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标题: 分享一下超算的一些小技巧 [打印本页]

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作者
Author: chengdi123000    时间: 2015-3-6 22:52
标题: 分享一下超算的一些小技巧


新人第一帖，希望大大多多交流

不知道大家超算用得多不多，现在所里用nscc-tj的th-1a系统比较多，用了几周攒了一些脚本，分享一下

th-1a的结构和一般超算都差不多，用户登录vpn，用ssh访问到LN，再在LN中可以访问到CN，用yhi,yhq,yhrun,yhcontrol等命令提交任务。网上资料有很多，比如：

• TH-1A大系统用户手册-V2
• 天河系统架构及用户使用方法
• GPU与CUDA简介
• “天河一号”异构通用计算环境
  

不再详述。

本人是做一点cfd的，所以和量化关系不大，不过超算有几点让人很不爽的地方，可能大家都深有体会，一是vpn太慢，上传下载超级麻烦；二是LN不能连接外网，网上直接down代码来编译也很麻烦。这里分享两个小技巧，可以做得方便一点儿。

nscc-tj的系统得用vpn登录，但是坑爹的这个vpn必须占用系统的22端口，所以通常客户端用windows比较多。

• vpn传递大量数据的问题：rsync
  

超算的数据量都特别巨大，上传下载数据耗时超长，所以传文件很多人是用快递硬盘的方式，最近一个算例有560G，50k+个文件，vpn平均速度0.3-1.0 MB/s，而且实验室网络总带宽有限，下载和上传都很费劲，个人摸索了一下，发现一个比较好的方式，那就是可以用rsync来同步

rsync本来是linux下的一个同步工具，在windows下的移植是cwrsync，下载地址是：https://www.itefix.net/dl/cwRsync_5.4.1_x86_Free.zip，绿色软件，解压之后把里面的cwrsync.cmd用notepad打开改成cwrsync.bat，内容如下，并根据需要自己需要修改一下相关变量运行就好了，可以在客户端设置计划任务，夜间运行，在计算的同时就开始同步，这样计算生成的文件就源源不断地下载到本地。同样交换一下位置可以进行上传。

特别是计算结果文件通常都是文本文件，特别是结果文件，都是0123456789,这11个字符，采用压缩后，可以加速达10x左右，效果特别明显。

@echo off

rem author: catdog

rem modification: 2015-03-05

set RSYNC_OPT=-n -a -z -h -v -P

rem -n 测试，不输出

rem -a archive模式，保持文件结构、创建时间等

rem -z 启用压缩，对文本文件非常有效！

rem -h 人类可读数字，也就是加上K,G等字头

rem -v 输出详细信息

rem -P 可以断点续传

rem 更多选项可以输入以下命令

rem >rsync --help

rem 设置路径

rem 例如： 完整路径: /vol6/xxx/OpenFOAM

rem        相对($HOME)的路径: ~/OpenFOAM

set SOURCE_PATH=~/OpenFOAM

rem 目标文件夹使用cygwin形式的路径，也就是windows路径的'\'改成'/'，把盘符X:改成/cygdrive/x/

rem 例如： C:\WORK\*--> /cygdrive/c/work/*

setDESTINATION_PATH_IN_CYGDRIVE_FORM=/cygdrive/d/

rem 用户名

set USER=xxx

rem 数据节点

set DATA_NODE=TH-1A-LN9

rem 设置环境变量HOME为当前目录，方便ssh使用，因为cwrsync后端采用的cygwin的库，

rem 所以需要一个home文件夹，指定为当地文件夹比较方便，不然会有权限问题

set HOME=%cd%

rem 设置log文件

set RSYNC_LOG=rsync.log

rem 重启的label

:restart

rem '^' 代表续行

rem id_rsa是该用户的私钥文件，可以用ssh-keygen生成，并将id_rsa.pub中的内容加入服务器的~/.ssh/authorized_keys中

rsync %RSYNC_OPT% -e './ssh -i ./id_rsa'--log-file=./%RSYNC_LOG% ^

%USER%@%DATA_NODE%:%SOURCE_PATH%%DESTINATION_PATH_IN_CYGDRIVE_FORM%

rem 利用rsync程序的返回值%ERRORLEVEL%选择下一步操作

if %ERRORLEVEL% GEQ 1 (

       remhttp://wpkg.org/Rsync_exit_codes

       echo'----------ERRORLEVEL =  %ERRORLEVEL%---------------'

       if%ERRORLEVEL% EQU 12 (

              remVPN断开会出现，直接退出

              echo'----------Error in rsync protocol data stream------'

              gotoend

       )else if %ERRORLEVEL% EQU 23 (

              rem可能是文件路径问题，直接退出

              echo'----------Partial transfer due to error------------'

              gotoend

       )else (

              rem不明原因错误，继续

              echo'----------Some  unclear error, try to restart------'

              gotorestart

       )

