计算化学公社

标题: Gaussian中BOMD的计算输入求助 [打印本页]

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-3-8 23:32
标题: Gaussian中BOMD的计算输入求助
想用Gaussian的BOMD模拟研究氧负离子沿顶点进攻甲烷（O-H-C在一条直线上）的动力学过程（如图fig-1.png），即氧负离子沿Z轴的负方向以1.55km/s（输入文件速度是Bohr/s）的速度移动，甲烷开始是静止的，发生的反应是O-  + CH4 --> OH- + CH3 .       我的输入文件如下：
大家会注意到，我写的是氧负离子沿Z轴的负方向移动，而输入文件中最后一行却是X轴方向上有速度，这就是我的问题一：为什么输入文件中的坐标原点在碳上，在进行计算时原点不是初始的设置呢？（当然我这样设置是没有错的，还是按我的初衷，氧负离子沿顶点进攻甲烷）

%chk=och4-s-bomd1.chk
%nprocshared=8
%mem=10GB
#p mp2/6-31+g(d) bomd=(maxpoint=200,ReadVelocity)

Title Card Required

-1 2
C                0.00000000 0.00000000 0.00000000
H                0.00000000 0.00000000 1.09093359
H                1.02860426 0.00000000 -0.36346900
H                -0.51393011 0.89101214 -0.36346897
H                -0.51440540 -0.89054680 -0.36380555
O                0.00000000 0.00000000 7.09093359

0
0.0    0.0    0.0
0.0    0.0    0.0
0.0    0.0    0.0
0.0    0.0    0.0
0.0    0.0    0.0
-29347042653172.90    0.0    0.0
问题二：上述计算结果是, 氧负离子与甲烷先靠近后排斥分离，并没有发生任何反应，我不知道我的输入哪里有问题？

备注：
附件中的och4-s-bomd1.out是上述的输出文件，och4-s-bomd3.out是b3lyp/6-311++g(2d,2p)方法的结果，如果不加iop(5/13=1)会出现自旋污染的错误。

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-3-8 23:38
问题三：och4-s-bomd3.out中改变方法后为什么只跑了114步就正常结束了，我设的是500步

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-9 12:31
1 用nosymm避免自动调整朝向

2 可以再加大入射速度看看是否反应。也可以先做个IRC研究摸一下情况。

不要用iop(5/13=1)，这极为危险。把弥散函数去掉，自然就好收敛了。对于当前体系，弥散函数不是必要的，对于B3LYP，用6-311G**就足够精确了。

114步没有正常结束，停止是因为SCF没收敛，输出文件中可见
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB3LYP) = -115.693996015 A.U. after 65 cycles
NFock= 64 Conv=0.80D-04 -V/T= 2.0035

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-3-10 15:41

sobereva 发表于 2015-3-9 12:31
1 用nosymm避免自动调整朝向

2 可以再加大入射速度看看是否反应。也可以先做个IRC研究摸一下情况。

首先感谢sobereva老师！
1.加了nosymm后解决了自动朝向的问题，而坐标原点会变，这应该是Gaussian默认的，包括在计算完成后也会将原点放置到整个分子的中心位置。

2. 如sobereva所料，我加大了入射速度后反应顺利进行。

3. 我把所有的iop(5/13)都去掉了，加了int=ultrafine或SCF(conver=6)后将SCF收敛的问题解决了。

对于您建议的B3LYP/6-311G**我也试过了，有时也会存在SCF不收敛的问题，但是可以解决。
我不准备用这个方法和基组的原因是，此法在计算静态的热力学数据如delta H，文献中是放热，为负值，而此法计算的delta H为正值。

还有几个问题请教一下：
问题1：对于我这个体系用高斯的BOMD计算动力学，用mp2/6-31+g(d) 的计算精度够精确么？
      我选择此法的依据就是计算静态的热力学数据（delta H和delta E）跟实验值比较后较接近。
      不知道我这样考虑是否充分，是否还需要跟文献中用过的一些更高水平的方法做一下比较呢？

问题二：关于BOMD选项中的StepSize，当StepSize中加GradientOnly后步长变为0.025飞秒，不加为0.25 amu^1/2*Bohr,后者像是长度单位，请问后者0.25 amu^1/2*Bohr较前者有什么优势吗？
      一般在动力学计算的讨论中我们一般说在某时刻（如2.0ps）的一些变化，即以时间为步长；当步长为0.25 amu^1/2*Bohr的时候我突然感觉分析的时候不知该怎么表达了？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-10 18:42
1 建议用M062X/TZVP算算试试，如果计算量有富余，也可以结合更贵的def2-TZVP，热力学数据计算结果应该比MP2/6-31+G*好，计算量也更小。MP2虽然可以，但6-31+G*相比之下显得略穷酸了。

2 两种情况的动力学步进算法不一样，gradientonly下是固定每一步时间，BOMD默认情况下是固定每一步步长。非要用时间来讨论的话，要么gradientonly，要么用ADMP。

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-3-10 20:28
谢谢sobereva老师，我试试。

作者
Author: xujian 时间: 2017-7-5 20:30

diaolanxinyu 发表于 2015-3-10 20:28
谢谢sobereva老师，我试试。

想请问一下楼主，我想做一个分子内的BOMD，想计算一个原子进攻另一个原子，这种模拟应该怎么写输入文件啊

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