计算化学公社

标题: 请教PSI4的安装 [打印本页]
作者
Author: xjamesmao    时间: 2015-2-25 07:57
标题: 请教PSI4的安装
这个PSI4连个自己的论坛或者讨论组也没有，都不知道去哪里求助。希望这里有人能指点一下。Linux系统，4核小计算机器。
我就是照着说明编译安装的，基本上，就是：
mkdir objdir
cd objdir
../configure --prefix=/home/xxx
make
make install

编译用的是intel编译器和mkl库。

装完后make tests全部通过。也能顺利运行自己写的输入，但是……全部都是单cpu运行。
psi4 -n 4或者设置MKL_NUM_THREADS和OMP_NUM_THREADS的值都不管用。


请问我应该在编译过程中哪里指定才能让程序能并行运行？谢谢！








作者
Author: sobereva    时间: 2015-2-25 08:16
不需要编译时有什么特殊设定。
运行前先设定
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
然后运行命令最后带着-n 4就可以四核并行运行了。是肯定生效的。

附我的安装过程：

环境RHEL6U1 64bit,root
安装好ifort 12.1、icc 12.1、MKL，
解压psi4.0b5到/sob下，进入psi目录，执行
autoconf
mkdir obj
cd obj
../configure --prefix /sob/psi4 --with-blas='-mkl' --with-cc=icc --with-cxx=icpc --with-fc=ifort  --with-opt='-O2 -static -no-prec-div' --with-incdirs=-mkl
make -j4
make tests
make install
作者
Author: xjamesmao    时间: 2015-2-25 23:17
谢谢。似乎差别就是autoconf。不知道是不是这个原因，回头试试再来报告。
作者
Author: xjamesmao    时间: 2015-2-26 03:33
奇怪还是不行。主要是用它来做sapt计算，单核就单核吧，也能用。
作者
Author: zdb    时间: 2015-3-6 13:13
和楼主一样 我是解压的二进制 跑例子的时候 只有一个核运行
作者
Author: sobereva    时间: 2015-3-6 13:24
zdb 发表于 2015-3-6 13:13
和楼主一样 我是解压的二进制 跑例子的时候 只有一个核运行

最好自己编译，并且configure参数参考我贴的
作者
Author: ZHANGZY    时间: 2015-3-7 06:29
ubuntu直接在线安装，好像就可以
作者
Author: zdb    时间: 2015-3-9 16:20
sobereva 发表于 2015-3-6 13:24
最好自己编译，并且configure参数参考我贴的

可以共享一份你的并行测试用的例子吗
作者
Author: sobereva    时间: 2015-3-9 16:56
zdb 发表于 2015-3-9 16:20
可以共享一份你的并行测试用的例子吗


就是很普通的单点任务。四核并行15秒，不并行时39秒

  1. #! Sample UHF/6-31G** CH2 computation

  3. memory 250 mb

  5. molecule test {
  6.   0 3
  7. C                  0.00377100    0.22128100    1.20821400
  8. C                  0.00429200    0.93884200    0.00000000
  9. C                  0.00377100    0.22128100   -1.20821400
  10. C                  0.00377100   -1.17182400   -1.20258300
  11. C                  0.00309400   -1.88174900    0.00000000
  12. C                  0.00377100   -1.17182400    1.20258300
  13. H                  0.00851600    0.76337400    2.15175600
  14. H                  0.00851600    0.76337400   -2.15175600
  15. H                  0.00160900   -1.70566700   -2.14978300
  16. H                  0.00151400   -2.96775600    0.00000000
  17. H                  0.00160900   -1.70566700    2.14978300
  18. N                  0.06484900    2.33780600    0.00000000
  19. H                 -0.30526700    2.77582900   -0.83482700
  20. H                 -0.30526700    2.77582900    0.83482700
  21. }

  23. set basis 6-311G**
  24. set reference uhf
  25. energy ('scf')
复制代码
作者
Author: leebo    时间: 2019-9-14 20:24
sobereva 发表于 2015-3-9 16:56
就是很普通的单点任务。四核并行15秒，不并行时39秒

sob,如何在psi4里面设置溶剂化模型，然后计算能量分解，谢谢
作者
Author: Harrypotter    时间: 2019-9-14 21:36
leebo 发表于 2019-9-14 20:24
sob,如何在psi4里面设置溶剂化模型，然后计算能量分解，谢谢

http://psicode.org/psi4manual/1.2/pcmsolver.html#index-1
https://pcmsolver.readthedocs.io/en/latest/users/input.html
留心note与warning
作者
Author: hxd_yi    时间: 2019-9-14 23:17
我用的是debian，直接在新立得里面安装。（匿
作者
Author: yanhuiL    时间: 2022-12-20 10:33
请问提交的PSI4相关任务放置在那个文件夹下面啊，为什么我放在PSI4在个人目录下面，最后安装完都在主目录下面呀，显示没有权限.
作者
Author: zjxitcc    时间: 2022-12-20 15:01
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-12-20 15:03 编辑
yanhuiL 发表于 2022-12-20 10:33
请问提交的PSI4相关任务放置在那个文件夹下面啊，为什么我放在PSI4在个人目录下面，最后安装完都在主目录下 ...

安装方式恐怕有误，亦或环境变量书写有误，导致您正在进行十分危险的操作，你正在对根目录所有文件进行操作，现在显示没有权限还算幸运，要是有权限，恐怕系统已经被弄坏了，亦或产生难以预料的后果。强烈建议阅读《PSI4程序安装及运行》https://mp.weixin.qq.com/s/I7Q1YXX5oSsXDe3oMo2jPw
作者
Author: yanhuiL    时间: 2022-12-20 15:35
zjxitcc 发表于 2022-12-20 15:01
安装方式恐怕有误，亦或环境变量书写有误，导致您正在进行十分危险的操作，你正在对根目录所有文件进行操 ...

好的，谢谢老师提醒。



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