计算化学公社

标题: pdb中的原子编号 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2015-3-9 15:00
标题: pdb中的原子编号
各位，我计算的体系比较大，发现pdb文件中原子编号编到99999后又从0开始，这样我写index的时候岂不是会混乱？(用的gromacs)
请问怎么破？跪谢

如图 (, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-3-9 15:33
能不能将之后的H2O用不同的残基来表示，进行处理！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-9 18:55
你在make_ndx里用r选定原子编号在99999之后的残基，然后看看index文件里的原子序号是否正常，是否大于99999。（假定99999号之前的原子序号是连着的。gmx里的原子序号是顺着排的）

作者
Author: kunkun 时间: 2015-3-9 19:24

sobereva 发表于 2015-3-9 18:55
你在make_ndx里用r选定原子编号在99999之后的残基，然后看看index文件里的原子序号是否正常，是否大于99999 ...

sob老师，这个编号对MD重要么？我用vmd建模，就算是序号乱了，但是只要数量和top对应就能跑...

作者
Author: mol 时间: 2015-3-9 19:54

sobereva 发表于 2015-3-9 18:55
你在make_ndx里用r选定原子编号在99999之后的残基，然后看看index文件里的原子序号是否正常，是否大于99999 ...

是大于99999的，但是我的残基序号也有重复的，残基号编到9999后又从0开始编了。。。所以我用make_ndx选r=4000的原子一共选中了2个水分子。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-9 20:46

kunkun 发表于 2015-3-9 19:24
sob老师，这个编号对MD重要么？我用vmd建模，就算是序号乱了，但是只要数量和top对应就能跑...

对MD不重要

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-9 20:47

mol 发表于 2015-3-9 19:54
是大于99999的，但是我的残基序号也有重复的，残基号编到9999后又从0开始编了。。。所以我用make_ndx选r= ...

那就自己写index吧

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)