) else (

       rem圆满完成，结束

       echo'----complete without error!------------------------'

       gotoend

)

:end

2. LN节点直接访问网络问题

总所周知，ssh是可以利用-D 选项建立socks proxy接口的，可惜的是，最方便的wget不支持socks proxy，而超算用户权限很低，不能自己安装软件，不过linux下另一个神器curl，正好可以下载文件。这样就可以利用一些技巧，建立反向socks代理

这个过程分两步，第一步，建立本地socks代理，可以采用ssh localhost的方式，也可以使用其他的代理服务器，下面演示的是采用ssh localhost的方式

>>>step 1
首先需要在本地建立ssh服务器，网上很多相关教程，不详述，比如我用的bitvise ssh server，仍旧使用上述cwrsync中的ssh-keygen生成的私钥id_rsa和公钥id_rsa.pub吧，按照下图设置好公钥

（参考链接： http://www.bitvise.com/ssh-server-usage-faq#public-key）

然后在本地用cmd进入cwsync所在路径，输入

set HOME=%cd%

ssh  -i ./id_rsa catdog@localhost -p2222 -f -N -D 1081

其中，
set HOME=%cd%               设置环境变量，因为cwrsync后端采用的cygwin的库，所以需要一个home文件夹，指定为当地文件夹比较方便，不然会有权限问题
./id_rsa                               私钥，用于免密码登录，便于实现自动化，这里也有个权限问题，如果是在cmd中用cwrsync自带的ssh-keygen生成的id_rsa，需要在属性中去掉Everyone的权限
catdog                                登录用户名；
-p2222                               表示采用的2222端口号，因为nscc-tj的vpn会占用掉22端口；
-f -N                                    表示ssh将在后台运行；
-D 1081                              在本地建立一个socks 代理，端口1081；

第一步就完成了，现在需要记住，localhost:1081就是我们要的socks 代理，如果你有办法弄到别的代理，比如192.168.1.123:1080，这一步可以省略。

>>> step 2
下面同样地，用ssh，建立反向链接，把服务器的55555端口映射到客户端的1081端口，命令如下

set HOME=%cd%

ssh xxx@th-1a-ln9 -R55555:localhost:1081-i ./id_rsa

其中，
set HOME=%cd%               设置环境变量，因为cwrsync后端采用的cygwin的库，所以需要一个home文件夹，指定为当地文件夹比较方便，不然会有权限问题
./id_rsa                               私钥，用于免密码登录，便于实现自动化，这里也有个权限问题，如果是在cmd中用cwrsync自带的ssh-keygen生成的id_rsa，需要在属性中去掉Everyone的权限
xxx                                     登录用户名；
th-1a-ln9                            数据节点；
-R55555:localhost:1081     把服务器的55555端口映射到socks代理端口，在这里是localhost:1081，如果有其他可用socks代理，比如192.168.1.123:1080，可直接使用；


同时请查看登录信息前的信息，如果显示

Warning: remote port forwarding failed for listen port 55555

表示该端口已经被占用，可以用exit退出，换一个端口重试
这样，第二部就完成了，数据节点就建立了一个socks代理：localhost:55555，因为通过-R反向建立了一条通道，此时在服务器中访问localhost:55555，就和在客户端中直接访问localhost:1081是一样的！而根据第一步，客户端的localhost:1081已经被我们变成了一个socks代理。


p.s. windows 的cmd窗口似乎有兼容性问题，最好是将输入法调整为英文EN，不然偶尔有奇怪的事情发生～～

>>>step 3，利用curl直接下载数据
在刚才打开的ssh terminal中输入

alias curlget="curl -O--socks5-hostname localhost:55555" #使用别名curlget来代替后面一长串

curlget whatever_you_want

其中，使用了两个curl的选项：
-O                                                                      代表输出成文件
--socks5-hostname localhost:55555                   设置socks代理地址，同时用这个代理来解析DNS地址，因为数据节点本身是在内网是无法解析域名的。

curl也可以开启压缩，只不过通常网上下载的都是.zip, .gz这样的压缩包，在下载很大的文件包的时候，就不用倒腾两次了。

3. 总结

1. ssh是很强大的工具，特别是它的端口映射，-L，-R，-D三个选项。可以很方便地来回打洞
2. ssh配合公钥私钥可以比较方便地实现自动化

全文完

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作者
Author: smutao    时间: 2015-3-7 03:34
很赞! 用过天河的表示赞同。

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作者
Author: chengdi123000    时间: 2015-3-7 13:13

smutao 发表于 2015-3-7 03:34
很赞! 用过天河的表示赞同。

请问有知道有什么超算上可用的大型并行后处理程序么？paraview需要先打开x-window，nscc的th-1a用不了。后端用vtk的可能都不行，比如VisIt

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作者
Author: shi891018    时间: 2017-5-19 10:55
谢谢分享~！

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