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标题: 蛋白质中的盐桥作用求助 [打印本页]
作者
Author: 舍命为江山    时间: 2015-3-6 21:47
标题: 蛋白质中的盐桥作用求助
看分子动力学文献上有分析盐桥作用的
但是不明白蛋白质残基的盐桥作用是什么？？？是不是就是正负静电势？和电池中的盐桥有什么区别呢？？
谢谢各位

作者
Author: sobereva    时间: 2015-3-7 07:12
和电池那个盐桥没有关系。
盐桥就是指的由于正负电荷间产生的强烈静电相互作用将两个原子团束缚到一起的作用
作者
Author: 舍命为江山    时间: 2015-3-7 14:10
sobereva 发表于 2015-3-7 07:12
和电池那个盐桥没有关系。
盐桥就是指的由于正负电荷间产生的强烈静电相互作用将两个原子团束缚到一起的作 ...

谢谢老大

那么在MD中怎么分析这个盐桥作用呢？？？就看残基的带电性吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2015-3-7 15:51
舍命为江山 发表于 2015-3-7 14:10
谢谢老大

那么在MD中怎么分析这个盐桥作用呢？？？就看残基的带电性吗？

形成盐桥的前提是电性一负一正、相距较近。若有这样的一对儿基团，可以考察MD过程中它们之间的距离变化。
作者
Author: lao7    时间: 2015-4-9 16:24
应该不叫盐桥吧？叫离子桥接是不是更合理些。ion bridge
作者
Author: fhh2626    时间: 2015-4-19 11:02
lao7 发表于 2015-4-9 16:24
应该不叫盐桥吧？叫离子桥接是不是更合理些。ion bridge

salt bridge or ionic bridge
作者
Author: chenxianzhao    时间: 2021-3-29 16:43
fhh2626 发表于 2015-4-19 11:02
salt bridge or ionic bridge

请问下判断盐桥是否存在具体到底是看哪两个原子之间的距离<=4 A？是看酸性氨基酸侧链不管哪个氧原子和碱性氨基酸侧链氮原子之间距离<=4 A吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-4-4 04:55
chenxianzhao 发表于 2021-3-29 16:43
请问下判断盐桥是否存在具体到底是看哪两个原子之间的距离

参考VMD的盐桥插件的判据
(, 下载次数 Times of downloads: 114)
作者
Author: chenxianzhao    时间: 2021-4-4 11:19
sobereva 发表于 2021-4-4 04:55
参考VMD的盐桥插件的判据

也就是说判断所有帧中到底有多少帧形成了盐桥，还是要按这个输出的所有帧的侧链质心距离来判断。
作者
Author: 5撇到3撇    时间: 2021-4-4 18:28
salt bridge 就是离子键吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-4-4 19:59
chenxianzhao 发表于 2021-4-4 11:19
也就是说判断所有帧中到底有多少帧形成了盐桥，还是要按这个输出的所有帧的侧链质心距离来判断。

不是侧链质心距离，而是带显著正电荷和显著负电荷的原子/基团间的距离
作者
Author: sobereva    时间: 2021-4-4 20:00
5撇到3撇 发表于 2021-4-4 18:28
salt bridge 就是离子键吗？

算不上是离子键
只是静电主导的弱相互作用
作者
Author: 5撇到3撇    时间: 2021-4-4 22:43
sobereva 发表于 2021-4-4 20:00
算不上是离子键
只是静电主导的弱相互作用

明白了，谢谢老师
作者
Author: 5撇到3撇    时间: 2021-4-4 22:49
sobereva 发表于 2021-4-4 20:00
算不上是离子键
只是静电主导的弱相互作用

老师它不是正负电荷间的相互作用嘛，离子键也属于这样的呀
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-4-4 22:59
5撇到3撇 发表于 2021-4-4 22:49
老师它不是正负电荷间的相互作用嘛，离子键也属于这样的呀

强和弱相互作用是有很大区别的
作者
Author: sobereva    时间: 2021-4-5 02:19
5撇到3撇 发表于 2021-4-4 22:49
老师它不是正负电荷间的相互作用嘛，离子键也属于这样的呀

离子键属于化学键范畴，盐桥明显不是化学键的程度的作用
作者
Author: chenxianzhao    时间: 2021-4-5 10:32
sobereva 发表于 2021-4-4 19:59
不是侧链质心距离，而是带显著正电荷和显著负电荷的原子/基团间的距离

嗯嗯，的确是这样，也就是说salter这个插件输出文件中帧对应的距离就是这个带显著正电荷和显著负电荷的原子/基团间的距离吧？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-4-6 03:28
chenxianzhao 发表于 2021-4-5 10:32
嗯嗯，的确是这样，也就是说salter这个插件输出文件中帧对应的距离就是这个带显著正电荷和显著负电荷的原 ...

VMD的这个插件可以给你所有判断出的盐桥中，正电残基侧链氮的质心距离与负电残基侧链的氧的质心距离
作者
Author: chenxianzhao    时间: 2021-4-6 14:55
sobereva 发表于 2021-4-6 03:28
VMD的这个插件可以给你所有判断出的盐桥中，正电残基侧链氮的质心距离与负电残基侧链的氧的质心距离

这个距离应该就等价定义为带电基团之间的距离了吧
作者
Author: 晴天小C    时间: 2022-9-20 09:31
请教一下，轨迹中盐桥占有率需要大于多少才算是形成的稳定的盐桥



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