0025817
BPA_2OH_TS_ROT3
def2-TZVP(-f)
-807.5195651
blyp_d3
-807.2133411
-49.83870168
OH
def2-TZVP(-f)
-75.74051883
m062x
-75.72919283
BPA_2OH_TS
def2-TZVP(-f)
-807.3888362
M062X
-807.0823442
5.866308352
BPA
def2-TZVP(-f)
-731.6484858
m062x
-731.3553858
BPA_C7_HABS_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.3814683
M062X
-807.0800613
11.86011471
BPA_4OH_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-807.3869226
M062X
-807.0807916
9.942884987
BPA_3OH_TS_PAPER3
def2-TZVP(-f)
-807.3882962
M062X
-807.0827552
4.78735284
BPA_2OH_TS_ROT3
def2-TZVP(-f)
-807.3903274
M062X
-807.0841034
1.247534334
OH
def2-TZVP(-f)
-75.8749435
m062x_d3
-75.8636175
1928082.406
BPA_2OH_TS
def2-TZVP(-f)
-810.5314353
M062X_D3
-810.2249433
17.4794141
BPA
def2-TZVP(-f)
-734.6615647
m062x_d3
-734.3684647
BPA
def2-TZVP(-f)
-734.6610834
M062X_D3
-734.3679834
BPA_C7_HABS_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-810.5186388
M062X_D3
-810.2172318
37.72603122
BPA_4OH_TS_PAPER
def2-TZVP(-f)
-810.5388026
M062X_D3
-810.2326716
-2.811084809
BPA_3OH_TS_PAPER3
def2-TZVP(-f)
-810.5317916
M062X_D3
-810.2262506
14.04706015
BPA_2OH_TS_ROT3
def2-TZVP(-f)
-810.5339966
M062X_D3
-810.2277726
10.05112735
OH
6-311+g(2d,p)
-75.73595602
um062x
-75.72463002
OH
def2svp
-75.64141402
um062x_empiricaldispersion=gd3
-75.63008802
BPA_2OH_TS
def2svp
-806.4942346
um062x_empiricaldispersion=gd3
-806.1877426
-3.08071353
BPA
def2svp
-730.8495812
um062x_empiricaldispersion=gd3
-730.5564812
BPA_C7_HABS_TS_PAPER
def2svp
-806.4894449
um062x_empiricaldispersion=gd3
-806.1880379
-3.856023385
BPA_4OH_TS_PAPER
def2svp
-806.4927665
um062x_empiricaldispersion=gd3
-806.1866355
-0.173873934
BPA_3OH_TS_PAPER3
def2svp
-806.4933871
um062x_empiricaldispersion=gd3
-806.1878461
-3.352345031
BPA_2OH_TS_ROT3
def2svp
-806.4949603
um062x_empiricaldispersion=gd3
-806.1887363
-5.689632504

作者
Author: Shannon    时间: 2015-2-11 09:04
另外看了下输出文件中DFTD3的部分，M062X的矫正参数似乎还是半成品：
The M062X functional is recognized
Active option DFTDOPT                   ...         4   

molecular C6(AA) [au] = 28.162786


            DFT-D V3
parameters
s6 scaling factor         :     1.0000
a1 scaling factor         :     0.0000
s8 scaling factor         :     0.0000
a2 scaling factor         :     0.0000
ad hoc parameters k1-k3   :    16.0000     1.3333    -4.0000


对比B3LYP:
The B3LYP functional is recognized
Active option DFTDOPT                   ...         4   

molecular C6(AA) [au] = 28.162786


            DFT-D V3
parameters
s6 scaling factor         :     1.0000
a1 scaling factor         :     0.3981
s8 scaling factor         :     1.9889
a2 scaling factor         :     4.4211
ad hoc parameters k1-k3   :    16.0000     1.3333    -4.0000


作者
Author: jiangning198511    时间: 2015-2-11 09:13
可以在ORCA 官方论坛 询问一下。
作者
Author: sobereva    时间: 2015-2-11 09:33
M06-2X应当用零阻尼形式，直接写D3默认是BJ阻尼。你用D3BJ和D3zero分别算一下，看看各是多少。应该取D3zero的结果。如果也不合理，和DFT-D3程序直接算出来的结果对照一下看看校正参数、校正能有无问题。
作者
Author: Shannon    时间: 2015-2-11 10:17
本帖最后由 Shannon 于 2015-2-11 23:07 编辑

谢谢坛主和jiangning198511的回复，明天去弄一个DFT-D3查看下参数。  用零阻尼形式给出的结果算非常小的 分子 给出的校正能基本是正常范围内了，不过还需要多算几个再和高斯的结果对比一下。
update：问题已解决，DFT-D3 BJ没有M062X的  拟合参数，其他明尼苏达系列泛函， 如m05,m06,m08之类的拟合参数也没有。http://www.thch.uni-bonn.de/tc/d ... /functionalsbj.html
D3zero 支持的泛函数量更多，明尼苏达系列都有支持：http://www.thch.uni-bonn.de/tc/downloads/DFT-D3/functionals.html





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